축소 표현 비설파이트 시퀀싱(RRBS)
RRBS(Reduced representation bisulfite sequencing)는 MspI 효소 절단 후 200~500/600 bp 크기의 단편을 선별하여 CpG 섬이 풍부한 영역을 농축하는 방식입니다. 따라서 CpG 섬에 인접한 영역만 시퀀싱되고, CpG 섬에서 멀리 떨어진 영역은 분석에서 제외됩니다. 이 과정은 비설파이트 시퀀싱과 결합되어 DNA 메틸화를 고해상도로 검출할 수 있게 해줍니다. 특히 PE150 시퀀싱 기법은 삽입물의 중간 부분이 아닌 양쪽 끝 부분에 초점을 맞춰 메틸화 프로파일링 효율을 높입니다.
이 기술은 DNA 메틸화 연구에서 전체 게놈 바이설파이트 시퀀싱(WGBS)의 비용 효율적이고 효과적인 대안으로 부상했습니다. WGBS는 단일 염기 해상도로 전체 게놈을 분석하여 포괄적인 정보를 제공하지만, 높은 비용이 한계 요인이 될 수 있습니다. RRBS는 게놈의 대표적인 부분만을 선택적으로 분석함으로써 이러한 문제를 전략적으로 해결합니다. 이 방법론은 비용 효율적인 DNA 메틸화 연구를 가능하게 하고 후성유전학적 메커니즘에 대한 지식을 발전시키는 데 매우 중요한 도구입니다.
서비스 특징
● Illumina NovaSeq를 이용한 시퀀싱.
● 참조 게놈이 필요합니다.
● 람다 DNA는 아황산염 전환 효율을 모니터링하는 데 사용됩니다.
● MspI 소화 효율도 모니터링됩니다.
● 식물 시료의 경우 이중 효소 소화법을 사용합니다.
서비스 장점
●WGBS에 대한 비용 효율적이고 효과적인 대안이를 통해 더 낮은 비용과 더 적은 시료량으로 분석을 수행할 수 있습니다.
●완벽한 플랫폼:저희는 시료 처리, 라이브러리 구축, 시퀀싱부터 생물정보학 분석에 이르기까지 원스톱으로 탁월한 서비스를 제공합니다.
●폭넓은 전문 지식BMKGENE은 다양한 종에 걸쳐 성공적인 결과를 제공해 왔습니다. 10년 이상의 경험, 뛰어난 분석팀, 포괄적인 콘텐츠, 그리고 탁월한 사후 지원을 제공합니다.
서비스 사양
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 권장 데이터 출력 | 품질 관리 |
| MspI로 소화시키고 아황산염으로 처리한 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 8기가바이트 | Q30 ≥ 85% 아황산염 전환율 > 99% MspI 절삭 효율 > 95% |
샘플 요구 사항
| 농도(ng/µL) | 총량(µg) |
| |
| 게놈 DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | 제한적인 분해 또는 오염 |
서비스 워크플로우
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
BI 분석에는 다음이 포함됩니다.
● 원시 시퀀싱 품질 관리;
● 참조 게놈에 대한 매핑;
● 5mC 메틸화 염기 검출 및 모티프 식별;
● 메틸화 분포 분석 및 샘플 비교;
● 차등 메틸화 영역(DMR) 분석;
● DMR과 관련된 유전자의 기능적 주석.
품질 관리: 소화 효율 (게놈 매핑에서)
품질 관리: 아황산염 변환 (메틸화 정보 추출 시)
메틸화 지도: 5mC 메틸화의 게놈 전체 분포
샘플 비교: 주성분 분석
차등 메틸화 영역(DMR) 분석: 히트맵
BMKGene의 전체 게놈 바이설파이트 시퀀싱 서비스를 통해 이루어진 연구 발전을 엄선된 논문 모음을 통해 살펴보세요.
Li, Z. et al. (2022) 'CRISPR 활성화 및 파라크린 인자를 이용한 라이디히 유사 세포로의 고충실도 재프로그래밍',PNAS 넥서스, 1(4). 도이: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. 외 (2023) '중국 일란성 쌍둥이의 체성분에 대한 게놈 전체 DNA 메틸화 분석'유럽 임상 연구 저널, 53(11), p. e14055. 도이: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA 메틸화와 허리-엉덩이 비율: 중국 일란성 쌍둥이를 대상으로 한 후성유전체 전반 연관 연구',내분비학 연구 저널, 45(12), pp. 2365–2376. 도이: 10.1007/S40618-022-01878-4.
