Têketina BMKCloud

Berhem

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Wêneya Taybetmendî ya Rêzkirina Amplîkonê ya 16S/18S/ITS-PacBio

Genên rRNA yên 16S û 18S, digel herêma Internal Transcribed Spacer (ITS), ji ber tevlîheviya herêmên pir parastî û hîper-guherbar wekî nîşankerên şopa tiliyên molekulî yên girîng kar dikin, ku wan dike amûrên bêqîmet ji bo taybetmendiya organîzmayên prokaryotîk û eukaryotîk. Zêdekirin û rêzkirina van herêman ji bo lêkolîna pêkhateya mîkrobî û cihêrengiyê li seranserê ekosîstemên cûrbecûr nêzîkatiyek bê îzole pêşkêş dike. Her çend rêzkirina Illumina bi gelemperî herêmên kurt ên hîper-guherbar ên wekî V3-V4 yên 16S û ITS1 hedef digire jî, hatiye nîşandan ku şîrovekirina taksonomîk a bilind bi rêzkirina dirêjahiya tevahî ya 16S, 18S, û ITS ve tê bidestxistin. Ev nêzîkatiya berfireh dibe sedema rêjeyên bilindtir ên rêzikên bi rastî hatine dabeşkirin, ku astek çareseriyê digihîne nasnameya cureyan. Platforma rêzkirina Yek-Molekulê ya Dem-Rast (SMRT) ya PacBio bi peyda kirina xwendinên dirêj ên pir rast (HiFi) ku amplîkonên dirêjahiya tevahî vedihewîne, derdikeve pêş, û bi rastbûna rêzkirina Illumina re reqabetê dike. Ev şiyan rê dide lêkolîneran ku bi dest bixin avantajeke bêhempa - dîtineke panoramîk a dîmena genetîkî. Veguhestina berfireh çareseriyê di şîrovekirina cureyan de, nemaze di nav civakên bakterî an fungî de, bi girîngî bilind dike, û têgihîştineke kûrtir a tevliheviyên nifûsên mîkrobî peyda dike.

Paqij bûn

Agahiyên Xizmetê

Bîyoenformatîk

Encamên Demo

Weşanên sereke

Taybetmendiyên Xizmetê

● Platforma rêzkirinê: PacBio Revio

● Moda rêzkirinê: CCS (xwendinên HiFi)

● Berî amadekirina pirtûkxaneya zengila HiFi SMRT, zêdekirina herêma hedef û dûv re girêdana tandem a amplîkonan

Avantajên Xizmetê

●Çareseriya taksonomîk a bilindtir: Trêzkirina amplîkonên kurt ên han,rêjeyên dabeşkirina OTU yên bilindtir di asta cureyan de çalak dike.

●Bangkirina bingehîn a pir rast: Rêzkirina moda PacBio CCS (xwendinên HiFi).

●Bê tecrîdNasîna bilez a pêkhateya mîkrobî di nimûneyên jîngehê de.

●Bi berfirehî tê sepandinLêkolînên cihêreng ên li ser civaka mîkrobî.

●Analîza biyoenformatîkî ya berfirehPakêta herî dawî ya QIIME2 (têgihîştina hejmarî ya ekolojiya mîkrobî) bi analîzên cihêreng di warê databasa, şîrovekirin, OTU/ASV de.

●Pisporiya BerfirehBMKGENE, bi hezaran projeyên rêzkirina amplîkonan ên ku salane têne lidarxistin, zêdetirî deh sal ezmûn, tîmek analîzê ya pir jêhatî, naveroka berfireh, û piştgiriya piştî firotanê ya hêja tîne.

Taybetmendiyên Xizmetê

Pirtûkxane	Stratejiya Rêzkirinê	Daneyên pêşniyarkirî
Amplîkon	PacBio Revio	Etîketên 10/30/50 K (CCS)

Pêdiviyên Nimûneyê

Têkelbûn (ng/µL)	Tevahî mîqdar (µg)	Qebare (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Radestkirina Nimûneya Pêşniyarkirî

Nimûneyan 3-4 saetan di nîtrojena şil de cemidînin û di nîtrojena şil de an jî di -80 pileyan de ji bo demek dirêj hilînin. Pêdivî ye ku nimûne bi qeşaya hişk re werin şandin.

Herikîna Karê Xizmetê

Radestkirina nimûneyê

Avakirina pirtûkxaneyê

Rêzkirin

Analîza daneyan

Xizmetên piştî firotanê

Pêşî: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Piştî: Testa Kromatîna Gihîştî ya Transposazeyê bi Rêzkirina Berdest a Bilind (ATAC-seq)

Analîza jêrîn vedihewîne:

● Kontrolkirina kalîteya daneyên xav

● Komkirina OTU/Dengdanîkirin (ASV)

● Têbînîkirina OTU

● Analîza cihêrengiya Alpha: gelek endeks, di nav de Shannon, Simpson û ACE.

● Analîza cihêrengiya beta

● Analîza di navbera koman de

● Analîza têkiliyê: di navbera faktorên jîngehê û pêkhate û cihêrengiya OUT de

●Pêşbîniya gena fonksiyonel a 16S

Hîstograma belavbûna taksonomîk

Dara fîlojenetîk a belavbûna civakê

Analîza cihêrengiya Alpha: ACE

naverok

Analîza cihêrengiya Beta: PCoA

Analîza navbera koman: ANOVA

Bi rêya berhevokeke weşanên bijartî, pêşketinên ku ji hêla karûbarên rêzkirina amplîkonên BMKGene ve bi PacBio re têne hêsankirin, vekolin.

Gao, X. û Wang, H. (2023) 'Analîza Berawirdî ya Profîl û Fonksiyonên Bakteriyên Rûviya Sor di Dema Adaptasyonê de li Fenolojiyên Cûda (Giyayî û Nûjenkirî) di Miyên Merîno yên Alpî de bi Du Qonaxên Mezinbûnê li ser Çêmenek Alpî', Fermentation, 9(1), r. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. û yên din (2023) 'Girtina madeya tarî ya mîkrobî di axên çolê de bi karanîna metagenomîkên li ser bingeha kulturomîkê û analîza çareseriya bilind', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. û yên din. (2022) 'Bandorên xwêyên asîdên rûn li ser taybetmendiyên fermentasyonê, cihêrengiya bakteriyan û aramiya aerobîk a sîloya tevlihev a bi joncî, giyayê birinc û qalikê genim hatî amadekirin', Kovara Zanista Xwarin û Çandiniyê, 102(4), r. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. û yên din (2023) 'Têkiliya di navbera nîşankerên stresa oksîdatîf û mîkrobiotaya rûvî de di bandorên antîoksîdan ên ekstraktên ji Sonchus brachyotus DC. de di stresa oksîdatîf a rûvî ya ji ber Oxazolone di masiyên zebra yên mezin de', Antioxidants 2023, Cild 12, Rûpel 192, 12(1), r. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.