특정 위치 증폭 단편 시퀀싱(SLAF-Seq)
워크플로
이 서비스에는 라이브러리 준비 시 최적의 효소 선택을 보장하기 위해 실리코 환경에서 사전 설계된 부분이 있습니다.
기술 계획
서비스 특징
● PE150을 사용한 NovaSeq에서 시퀀싱.
● 이중 바코딩을 통한 라이브러리 준비로 1000개 이상의 샘플을 풀링할 수 있습니다.
● 참조 게놈과 독립적:
참조 게놈을 통한 SNP 및 InDel 발견
참조 게놈 없이: 샘플 클러스터링 및 SNP 발견
● 에서실리코사전 설계 단계에서는 여러 제한 효소 조합을 검사하여 게놈 전체에 SLAF 태그가 균일하게 분포되는 조합을 찾습니다.
● 사전 실험에서는 3개의 샘플에서 3가지 효소 조합을 테스트하여 9개의 SLAF 라이브러리를 생성하고, 이 정보를 사용하여 프로젝트에 가장 적합한 제한 효소 조합을 선택합니다.
서비스 장점
●고유전성 마커 발견: 우리는 대량 집단의 동시 시퀀싱과 유전자좌 특정 증폭을 통해 효율성을 높이는 고처리량 이중 바코드 시스템을 통합하여 태그 번호가 다양한 연구 질문의 다양한 요구 사항을 충족하도록 보장합니다.
● 게놈에 대한 낮은 의존도: 참조 유전체가 있는 종이나 없는 종에 적용될 수 있습니다.
●유연한 계획 설계: 단일 효소, 이중 효소, 다중 효소 소화 및 다양한 유형의 효소를 모두 선택하여 다양한 연구 목표나 종에 맞게 사용할 수 있습니다.
● 효소 소화의 높은 효율성: 전도실리코사전 설계와 사전 실험을 통해 염색체에 SLAF 태그가 고르게 분포(1 SLAF 태그/4Kb)되고 반복 시퀀스가 감소(<5%)하는 최적의 설계가 보장됩니다.
●광범위한 전문성: 저희는 식물, 포유류, 조류, 곤충, 수생 생물을 포함한 수백 종에 대한 5,000개 이상의 SLAF-Seq 프로젝트를 성사시킨 실적을 바탕으로 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공합니다.
● 자체 개발된 생물정보학 워크플로: 우리는 최종 출력의 신뢰성과 정확성을 보장하기 위해 SLAF-Seq를 위한 통합 생물정보학 워크플로를 개발했습니다.
서비스 사양
| 분석 유형 | 권장 인구 규모 | 시퀀싱 전략 | |
| 태그 시퀀싱의 깊이 | 태그 번호 | ||
| 유전자 지도 | 부모 2명과 자손 150명 이상 | 부모: 20x WGS 오프스핑: 10배 | 게놈 크기: <400Mb: WGS 권장 <1Gb: 100K 태그 1-2Gb:: 200K 태그 >2Gb: 300K 태그 최대 50만 개의 태그 |
| 전장 유전체 연관 연구(GWAS) | ≥200개 샘플 | 10배 | |
| 유전적 진화 | 각 하위 그룹에서 10개 이상의 샘플을 포함하여 ≥30개 샘플 | 10배 | |
서비스 요구 사항
농도 ≥ 5 ng/µL
총량 ≥ 80 ng
나노드롭 OD260/280=1.6-2.5
아가로스 겔: 분해나 오염이 없거나 제한적임
권장 샘플 배송
용기: 2ml 원심분리관
(대부분의 샘플은 에탄올에 보관하지 않는 것이 좋습니다)
샘플 라벨링: 샘플에는 명확한 라벨이 붙어 있어야 하며 제출된 샘플 정보 양식과 동일해야 합니다.
배송: 드라이아이스: 샘플은 먼저 봉지에 포장한 후 드라이아이스에 묻어야 합니다.
서비스 워크플로
샘플 QC
파일럿 실험
SLAF 실험
도서관 준비
시퀀싱
데이터 분석
애프터 서비스
당사의 생물정보학적 분석은 다음과 같습니다.
N이 풍부한 읽기, 어댑터 읽기 또는 품질이 낮은 읽기를 제거하기 위한 데이터 QC 및 데이터 트리밍.
깨끗한 리드에 대한 두 번째 품질 관리에서는 염기 분포, 시퀀스 품질 및 데이터 평가를 확인하고, 소화 효율성과 얻은 삽입물도 확인합니다.
읽기가 확인되면 두 가지 옵션이 있습니다.
- 참조 게놈에 매핑
- 참조 게놈 없이: 클러스터링
그 후, SLAF 태그 분석을 사용하여 마커 발견에 도움이 되는 일부 변형 호출을 수행합니다. SNP, InDel, SNV, CV 호출 및 주석
염색체의 SLAF 태그 분포:
염색체의 SNP 분포:
SNP 주석
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| 2022 | 식물생명공학저널 | 8.154 | ST1 식별은 대두 재배 중 종자 형태와 오일 함량의 히치하이킹을 포함하는 선택을 보여줍니다.
| SNP 호출 |
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| GWAS |
