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PacBio-전체 길이 16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱
Amplicon(16S/18S/ITS) 플랫폼은 미생물 다양성 프로젝트 분석 분야에서 수년간 축적된 경험을 바탕으로 개발되었으며, 표준화된 기본 분석과 맞춤형 분석 기능을 제공합니다. 기본 분석은 현재 미생물 연구의 주류 분석 내용을 포괄하며, 풍부하고 종합적인 분석 결과를 프로젝트 보고서 형태로 제공합니다. 맞춤형 분석은 다양한 내용을 제공하며, 기본 분석 보고서와 연구 목적에 따라 시료를 선택하고 매개변수를 유연하게 설정하여 개인별 요구 사항을 충족할 수 있습니다. Windows 운영 체제를 기반으로 간편하고 빠른 성능을 제공합니다.
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PacBio-전체 길이 전사체(비참조)
이 앱은 Pacific Biosciences(PacBio)의 아이소폼 시퀀싱 데이터를 입력으로 사용하여 전체 길이 전사체 서열(어셈블리 없이)을 식별할 수 있습니다. 전체 길이 서열을 참조 게놈에 매핑함으로써, 알려진 유전자, 전사체, 코딩 영역 등을 이용하여 전사체를 최적화할 수 있습니다. 이를 통해 대체 스플라이싱 등과 같은 mRNA 구조를 더욱 정확하게 식별할 수 있습니다. NGS 전사체 시퀀싱 데이터와의 공동 분석을 통해 전사체 수준에서 더욱 포괄적인 주석과 정확한 발현량 정량화가 가능하며, 이는 후속적인 차등 발현 및 기능 분석에 큰 도움이 됩니다.
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툴킷
BMKCloud는 유전체 프로그램을 위한 원스톱 솔루션을 제공하는 선도적인 생물정보학 플랫폼으로, 의료, 농업, 환경 등 다양한 분야의 연구자들에게 널리 신뢰받고 있습니다. BMKCloud는 생물정보학 분석 플랫폼 및 도구, 컴퓨팅 자원, 공용 데이터베이스, 생물정보학 온라인 강좌 등을 포함한 통합적이고 신뢰할 수 있으며 효율적인 서비스를 제공하기 위해 노력하고 있습니다. BMKCloud는 유전자 주석, 진화 유전학 도구, 비코딩 RNA, 데이터 품질 관리, 어셈블리, 정렬, 데이터 추출, 돌연변이 분석, 통계 분석, 그림 생성기, 서열 분석 등 자주 사용되는 다양한 생물정보학 도구를 제공합니다.
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소형 RNA
소형 RNA는 miRNA, siRNA, piRNA 등을 포함하는 평균 길이가 18~30nt인 짧은 비코딩 RNA의 일종입니다. 이러한 소형 RNA는 mRNA 분해, 번역 억제, 이질염색질 형성 등 다양한 생물학적 과정에 관여하는 것으로 널리 알려져 있습니다. 소형 RNA 시퀀싱 분석은 동식물 발달, 질병, 바이러스 연구 등 다양한 분야에서 활발히 활용되고 있습니다. 소형 RNA 시퀀싱 분석 플랫폼은 표준 분석과 고급 데이터 마이닝 기능을 제공합니다. RNA-seq 데이터를 기반으로 표준 분석을 통해 miRNA 식별 및 예측, miRNA 표적 유전자 예측, 주석 및 발현 분석을 수행할 수 있습니다. 고급 분석을 통해 맞춤형 miRNA 검색 및 추출, 벤 다이어그램 생성, miRNA-표적 유전자 네트워크 구축 등이 가능합니다.
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NGS-WGS(Illumina/BGI)
NGS-WGS는 바이오마커 기술 분야의 풍부한 경험을 바탕으로 개발된 전장 유전체 재서열 분석 플랫폼입니다. 이 사용하기 쉬운 플랫폼은 몇 가지 기본 매개변수만 설정하면 통합 분석 워크플로우를 신속하게 제출할 수 있으며, Illumina 플랫폼과 BGI 시퀀싱 플랫폼에서 생성된 DNA 시퀀싱 데이터 모두에 적용 가능합니다. 고성능 컴퓨팅 서버에 배포되어 매우 짧은 시간 내에 효율적인 데이터 분석을 지원합니다. 돌연변이 유전자 검색, PCR 프라이머 설계 등 표준 분석을 기반으로 맞춤형 데이터 마이닝도 제공합니다.
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mRNA(참고)
전사체는 유전체 유전 정보와 생물학적 기능의 단백질체를 연결하는 고리입니다. 전사 수준의 조절은 생물체의 조절 방식 중 가장 중요하고 가장 광범위하게 연구되는 방식입니다. 전사체 시퀀싱은 임의의 시점이나 조건에서 단일 뉴클레오티드 수준의 해상도로 전사체를 분석할 수 있습니다. 이를 통해 유전자 전사 수준을 동적으로 반영하고, 희귀 전사체와 정상 전사체를 동시에 식별 및 정량화하며, 특정 샘플의 전사체에 대한 구조 정보를 제공할 수 있습니다.
현재 전사체 시퀀싱 기술은 농업, 의학 및 기타 연구 분야에서 동물과 식물의 발달 조절, 환경 적응, 면역 상호작용, 유전자 위치 파악, 종의 유전적 진화, 종양 및 유전 질환 탐지 등 다양한 분야에 널리 활용되고 있습니다.
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메타게놈 분석(NGS)
이 분석 플랫폼은 수년간의 경험을 바탕으로 샷건 메타게놈 데이터 분석에 최적화되어 설계되었습니다. 데이터 처리, 종 수준 연구, 유전자 기능 수준 연구, 메타게놈 비닝 등 일반적으로 필요한 다양한 메타게놈 분석을 포함하는 통합 워크플로우를 제공합니다. 또한, 표준 분석 워크플로우를 기반으로 유전자 및 종 검색, 매개변수 설정, 맞춤형 그림 생성 등 사용자 정의 데이터 마이닝 도구를 활용할 수 있습니다.
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LncRNA
긴 비코딩 RNA(lncRNA)는 200nt보다 긴 길이를 가진 전사체의 한 종류로, 단백질을 코딩할 수 없습니다. 축적된 증거에 따르면 대부분의 lncRNA는 기능성을 가질 가능성이 매우 높습니다. 고처리량 시퀀싱 기술과 생물정보학 분석 도구를 통해 lncRNA 서열 및 위치 정보를 더욱 효율적으로 밝혀내고 중요한 조절 기능을 가진 lncRNA를 발견할 수 있게 되었습니다. BMKCloud는 고객에게 빠르고 신뢰할 수 있으며 유연한 lncRNA 분석을 위한 lncRNA 시퀀싱 분석 플랫폼을 제공하게 된 것을 자랑스럽게 생각합니다.
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GWAS
전유전체 연관 연구(GWAS)는 특정 형질(표현형)과 연관된 유전적 변이(유전자형)를 식별하는 것을 목표로 합니다. GWAS 연구는 다수의 개체의 전체 게놈에 걸쳐 유전적 마커를 조사하고, 통계 분석을 통해 집단 수준에서 유전자형-표현형 연관성을 예측합니다. 전체 게놈 재서열 분석은 잠재적으로 모든 유전적 변이를 발견할 수 있습니다. 표현형 데이터와 결합된 GWAS는 표현형 관련 SNP, QTL 및 후보 유전자를 식별하는 데 활용될 수 있으며, 이는 현대 동식물 육종에 강력한 기반을 제공합니다. SLAF는 자체 개발한 간소화된 게놈 시퀀싱 전략으로, 게놈 전체에 분포된 마커인 SNP를 발견합니다. 이러한 SNP는 분자 유전학적 마커로서 특정 형질과의 연관 연구에 활용될 수 있습니다. SLAF는 복잡한 형질과 관련된 유전적 변이를 식별하는 데 비용 효율적인 전략입니다.
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나노포어 전체 길이 전사체 분석
생물체 내 복잡하고 다양한 대체 이소형은 유전자 발현 및 단백질 다양성을 조절하는 중요한 유전적 메커니즘입니다. 전사체 구조를 정확하게 규명하는 것은 유전자 발현 조절 패턴에 대한 심층 연구의 기초가 됩니다. 나노포어 시퀀싱 플랫폼은 전사체 연구를 이소형 수준까지 성공적으로 끌어올렸습니다. 이 분석 플랫폼은 나노포어 플랫폼에서 생성된 RNA-Seq 데이터를 참조 게놈을 기반으로 분석하도록 설계되었으며, 유전자 수준과 전사체 수준 모두에서 정성적 및 정량적 분석을 가능하게 합니다.
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circ-RNA
원형 RNA(circRNA)는 비코딩 RNA의 한 종류로, 최근 발생, 환경 저항성 등과 관련된 조절 네트워크에서 중요한 역할을 하는 것으로 밝혀졌습니다. mRNA, lncRNA와 같은 선형 RNA 분자와는 달리, circRNA는 3' 및 5' 말단이 연결되어 원형 구조를 형성하며, 이로 인해 엑소뉴클레아제에 의한 분해로부터 보호되고 대부분의 선형 RNA보다 안정적입니다. circRNA는 유전자 발현 조절에 있어 다양한 기능을 수행하는 것으로 알려져 있으며, miRNA와 경쟁적으로 결합하여 miRNA 스펀지 역할을 하는 ceRNA로도 기능할 수 있습니다. circRNA 시퀀싱 분석 플랫폼은 circRNA의 구조 및 발현 분석, 표적 예측, 그리고 다른 유형의 RNA 분자와의 공동 분석을 가능하게 합니다.
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비사
벌크 분리 분석(BSA) 플랫폼은 원스텝 표준 분석과 맞춤형 매개변수 설정을 통한 고급 분석으로 구성됩니다. BSA는 표현형과 관련된 유전적 마커를 신속하게 식별하는 데 사용되는 기술입니다. BSA의 주요 워크플로는 다음과 같습니다. 1. 표현형이 극명하게 다른 두 그룹의 개체를 선택합니다. 2. 모든 개체의 DNA, RNA 또는 SLAF-seq(바이오마커 개발)를 통합하여 두 개의 DNA 벌크를 생성합니다. 3. 참조 게놈 또는 그 사이에서 차별적인 서열을 식별합니다. 4. ED 및 SNP-index 알고리즘을 사용하여 후보 연관 영역을 예측합니다. 5. 후보 영역의 유전자에 대한 기능 분석 및 풍부도 분석을 수행합니다. 유전적 마커 스크리닝 및 프라이머 설계와 같은 고급 데이터 마이닝 기능도 제공됩니다.
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앰플리콘(16S/18S/ITS)
Amplicon(16S/18S/ITS) 플랫폼은 미생물 다양성 프로젝트 분석 분야에서 수년간 축적된 경험을 바탕으로 개발되었으며, 표준화된 기본 분석과 맞춤형 분석 기능을 제공합니다. 기본 분석은 현재 미생물 연구의 주류 분석 내용을 포괄하며, 풍부하고 종합적인 분석 결과를 프로젝트 보고서 형태로 제공합니다. 맞춤형 분석은 다양한 내용을 제공하며, 기본 분석 보고서와 연구 목적에 따라 시료를 선택하고 매개변수를 유연하게 설정하여 개인별 요구 사항을 충족할 수 있습니다. Windows 운영 체제를 기반으로 간편하고 빠른 성능을 제공합니다.
