10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Features
● Resolution: 100 µM
● Dirêjahiya deqê: 55 µM
● Hejmara deqan: 4992
● Qada girtinê: 6,5 x 6,5 mm
● Her cihê barkodkirî bi primerên ku ji 4 beşan pêk tên barkirî ye:
- dûvika poly(dT) ji bo primkirina mRNA û senteza cDNA
- Nasnameya Molekulê ya Yekta (UMI) ji bo rastkirina berevajîkirina mezinbûnê
- Barcode mekan
- Rêzeya girêdanê ya xwendina qismî 1 rêziksaziyê
● H&E rengkirina beşan
Avantajên
●Xizmeta yek-stop: Hemî ezmûn û gavên bingehîn ên jêhatîbûnê, di nav de dabeşkirina kryo, rengkirin, xweşbîniya tevnvîsê, barkodkirina cîhê, amadekirina pirtûkxaneyê, rêzkirin û biyoinformatics yek dike.
● Tîmek teknîkî ya pir jêhatî: bi ezmûna zêdetirî 250 cureyên tevnvîsê û 100+ cureyên di nav de mirov, mişk, memik, masî û nebatan.
●Nûvekirina rast-ê li ser tevahiya projeyê: bi kontrolkirina tevahî ya pêşkeftina ceribandinê.
●Bioinformatics standard a berfireh:pakêt 29 analîz û 100+ hejmarên kalîteya bilind vedihewîne.
●Analîz û dîtbariya daneya xwerû: ji bo daxwazên lêkolînên cihêreng hene.
●Analîza hevbeş a vebijarkî bi rêzgirtina mRNA ya yek-hucreyî
Specifications
| Sample Requirements | Pirtûkxane | Stratejiya rêzgirtinê | Daneyên pêşniyar kirin | Kontrola Kalîteyê |
| Nimûneyên cryo yên OCT-vekirî, nimûneyên FFPE (Dîrêjê herî baş: bi qasî 6x6x6 mm3) 3 blokên her nimûne | Pirtûkxaneya cDNA ya 10X Visium | Illumina PE150 | 50K PE li her cîhê dixwîne (60 Gb) | RIN>7 |
Ji bo bêtir agahdarî li ser rêbernameya amadekirina nimûneyê û xebata karûbarê karûbarê, ji kerema xwe bi dilxwazî biaxivin apisporê BMKGENE
Xebata Xizmetê
Di qonaxa amadekirina nimûneyê de, ceribandinek destpêkî ya derxistina RNA ya girseyî tê kirin da ku pê ewle bibe ku RNA-ya kalîteya bilind dikare were bidestxistin.Di qonaxa xweşbînkirina tevnê de beş têne rengkirin û xuyang kirin û şert û mercên permeabilîzasyonê ji bo serbestberdana mRNA ji tevneyê xweştir dibin.Dûv re protokola xweşbînkirî di dema avakirina pirtûkxaneyê de, li dûv rêzkirin û analîza daneyê tê sepandin.
Karûbarê karûbarê bêkêmasî nûvekirinên rast-ê û pejirandinên xerîdar vedihewîne da ku dorhêlek bersivdayînê bidomîne, ku pêkanîna projeyek bêkêmasî misoger dike.
Di nav de analîzên jêrîn hene:
Kontrola Kalîteya Daneyê:
o Hilberîna daneyan û dabeşkirina pîvana kalîteyê
o Tespîtkirina genê li her cîhê
o Vegirtina tevnvîsê
Analîzkirina nimûneya hundurîn:
o Dewlemendiya genê
o Komkirina deqê, tevî analîza pîvanê kêmkirî
o Analîzkirina îfadeya cihêreng a di navbera koman de: Naskirina genên nîşanker
o Danasîna fonksiyonel û dewlemendkirina genên nîşanker
Analîza nav-kom
o Ji nû ve berhevkirina deqan ji herdu nimûneyan (mînak nexweşî û kontrol) û ji nû ve kombûnê
o Naskirina genên nîşanker ji bo her komê
o Danasîna fonksiyonel û dewlemendkirina genên nîşanker
o Îfadeya Cûda ya heman komê di navbera koman de
Inner-nimûne Analysis
Clustering spot
Nasnameya genên nîşanker û belavkirina mekan
Analysis Inter-kom
Kombînasyona daneyê ji her du koman û ji nû ve komê
Genên nîşanker ên komên nû
Pêşketinên ku ji hêla karûbarê transkriptomîk a cîhê BMKGene ve ji hêla 10X Visium ve hatî hêsan kirin Di van weşanên diyarkirî de bigerin:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, homologek potansiyel a Drosophila ya GPCR-ên adhezîyona mammalan, beşdarî reaksiyonên antîtumor ên li ser şaneyên onkojenîk ên derzîkirî yên di mêşan de ye', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), r.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL xêzkirina bi rezîliya bilind a daneyên transkrîptomî yên cîhê-demî pêk tîne', Briefings in Bioinformatics, 24(2), rûpel 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Di pêşkeftina kulîlkên orkîdê de Atlasek feza-demî ya organogenesisê', Lêkolîna Asîdên Nukleîk, 50 (17), rûp. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integrating Transcriptomics Spatial and single-nucleus RNA Sequencing Stratejiyên Dermankirî yên Potansiyel ên ji bo Leiomyoma Uterine Reveals, Kovara Navneteweyî ya Zanistên Biyolojîkî, 19 (8), rûpel 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
