단일 핵 RNA 시퀀싱
기술 계획
핵 분리는 8채널 이중 교차 마이크로유체 시스템으로 구성된 10× Genomics Chromium™을 이용하여 수행됩니다. 이 시스템에서 바코드와 프라이머, 효소, 그리고 단일 핵이 포함된 겔 비드는 나노리터 크기의 오일 방울에 캡슐화되어 겔 비드-인-에멀젼(GEM)을 형성합니다. GEM이 형성되면 각 GEM 내에서 세포 용해 및 바코드 방출이 수행됩니다. mRNA는 10× 바코드와 UMI가 포함된 cDNA 분자로 역전사되며, 이는 표준 시퀀싱 라이브러리 구축 과정을 거칩니다.
특징
● 냉동 조직으로부터 단일핵 현탁액 준비
● 겔 비드-인-에멀젼(GEM) 형성 후 cDNA 합성
● GEM의 각 비드에는 4개의 섹션으로 구성된 프라이머가 탑재되어 있습니다.
mRNA 프라이밍 및 cDNA 합성을 위한 폴리(dT) 꼬리
증폭 편향을 보정하기 위한 고유 분자 식별자(UMI)
10개 바코드
부분 판독 1 시퀀싱 프라이머의 결합 서열
장점
단일핵 RNA 시퀀싱은 단일세포 RNA 시퀀싱의 한계를 극복하여 다음과 같은 가능성을 열어줍니다.
● 냉동 샘플의 사용은 신선한 샘플에만 국한되지 않습니다.
● 냉동 세포는 신선한 세포를 효소 처리하는 것에 비해 스트레스가 적으며, 이는 전사체 데이터에서 스트레스 유발 유전자의 발현이 더 적은 형태로 나타납니다.
● 적혈구를 미리 제거할 필요가 없습니다
● 셀 직경 제한 없음
● 분석 가능한 다양한 샘플, 특히 조직 분리 과정에서 세포 응집이나 파괴가 발생하기 쉬운 복잡하고 취약한 조직 유형을 포함합니다.
단일 세포 RNA 시퀀싱으로는 분석할 수 없지만 단일 핵 RNA 시퀀싱에는 적합한 샘플:
| 세포/조직 | 이유 |
| 신선하지 않은 냉동 조직 | 새로운 조직이나 오래전에 저장된 조직을 가져올 수 없습니다. |
| 근육 세포, 거대핵세포, 지방… | 세포 직경이 너무 커서 기기에 들어갈 수 없습니다. |
| 간… | 너무 약해서 부러뜨릴 수 없고, 개별 세포를 구별할 수 없다. |
| 신경 세포, 뇌… | 더 민감하고 스트레스를 쉽게 받으며, 염기서열 분석 결과에 영향을 미칠 수 있습니다. |
| 췌장, 갑상선… | 내인성 효소가 풍부하여 단일 세포 현탁액 생산에 영향을 미칩니다. |
단일 핵 vs 단일 세포
| 단일핵 | 단일 세포 |
| 셀 직경 무제한 | 세포 직경: 10-40 μm |
| 해당 물질은 냉동 조직일 수 있습니다. | 재료는 신선한 조직이어야 합니다. |
| 냉동 세포의 낮은 스트레스 | 효소 처리는 세포 스트레스 반응을 유발할 수 있습니다. |
| 적혈구를 제거할 필요가 없습니다. | 적혈구를 제거해야 합니다. |
| 핵은 생물 정보를 표현합니다 | 세포 전체가 생물 정보를 표현합니다. |
명세서
| 샘플 요구 사항 | 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터 권장 사항 | 품질 관리 |
| 동물 조직 200mg 이상 식물 조직 400mg 이상 | 10x Genomics sn cDNA 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 셀당 100K PE 판독값 (100-200GB) | 700-1200개의 핵/μl, 현미경으로 관찰했을 때 핵의 완전성 확인됨 |
시료 준비 지침 및 서비스 절차에 대한 자세한 내용은 언제든지 문의해 주십시오.BMKGENE 전문가
서비스 워크플로우
다음 분석 내용이 포함됩니다.
● 품질 관리: 세포 수, 유전자 검출, 세포의 정확한 식별, RNA 분자 및 발현량 정량화
● 내부 샘플 분석:
세포 클러스터링 및 클러스터 주석
차등 발현 분석: 클러스터 내 차등 발현 유전자(DEG) 식별
클러스터 차등 발현 유전자(DEGs)의 기능적 주석 및 풍부도 분석
● 그룹 간 분석:
데이터의 조합
차등 발현 분석: 그룹별 차등 발현 유전자(DEG) 식별
그룹 차등 발현 유전자(DEGs)의 기능적 주석 및 풍부도 분석
● 고급 분석:
세포주기 분석
의사시간 분석
휴대폰 통신 분석(CellPhoneDB)
유전자 집합 농축 분석(GSEA)
내부 샘플 분석
세포 군집화:
차등 발현 분석: 차등 발현 유전자 클러스터링
그룹 간 분석
차등 발현 분석: 그룹별 차등 발현 유전자(DEGs)
고급 분석:
의사시간 분석:
세포주기 분석:
BMKGene의 10X Chromium 단일핵 RNA 시퀀싱 서비스가 가능하게 한 발전 사항들을 다음 주요 논문에서 살펴보세요.
Wang, L. et al. (2021) '단일 세포 전사체 분석을 통해 스테로이드 저항성 천식 악화 시 폐의 면역 환경을 밝혀냄'미국 국립과학원 회보, 118(2), p. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) '그레이브스병 및 하시모토 갑상선염의 미세환경 내 면역세포에서 조절 장애 유전자 발현 및 비정상적인 대사 신호 전달을 위한 글로벌 조절 네트워크',면역학의 최전선, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) '가자미(Paralichthys olivaceus)에서 불활성화된 Edwardsiella tarda 백신 접종 후 백혈구의 이질성과 면역 반응을 단일 세포 전사체 분석을 통해 밝혀냄',양식, 566, p. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) '광역학 치료는 위암 환자의 항종양 면역 재구성을 통해 면역 체크포인트 억제제의 치료 결과를 향상시킨다'위암, 26(5), pp. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
