특정 유전자좌 증폭 단편 시퀀싱(SLAF-Seq)
워크플로우
해당 서비스는 라이브러리 준비 시 최적의 효소 선택을 보장하기 위해 컴퓨터 시뮬레이션을 통한 사전 설계 기능을 일부 포함하고 있습니다.
기술 계획
서비스 특징
● PE150을 사용한 NovaSeq 시퀀싱.
● 이중 바코드를 이용한 라이브러리 준비를 통해 1000개 이상의 샘플을 통합할 수 있습니다.
● 참조 게놈과 무관함:
참조 게놈을 이용한 SNP 및 삽입/결실(InDel) 발견
참조 게놈 없이: 샘플 클러스터링 및 SNP 발견
● ~에서컴퓨터 시뮬레이션설계 전 단계에서는 여러 제한 효소 조합을 스크리닝하여 게놈 전체에 걸쳐 SLAF 태그가 균일하게 분포되도록 하는 조합을 찾습니다.
● 사전 실험에서는 3가지 효소 조합을 3개의 샘플에 적용하여 9개의 SLAF 라이브러리를 생성하고, 이 정보를 활용하여 프로젝트에 가장 적합한 제한 효소 조합을 선택합니다.
서비스 장점
●높은 유전적 마커 발견우리는 대규모 집단의 동시 시퀀싱을 가능하게 하는 고처리량 이중 바코드 시스템과 효율성을 향상시키는 유전자좌 특이적 증폭을 통합하여 다양한 연구 질문의 요구 사항을 충족하는 다양한 태그 수를 보장합니다.
● 게놈에 대한 낮은 의존도이 방법은 참조 게놈이 있는 종과 없는 종 모두에 적용할 수 있습니다.
●유연한 설계 방식단일 효소 소화, 이중 효소 소화, 다중 효소 소화 및 다양한 종류의 효소를 선택하여 연구 목표나 대상 종에 맞게 조정할 수 있습니다.
● 효소 소화의 높은 효율성: 진행컴퓨터 시뮬레이션사전 설계 및 사전 실험을 통해 염색체 상에 SLAF 태그가 고르게 분포되고(SLAF 태그 1개/4Kb) 반복 서열이 감소된(<5%) 최적의 설계를 보장합니다.
●폭넓은 전문 지식저희는 식물, 포유류, 조류, 곤충 및 수생 생물을 포함한 수백 종에 걸쳐 5,000건 이상의 SLAF-Seq 프로젝트를 성공적으로 완료한 실적을 바탕으로 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공합니다.
● 자체 개발한 생물정보학 워크플로우우리는 SLAF-Seq의 최종 결과물의 신뢰성과 정확성을 보장하기 위해 통합 생물정보학 워크플로우를 개발했습니다.
서비스 사양
| 분석 유형 | 권장 인구 규모 | 시퀀싱 전략 | |
| 태그 시퀀싱의 깊이 | 태그 번호 | ||
| 유전자 지도 | 부모 2명과 자손 150마리 이상 | 부모: 20x WGS 자손: 10배 | 게놈 크기: <400MB: 전장 유전체 시퀀싱(WGS)을 권장합니다. <1GB: 태그 10만개 1-2GB:: 200K 태그 >2GB: 300K 태그 최대 50만 개의 태그 |
| 게놈 전체 연관 연구(GWAS) | 200개 이상의 샘플 | 10배 | |
| 유전적 진화 | 30개 이상의 샘플, 각 하위 그룹에서 10개 이상의 샘플 | 10배 | |
서비스 요구사항
농도 ≥ 5 ng/µL
총량 ≥ 80 ng
나노드롭 OD260/280=1.6-2.5
아가로스 겔: 분해 또는 오염이 없거나 매우 제한적임
권장 샘플 배송
용기: 2ml 원심분리 튜브
(대부분의 시료는 에탄올에 보관하지 않는 것을 권장합니다.)
시료 라벨링: 시료는 명확하게 라벨링되어야 하며, 제출된 시료 정보 양식과 동일해야 합니다.
운송: 드라이아이스: 시료는 먼저 비닐봉지에 담아 드라이아이스에 묻어야 합니다.
서비스 워크플로우
샘플 QC
시범 실험
SLAF 실험
도서관 준비
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
우리의 생물정보학 분석은 다음과 같이 구성됩니다.
데이터 품질 관리 및 데이터 트리밍을 통해 N이 풍부한 리드, 어댑터 리드 또는 품질이 낮은 리드를 제거합니다.
정제된 시퀀싱 데이터의 두 번째 품질 관리 단계에서는 염기 분포, 시퀀스 품질 및 데이터 평가를 확인하고, 소화 효율과 삽입된 DNA 조각도 확인합니다.
판독 결과를 확인한 후에는 두 가지 옵션이 있습니다.
- 참조 게놈에 매핑
- 참조 게놈 없이: 클러스터링
그 후, SLAF 태그 분석을 통해 마커 발굴에 도움이 되는 변이 검출(SNP, InDel, SNV, CV 검출 및 주석)을 수행합니다.
염색체 상의 SLAF 태그 분포:
염색체 상의 SNP 분포:
SNP 주석
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| SNP 호출 |
| 2022 | 식물 과학의 최첨단 분야 | 6.623 | 가뭄 환경에서 껍질 없는 보리 표현형의 게놈 전체 연관 지도 작성.
| GWAS |
