Testa Kromatîna Gihîştî ya Transposazeyê bi Rêzkirina Berdest a Bilind (ATAC-seq)
Taybetmendiyên Xizmetê
● Xizmet ji bo parastina têkiliyên DNA-proteînê, li şûna asîdên nukleîk ên hatine derxistin, nimûneyên tevnan hewce dike.
● Rêbaza ATAC jihevqetandina tevnan, dû re jî veqetandina navik, dermankirin û paqijkirina Tn5, zêdekirina PCR, hilbijartina mezinahî û rêzkirina rêzê vedihewîne.
● Rêzkirin di Illumina NovaSeq de
Avantajên Xizmetê
●Hestiyariya Bilind:ji bo amadekirin û rêzkirina pirtûkxaneyê mîqdara şaneyên destpêkê ya kêm bes e.
●Teknîkeke Pir Agahdar: di heman demê de cihên genomîk ên kromatîna vekirî û hêmanên rêkûpêk ên çalak ên wekî cihên girêdana faktorên transkrîpsiyonê eşkere dike.
●Dubarekirina Ceribandinê ya BaşKopiyên teknîkî dubarekirinek hêja nîşan didin.
●Pisporiya BerfirehBMKGENE bi sedan projeyên rêzkirina ATAC-ê yên ku bi serkeftî hatine temamkirin, zêdetirî deh sal ezmûn, tîmek analîzê ya pir jêhatî, naveroka berfireh, û piştgiriya piştî firotanê ya hêja tîne.
●Îmkana tevlêbûna bi Analîza Transcriptomics re: rê dide analîza yekgirtî ya rêza ATAC bi daneyên din ên omîk ên wekî RNA-seq.
● Analîza Biyoenformatîkî ya Berfirehne tenê destnîşankirina herêmên vekirî yên kromatînê û fonksiyona wan a têkildar (promoter, UT, ekson, întron) gengaz dike, lê di heman demê de analîzkirina cûdahiyên di navbera herêmên vekirî yên kromatînê yên di navbera nimûneyan de jî gengaz dike.
Taybetmendiyên Xizmetê
| Pirtûkxane | Stratejiya Rêzkirinê | Derana daneyên pêşniyarkirî | Kontrola kalîteyê |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20 milyon xwendin Li gorî mezinahiya genomê (Mirov: 50 milyon xwendin) | Q30≥85% |
Pêdiviyên Nimûneyê
Cureyê nimûneyan: Teşeyên tevnvîskirî, şaneyên zindî an cemidî, xwîn
● Hejmara şaneyan: ≥ 106şaneyan
● Giraniya tevnê: ≥ 200mg tevnê teze
● Xwîn: ≥ 4 mL
Herikîna Karê Xizmetê
Sêwirana ceribandinê
Radestkirina nimûneyê
Derxistina DNAyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Analîza jêrîn vedihewîne:
● Kontrolkirina kalîteya daneyên xav;
● Gazîkirina lûtkeyê li ser bingeha nexşeya genoma referansê;
● Nirxandina genê li ser cihê lûtkeyê;
● Analîza Motîfê: destnîşankirina cihên girêdana faktorên transkrîpsiyonê (TFBS);
● Analîza Lûtkeya Cûda û şîrovekirin.
1. Nexşeya germê li ser belavkirina xwendinên ATAC li TSS û herêmên cîran (±3 kb)
2. Belavbûna herêma kromatîna vekirî di pêkhateyên cuda yên genomê de
3. Bangkirina lûtkeya cuda di navbera koman de
Bi rêya berhevokeke weşanên bijartî, pêşketinên lêkolînê yên ku ji hêla karûbarên rêzkirina ATAC yên BMKGene ve têne hêsankirin, vekolin.
Fu, A.û yên din(2023) 'Civîna genoma telomer-bi-telomere ya xiyar tal (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) pêşketin, pêkhate û taybetmendiyên genetîkî yên gihîştina fêkiyan eşkere dike',Lêkolîna Baxçevaniyê, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.û yên din(2023) 'Aktîvkirina epîgenetîk û transkrîpsiyonî ya kînaza veşartî FAM20C wekî onkojenek di gliomayê de',Kovara Genetîk û Genomîkê, 50(6), rûpel 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ew, Y.û yên din(2023) 'Butyrate bi rêya tepeserkirina xCT ya girêdayî c-Fos berxwedana ferroptozê di kansera kolon û rektûmê de berevajî dike',Biyolojiya Redoksê, 65, r. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
