소형 RNA 시퀀싱-Illumina
서비스 장점
● 5' 말단의 첫 번째 염기는 특정 RNA를 얻기 위해 U를 강하게 선호합니다.
● miRNA 표적 유전자 예측
● 해당 데이터는 mRNA와의 공동 분석에 사용됩니다.
● miRNA 차등 발현
● miRNA 표적 유전자 예측
● BMKCloud 기반 결과 전달: 플랫폼 내 맞춤형 데이터 마이닝 가능
● 애프터서비스는 프로젝트 완료 후 3개월 동안 유효합니다.
샘플 요구 사항 및 배송
| 도서관 | 플랫폼 | 권장 데이터 | 데이터 QC |
| sRNA | 일루미나 SE50 | 1천만/2천만 읽기 | Q30≥85% |
샘플 요구사항:
뉴클레오티드:
| 농도(ng/μl) | 양(μg) | 청정 | 진실성 |
| ≥ 80 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 젤에 단백질이나 DNA 오염이 제한되거나 전혀 표시되지 않습니다. | 식물의 경우: RIN≥7.5; 동물의 경우: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; 기준선 고도가 제한되거나 없음 |
*5mg 미만의 조직의 경우, 급속 냉동(액체질소)된 조직 샘플을 보내는 것이 좋습니다.
세포 현탁액: 세포 수 = 3×107
*냉동된 세포 용해물을 배송하는 것이 좋습니다.셀 개수가 5×10보다 작은 경우5, 액체 질소로 급속 냉동하는 것이 좋습니다.
혈액 샘플:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol 및 2mL 혈액(TRIzol:혈액=3:1)
권장 샘플 배송
컨테이너:
2ml 원심분리 튜브(Tin Foil은 권장되지 않음)
샘플 라벨링: 그룹+복제(예: A1, A2, A3);B1, B2, B3... ...
선적:
1.드라이아이스: 샘플을 가방에 포장하고 드라이아이스에 묻어야 합니다.
2.RNAstable 튜브: RNA 샘플은 RNA 안정화 튜브(예: RNAstable®)에서 건조되고 실온에서 배송될 수 있습니다.
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 배송
RNA 추출
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
생물정보학
1.miRNA 식별
miRDeep2에 의해 예측된 새로운 miRNA의 각 후보 전구체에는 구조와 시퀀싱 깊이를 보여주는 PDF 그림이 있습니다.
miRNA 전구체 구조 및 시퀀싱 깊이
2.DE-miRNA 표적 유전자의 KEGG 농축
이번 세션에서 Biomarker는 먼저 해당 경로에 DE-miRNA 표적 유전자가 과다하게 나타나는지 여부를 조사했습니다.농축 정도와 경로의 중요성을 결정하기 위해 농축 인자와 피셔 테스트를 적용했습니다.농축 계산식은 아래와 같습니다.
DE-miRNA 표적 유전자에 대한 KEGG 경로 강화
3.DE-miRNA 표적 유전자에 대한 GO 농축 분석
ClusterProfiler는 DE-miRNA 표적 유전자에 대한 GO 농축 분석에 사용되었습니다.용어의 계층 구조를 보여주기 위해 강화된 용어의 방향성 비순환 그래프가 생성되었습니다.그림에서 화살표 방향은 용어 간의 포함 관계를 나타냅니다. 즉, 노드는 상위 노드보다 더 구체적입니다.DE-miRNA 표적 유전자의 방향성 아실 그래프는 아래 그림과 같습니다.
DE-miRNA 표적 유전자의 TopGO 방향성 비순환 그래프
BMK 케이스
육류 품질과 관련된 MiRNA 및 유전자의 통합 분석을 통해 Gga-MiR-140-5p가 닭의 근육 내 지방 침착에 영향을 미치는 것으로 나타났습니다
게시된 날짜:세포생리학 및 생화학,2018
주요 결과
후기 산란기 암탉은 어린 암탉보다 miRNA의 전체 발현 수준이 더 낮았습니다.
육질에 영향을 미칠 수 있는 mirNA-mrna 규제 네트워크 구축
gga-miR-140-5p는 RXRG를 하향 조절하여 지방세포 분화를 촉진합니다.
 gga-miR-140-5p는 RXRG의 3'UTR을 표적으로 삼아 닭 근육내 지방전구세포 분화를 촉진합니다 |
참조
Zhang M, Li DH, Li F 등.육류 품질과 관련된 MiRNA 및 유전자의 통합 분석을 통해 Gga-MiR-140-5p가 닭의 근육 내 지방 축적에 영향을 미치는 것으로 나타났습니다[J].세포 생리학 및 생화학, 2018:2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
