10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Nexşeya Teknîkî
Taybetmendî
● Çareserî: 100 µM
● Diametera xalê: 55 µM
● Hejmara cihan: 4992
● Qada kişandinê: 6.5 x 6.5 mm
● Her xala barkodkirî bi primerên ku ji 4 beşan pêk tên, barkirî ye:
- dûvika polî(dT) ji bo amadekirina mRNA û senteza cDNA
- Nasnameya Molekulî ya Bêhempa (UMI) ji bo rastkirina xeletiya amplîfîkasyonê
- Barkoda cîhî ya fezayî
- Rêzeya girêdanê ya prîmera rêzkirina xwendina qismî 1
● Boyaxkirina H&E ya beşan
Awantaj
●Xizmeta Yek-rawestgehîhemû gavên li ser bingeha ezmûn û jêhatîbûnê, di nav de krîo-section, boyaxkirin, çêtirkirina tevnan, barkodkirina fezayî, amadekirina pirtûkxaneyê, rêzkirin û bîyoenformatîk, vedihewîne.
● Tîma Teknîkî ya Pisporbi ezmûna di zêdetirî 250 cureyên tevnan û 100+ cureyan de, di nav de mirov, mişk, memik, masî û nebat.
●Nûvekirina Demrast a Tevahiya Projeyê: bi kontrola tevahî ya pêşveçûna ceribandinê.
●Biyoenformatîka Standard a Berfireh:pakêt 29 analîz û zêdetirî 100 hejmarên bi kalîteya bilind dihewîne.
●Analîzkirin û Dîtbarîkirina Daneyên Xweserkirî: ji bo daxwazên lêkolînê yên cûda peyda ye.
●Analîza Hevbeş a Vebijarkî bi Rêzkirina mRNA ya Yek-hucreyî
Taybetmendî
| Pêdiviyên Nimûneyê | Pirtûkxane | Stratejiya rêzkirinê | Daneyên pêşniyarkirî | Kontrola Kalîteyê |
| Nimûneyên krîo yên bi OCT-ê ve hatine bicîhkirin (Dirêjahiya çêtirîn: nêzîkî 6x6x6 mm³) 2 blok ji bo her nimûneyekê | Pirtûkxaneya cDNA ya 10X Visium | Illumina PE150 | 50K PE xwendin li ser her cihî (60Gb) | RIN > 7 |
Ji bo bêtir agahdarî li ser rêbernameya amadekirina nimûneyê û xebata karûbarê, ji kerema xwe bi kesekî re biaxivin.Pisporê BMKGENE
Herikîna Karê Xizmetê
Di qonaxa amadekirina nimûneyê de, ceribandineke destpêkê ya derxistina RNA-ya girseyî tê kirin da ku piştrast bibe ku RNA-yek bi kalîte bilind dikare were bidestxistin. Di qonaxa optimîzasyona tevnê de beş têne boyaxkirin û xuyangkirin û şert û mercên permeabilîzasyonê ji bo berdana mRNA ji tevnê têne optimîzkirin. Protokola optimîzkirî dûv re di dema avakirina pirtûkxaneyê de tê sepandin, dûv re rêzkirin û analîzkirina daneyan.
Herikîna karûbarê ya tevahî nûvekirinên demrast û piştrastkirinên xerîdar vedihewîne da ku çerxek bersivdayînê ya bersivdayî biparêze, û pêkanîna projeyê xweş misoger bike.
Analîza jêrîn vedihewîne:
Kontrola Kalîteya Daneyan:
o Derxistina daneyan û belavkirina puana kalîteyê
o Tesbîtkirina genê li ser her xalê
o Veşartina tevnan
Analîza Nimûneya Hundirîn:
o Dewlemendiya genan
o Komkirina xalan, tevî analîza pîvanên kêmkirî
o Analîza îfadeya cuda di navbera koman de: destnîşankirina genên nîşanker
o Têbînîkirin û dewlemendkirina fonksiyonel a genên nîşanker
Analîza Nav-Grûpan
o Ji nû ve komkirina xalên ji her du nimûneyan (mînak nexweş û kontrol) û ji nû ve komkirin
o Nasîna genên nîşanker ji bo her komê
o Têbînîkirin û dewlemendkirina fonksiyonel a genên nîşanker
o Derbirîna Cûda ya heman komê di navbera koman de
Analîza Nimûneya Hundirîn
Kombûna xalan
Nasandina genên nîşanker û belavkirina cîhî
Analîza Nav-Grûpan
Têkelkirina daneyan ji her du koman û ji nû ve komkirin
Genên nîşanker ên komên nû
Pêşketinên ku ji hêla karûbarê transkrîptomîk a fezayî ya BMKGene ve ji hêla 10X Visium ve têne hêsankirin, di van weşanên taybetî de bikolin:
Chen, D. û yên din (2023) 'mthl1, homologek potansiyel a Drosophila ya GPCR-yên adhesiona memikan, di reaksiyonên dij-tumor de li hember hucreyên onkojenîk ên di mêşan de beşdar e',Karûbarên Akademiya Zanistî ya Neteweyî ya Dewletên Yekbûyî yên Amerîkayê, 120(30), r. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. û yên din (2023) 'STEEL rê dide diyarkirina daneyên transkrîptomîk ên cihî-demkî bi çareseriya bilind',Agahiyên Kurte di Biyoenformatîkê de, 24(2), r. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. û yên din (2022) 'Atlaseke cihî-demkî ya organogenezê di pêşveçûna kulîlkên orkîdeyê de',Lêkolîna Asîdên Nukleîk, 50(17), rûpel 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. û yên din (2023) 'Yekkirina Transkrîptomîka Cihî û Rêzkirina RNA ya Yek-nukleus Stratejiyên Dermankirinê yên Potansiyel ji bo Leiomyomaya Malzarokê Eşkere Dike',Kovara Navneteweyî ya Zanistên Biyolojîkî, 19 (8), rûpel 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
