16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Avantajên Service
● Xwendinên dirêj rêzika tev-dirêj a 16S/18S/ITS eşkere dikin
● Bi rêzgirtina moda PacBio CCS re bangawaziya bingehîn a pir rast
● Di şirovekirina OTU/ASV de çareseriya asta celebê
● Herikîna QIIME2 ya herî paşîn bi analîzên cihêreng di warê databas, annotasyon, OTU/ASV de analîz dike.
● Ji bo lêkolînên civaka mîkrobial ên cihêreng tê sepandin
● BMK bi zêdetirî 100,000 nimûneyan/salê xwedan ezmûnek berfireh e, ku ax, av, gaz, lûk, feq, rûvî, çerm, şûşeya fermentasyonê, kêzik, nebat, hwd vedigire.
● BMKCloud şirovekirina daneyê hêsan kir ku tê de 45 amûrên analîzkirina kesane hene
Specifications Service
| RêzkirinRawesta axaftevan | Pirtûkxane | Daneyên pêşniyar kirin | Demê zivirandinê |
| PacBio Sequel II | SMRT-zengil | 5K/10K/20K Tags | 44 rojên xebatê |
Analîzên Bioinformatics
● Kontrolkirina kalîteya daneya xav
● Komkirina OTU/Dengê jêbirin (ASV)
● annotation OTU
● cihêrengiya Alpha
● cihêrengiya Beta
● Analîzên navbera koman
● Analîza komeleyê li dijî faktorên ceribandinê
● Pêşbîniya genê fonksiyonê
Sample Requirements û Delivery
Pêdiviyên Nimûne:
BoDerxistina DNA:
| Tîpa Nimûne | Biha | Lisersekinî | Paqijiyê |
| Derxistina DNA | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ji bo nimûneyên hawirdorê:
| Tîpa nimûne | Pêvajoya nimûneyê ya pêşniyar kirin |
| Erd | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Pêdivî ye ku maddeya hişkbûyî ya mayî ji rûyê erdê were rakirin;Parçeyên mezin hûr bikin û di parzûna 2 mm re derbas bikin;Ji bo veqetandinê di lûleya EP an cyrotube ya sterîl de nimûneyên aliqut. |
| Feces | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Ji bo veqetandinê di lûleya EP-ya sterîl an çîrûkek sterîl de nimûneyan berhev bikin û veqetînin. |
| Naveroka rovî | Pêdivî ye ku nimûne di bin şertên aseptîk de bêne çêkirin.Bi PBS tevna berhevkirî bişon;PBS-ê santrîfuj bikin û baranê di lûleyên EP-ê de berhev bikin. |
| Sludge | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Ji bo veqetandinê di lûleya EP-ê ya sterîl an jî di lûleya krîyoyê de nimûneya lûlê berhev bikin û veqetînin |
| Waterbody | Ji bo nimûneya bi mîqdarek sînorkirî ya mîkroban, wek ava tîrêjê, ava bîrê, hwd., Bi kêmanî 1 L av berhev bikin û di parzûna 0.22 μm re derbas bikin da ku mîkrobialê li ser membranê dewlemend bikin.Parzûnê di lûleya sterîl de hilînin. |
| Çerm | Bi baldarî rûbera çerm bi pembûya sterîl an jî lûleya neştergerî biperçiqînin û bixin nav lûleya sterîl. |
Pêşniyara Sample Delivery
Nimûneyan di nîtrojena şil de 3-4 demjimêran bicemidînin û di nîtrojena şil de an -80 derece ji bo veqetandina demdirêj hilînin.Veguheztina nimûneyê bi qeşa hişk hewce ye.
Xizmeta Kar Herikîna
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
1. Rêjeya annotasyonê ya profîlên civata mîkrobial a li ser bingeha V3+V4(Illumina) beramberî profîlên bi tevahî dirêjahî (PacBio).
(Daneyên 30 projeyên ku bi korfelaqî hatine hilbijartin ji bo îstatîstîkê hatine sepandin)
2. Rêjeya şîrovekirina rêzika amplikonê ya tev-dirêj di asta cûrbecûr de di celebên nimûneyên cihê de
3.Belavbûna cureyan
4.Dara fîlojenî
BMK Case
Ragihandina arsenîk zirarê digihîne astengiya rûvî û di encamê de aktîvkirina eksê rûvî-kezebê dibe sedema iltîhaba û pîroptoza kezebê di dîkan de.
Weşandin:Zanistiya Tevahiya Jîngehê,2021
Stratejiya rêzgirtinê:
Nimûne: Kontrol li hember 8 mg/kg koma vekirî ya ATO
Hilberîna daneya rêzkirinê: Bi tevahî 102,583 rêzikên CCS yên xav
Kontrol: 54,518 ± 747 CCS bandorker
ATO-vekirî: 45,050 ± 1675 CCS bandorker
Encamên sereke
Cûdahiya Alpha:Ragihandina ATO bi girîngî dewlemendî û cihêrengiya mîkrobiya rûvî ya di dîkan de guhezand.
Analîzên metastats:
Di asta fîlimê de: 2 fîlên bakterî tenê di komên kontrolê de têne dîtin
Di asta cinsê de: 6 cins di pirbûna nisbî de bi girîngî cûda hatin dîtin
Di asta cureyan de: Bi tevahî 36 cure hatin tesbîtkirin, ku 6 ji wan di pirbûna vejînê de bi girîngî ji hev cuda ne.
Balkêşî
Thingholm, LB, et al."Kesên qelew bi û bêyî şekirê tîp 2, kapasîteya fonksiyonê ya mîkrobîkî ya gurçikê û pêkhatina cûda nîşan didin."Host & Mîkrob Cell26.2 (2019).
