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염색질 면역침전 시퀀싱(ChIP-seq)
ChIP-Seq은 히스톤 변형, 전사 인자 및 기타 DNA 관련 단백질에 대한 DNA 표적의 게놈 전체 프로파일링을 제공합니다.이는 특정 단백질-DNA 복합체를 복구하기 위한 염색질 면역침전(ChIP)의 선택성과 회수된 DNA의 높은 처리량 시퀀싱을 위한 차세대 시퀀싱(NGS)의 기능을 결합합니다.또한, 단백질-DNA 복합체는 살아있는 세포에서 회수되기 때문에 결합 부위를 다양한 세포 유형과 조직, 또는 다양한 조건에서 비교할 수 있습니다.적용 범위는 전사 조절부터 발달 경로, 질병 메커니즘 및 그 이상까지 다양합니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq 플랫폼
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메타게놈 시퀀싱 -NGS
메타지놈은 환경 메타게놈, 인간 메타게놈 등 유기체의 혼합 공동체의 전체 유전 물질 집합을 말하며, 재배 가능한 미생물과 재배 불가능한 미생물의 게놈을 모두 포함합니다.Metagenomic sequencing은 환경 시료에서 추출한 혼합 게놈 물질을 분석하는 데 사용되는 분자 도구로 종 다양성 및 풍부도, 개체군 구조, 계통 발생 관계, 기능 유전자 및 환경 요인과의 상관 네트워크에 대한 자세한 정보를 제공합니다.
플랫폼:Illumina NovaSeq 플랫폼
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메타게놈 시퀀싱-나노포어
Metagenomics는 환경 시료에서 추출한 혼합 게놈 물질을 분석하는 데 사용되는 분자 도구로 종 다양성 및 풍부도, 개체군 구조, 계통 발생 관계, 기능 유전자 및 환경 요인과의 상관 네트워크 등에 대한 자세한 정보를 제공합니다. 최근 Nanopore 시퀀싱 플랫폼이 도입되었습니다. 메타게놈 연구에읽기 길이의 뛰어난 성능은 다운스트림 메타게놈 분석, 특히 메타게놈 어셈블리를 크게 향상시켰습니다.읽기 길이의 장점을 활용하여 Nanopore 기반 메타게놈 연구는 샷건 메타게놈학에 비해 보다 연속적인 조립을 달성할 수 있습니다.Nanopore 기반 메타유전체학이 미생물군집으로부터 완전하고 폐쇄된 박테리아 게놈을 성공적으로 생성했다는 사실이 발표되었습니다(Moss, EL, et. al,네이처 생명공학, 2020)
플랫폼:나노포어 PromethION P48
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전체 게놈 이중황산염 시퀀싱
시토신(5-mC)의 5번째 위치에 있는 DNA 메틸화는 유전자 발현과 세포 활동에 근본적인 영향을 미칩니다.비정상적인 메틸화 패턴은 암과 같은 여러 상태 및 질병과 관련이 있습니다.WGBS는 단일 염기 분해능으로 게놈 전체의 메틸화를 연구하기 위한 표준이 되었습니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq 플랫폼
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높은 처리량 시퀀싱(ATAC-seq)을 통한 전이효소 접근 가능 크로마틴 분석
ATAC-seq는 유전자 발현의 전체적인 후성유전학적 제어에 중요한 게놈 차원의 염색질 접근성 분석을 위한 고처리량 시퀀싱 방법입니다.시퀀싱 어댑터는 과다활성 Tn5 트랜스포사제에 의해 개방형 염색질 영역에 삽입됩니다.PCR 증폭 후 시퀀싱 라이브러리가 구축됩니다.모든 개방 염색질 영역은 전사 인자의 결합 부위나 특정 히스톤 변형 영역에 국한되지 않고 특정 시공간 조건에서 얻을 수 있습니다.
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16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱-PacBio
고도로 보존된 영역과 초가변 영역을 모두 포함하는 16S 및 18S rRNA의 하위 단위는 원핵생물과 진핵생물 식별을 위한 완벽한 분자 지문입니다.시퀀싱을 활용하면 이러한 앰플리콘은 보존된 부분을 기반으로 표적화될 수 있으며 초가변 영역은 미생물 다양성 분석, 분류학, 계통 발생 등을 다루는 연구에 기여하는 미생물 식별을 위해 완전히 특성화될 수 있습니다. 단일 분자 실시간(SMRT) ) PacBio 플랫폼의 시퀀싱을 통해 전체 길이의 앰플리콘(약 1.5Kb)을 포괄할 수 있는 매우 정확한 긴 판독값을 얻을 수 있습니다.유전 분야에 대한 시야가 넓어지면서 박테리아나 곰팡이 군집에서 종 주석의 해상도가 크게 향상되었습니다.
플랫폼:PacBio 속편 II
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16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱-NGS
16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱은 고도로 대화된 부분과 초가변 부분을 모두 포함하는 하우스키핑 유전자 마커의 PCR 산물을 조사하여 미생물 군집의 계통발생, 분류학 및 종 풍부도를 밝히는 것을 목표로 합니다.Woeses et al(1977)이 이러한 완벽한 분자 지문을 도입함으로써 분리가 필요 없는 미생물군유전체 프로파일링이 가능해졌습니다.16S(박테리아), 18S(진균) 및 내부 전사 스페이서(ITS, 곰팡이)의 시퀀싱을 통해 풍부한 종은 물론 희귀종과 미확인 종을 모두 식별할 수 있습니다.이 기술은 인간의 입, 장, 대변 등 다양한 환경에서 차별적인 미생물 조성을 식별하는 데 널리 적용되고 주요 도구가 되고 있습니다.
플랫폼:Illumina NovaSeq 플랫폼
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박테리아 및 곰팡이 전체 게놈 재서열분석
박테리아 및 곰팡이 전체 게놈 재서열 분석은 알려진 박테리아 및 곰팡이의 게놈을 완성할 뿐만 아니라 여러 게놈을 비교하거나 새로운 유기체의 게놈을 매핑하는 데 중요한 도구입니다.정확한 참조 게놈을 생성하고 미생물 식별 및 기타 비교 게놈 연구를 수행하려면 박테리아와 곰팡이의 전체 게놈을 서열화하는 것이 매우 중요합니다.
플랫폼:Illumina NovaSeq 플랫폼
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PacBio-전체 길이 16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱
Amplicon(16S/18S/ITS) 플랫폼은 표준화된 기본 분석과 개인화된 분석을 포함하는 미생물 다양성 프로젝트 분석 분야에서 다년간의 경험을 바탕으로 개발되었습니다. 기본 분석은 현재 미생물 연구의 주류 분석 내용을 다루고 분석 내용은 풍부하고 포괄적입니다. 분석 결과는 프로젝트 보고서 형식으로 제공됩니다.개인화 분석의 내용은 다양합니다.기본 분석 보고서 및 연구 목적에 따라 샘플을 선택하고 매개변수를 유연하게 설정하여 개인화된 요구 사항을 실현할 수 있습니다.간단하고 빠른 Windows 운영 체제.
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PacBio-전장 전사체(비참조)
Pacific Biosciences(PacBio) Isoform 서열 분석 데이터를 입력으로 사용하여 이 앱은 전체 길이의 전사 서열을 식별할 수 있습니다(어셈블리 없음).참조 게놈에 대한 전체 길이 서열을 매핑함으로써 알려진 유전자, 전사체, 코딩 영역 등에 의해 전사물을 최적화할 수 있습니다. 이 경우 대체 스플라이싱 등과 같은 mRNA 구조를 보다 정확하게 식별할 수 있습니다.NGS 전사체 시퀀싱 데이터와의 공동 분석을 통해 전사체 수준에서 발현에 대한 보다 포괄적인 주석과 보다 정확한 정량화가 가능하며, 이는 다운스트림 차등 발현 및 기능 분석에 큰 이점을 제공합니다.
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RRBS(Reduced Representation Bisulfite 서열분석)
DNA 메틸화 연구는 질병 연구에서 항상 뜨거운 주제였으며, 유전자 발현 및 표현형 특성과 밀접한 관련이 있습니다.RRBS는 DNA 메틸화 연구를 위한 정확하고 효율적이며 경제적인 방법입니다.Bisulfite 서열 분석과 결합된 효소 절단(Msp I)에 의한 프로모터 및 CpG 섬 영역의 강화는 고해상도 DNA 메틸화 검출을 제공합니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq 플랫폼
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원핵 생물 mRNA 서열 분석
mRNA 서열분석은 특정 조건 하에서 세포 내 모든 mRNA 전사체의 포괄적인 프로파일링을 가능하게 합니다.이 최첨단 기술은 다양한 생물학적 과정과 관련된 복잡한 유전자 발현 프로파일, 유전자 구조 및 분자 메커니즘을 밝혀내는 강력한 도구 역할을 합니다.기초 연구, 임상 진단 및 약물 개발에 널리 채택되는 mRNA 서열분석은 세포 역학 및 유전적 조절의 복잡성에 대한 통찰력을 제공합니다.당사의 원핵생물 mRNA 샘플 처리는 rRNA 고갈 및 방향성 라이브러리 준비와 관련된 원핵생물 전사체에 맞게 조정되었습니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq X
