Genomîka Berawirdî
Avantajên Xizmetê
●Qeydên Pisporî û Weşanê yên BerfirehBi berhevkirina wan, BMKGene zêdetirî 90 projeyên genomîk ên berawirdî temam kiriye, bi faktora bandora berhevkirî ya ku gihîştiye 900.
●Analîza biyoenformatîkê ya berfirehpakêta analîzan heşt analîzên herî gelemperî yên pêwîst dihewîne, hejmarên amade-ji-bo-weşandinê yên baş-dîzaynkirî peyda dike û dihêle ku şîrovekirinek hêsan a encaman were kirin.
●Tîmeke biyoenformatîkê ya jêhatî û çerxeke analîzê ya kurtTîma BMKGene, bi ezmûneke mezin di analîza genomîk a berawirdî de, di demek kurt de daxwazên analîzên kesane yên cihêreng pêk tîne.
●Piştgiriya Piştî Firotanê:Pabendbûna me ji temamkirina projeyê û pê ve jî bi xizmeteke 3-mehî ya piştî firotanê berdewam dike. Di vê demê de, em şopandina projeyê, alîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û rûniştinên Pirs û Bersîvê pêşkêş dikin da ku pirsên têkildarî encaman çareser bikin.
Taybetmendiyên Xizmetê
| Dema texmînkirî ya zivirînê | Hejmara cureyan | Analîz |
| 30 rojên xebatê | 6 - 12 | Komkirina malbata genan Berfirehbûn û biçûkbûna malbata genan Avakirina dara fîlojenetîk Texmîna dema cudabûnê (Pêdivî bi kalibrasyona fosîlan heye) Dema danîna LTR (Ji bo nebatan) Dubarekirina tevahiya genomê (Ji bo nebatan) Zexta bijartî Analîza synteny |
Analîzên biyoenformatîkê
● Malbata genan
● Fîlogenêtîk
● Dema cudabûnê
● Zexta bijartî
● Analîza synteny
Pêdiviyên Nimûneyan û Radestkirin
Pêdiviyên Nimûneyê:
Tevn an DNA ji bo rêzkirina û komkirina genoma
Ji bo tevnvîsê
| Cure | Desmal | Lêkolîn | PacBio CCS |
| Teba | Teşeya zikê | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Teşeya masûlkeyan | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 mL | |||
| Xwîna memikan | |||
| ≥ 0.5 mL | |||
| Xwîna mirîşk/masî | |||
| Karxane | Pelê Teze | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petal/Qûm | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Kok/Toxm | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Xaneyan | Hucreya çandî | - | ≥ 1 x 108 |
Jimare
Pelên rêza genomê (.fasta) û pelên şîrovekirinê (.gff3) yên cureyên nêzîk
Herikîna Karê Xizmetê
Sêwirana ceribandinê
Radestkirina nimûneyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Xizmetên piştî firotanê
*Encamên demo yên li vir têne nîşandan hemî ji genomên ku bi Biomarker Technologies hatine weşandin in.
1. Texmîna dema danîna LTR: Wêne belavbûnek du-modal a bêhempa di demên danîna LTR-RT-yan de di genoma çavderê Weining de nîşan dide, li gorî cureyên din. Lûtkeya herî dawî nêzîkî 0.5 milyon sal berê derketiye holê.
Li Guang û yên din,Genetîka Xwezayê, 2021
2. Analîza fîlojenî û malbata genan li ser chayote (Sechium edule): Bi analîzkirina chayote û 13 cureyên din ên têkildar ên di malbata genan de, hat dîtin ku Chayote bi kundirê mar (Trichosanthes anguina) re herî nêzîk têkildar e. Chayote di dora 27-45 milyon sal berê de ji kundirê mar hatiye wergirtin û dubarebûna tevahiya genoma (WGD) di chayote de di 25±4 milyon sal berê de hat dîtin, ku ev sêyemîn bûyera WGD di cucuibitaceae de ye.
Fu A û yên din,Lêkolîna Baxçevaniyê, 2021
3. Analîza sentetîkê: Hin genên ku bi fîtohormonên di pêşveçûna fêkiyan de têkildar in, di chayote, kundirê mar û kundir de hatin dîtin. Têkiliya di navbera chayote û kundir de ji ya di navbera chayote û kundirê mar de hinekî bilindtir e.
Fu A û yên din,Lêkolîna Baxçevaniyê, 2021
4. Analîza malbata genan: Dewlemendkirina KEGG li ser berfirehkirin û piçûkbûna malbata genan di genomên G.thurberi û G.davidsonii de nîşan da ku genên têkildarî biyosenteza steroîd û biyosenteza brassinosteroîd berfireh bûne.
Yang Z û yên din,Biyolojiya BMC, 2021
5. Analîza dubarebûna tevahiya genoma: Analîza belavbûna 4DTV û Ks bûyera dubarebûna tevahiya genoma nîşan da. Lûtkeyên di navbera cureyan de bûyerên dubarebûnê nîşan dan. Lûtkeyên di navbera cureyan de bûyerên curebûnê nîşan dan. Analîzê destnîşan kir ku li gorî sê cureyên din ên nêzîk, O. europaea di demên dawî de dubarebûneke genan a di pîvanek mezin de derbas kiriye.
Rao G û yên din,Lêkolîna Baxçevaniyê, 2021
Doza BMK
Gula bê tirş: têgihîştinên genomîk bi adaptasyona şilbûnê ve girêdayî ne
Belavkirî: Kovara Zanistî ya Neteweyî, 2021
Stratejiya rêzkirinê:
'Basye'sBêstir'(R.Wichurainan) genoma:
Nêzîkî 93 X PacBio + nêzîkî 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Encamên sereke
1. Genoma R.wichuraiana ya bi kalîte bilind bi karanîna teknîkên rêzkirina dirêj-xwendinê hate çêkirin, ku kombûnek 530.07 Mb derxist (Mezinahiya genoma texmînkirî bi sîtometrîya flow bi qasî 525.9 Mb û bi lêkolîna genoma 525.5 Mb bû; Heterozîgotî li dora 1.03% bû). Pûana texmînkirî ya BUSCO 93.9% bû. Li gorî "Old blush" (haploOB), kalîte û temambûna vê genoma bi rastbûna bingehek yek-baz û endeksa kombûna LTR (LAI=20.03) hate piştrast kirin. Genoma R.wichuraiana 32,674 genên kodkirina proteînê dihewîne.
2. Analîza hevbeş a pir-omîk, ku ji genomîkên berawirdî, transkrîptomîk, û analîza QTL ya nifûsa genetîkî pêk tê, curebûna girîng a di navbera R. wichuraiana û Rosa chinensis de eşkere kir. Her wiha, guherîna îfadeya genên têkildar di QTL de bi îhtîmaleke mezin bi şêwaza kêzikên qurm ve girêdayî bû.
Analîza genomîk a berawirdî di navbera Basye's Thornless û Rosa chinensis de, tevî analîza sînteziyê, koma malbata genan, analîza berfirehbûn û girjbûnê, hejmareke mezin ji guhertoyan eşkere kir, ku bi taybetmendiyên girîng ên di gulên de ve girêdayî ne. Berfirehbûna bêhempa di malbata genên NAC û FAR1/FRS de bi îhtîmaleke mezin bi berxwedana li hember xalên reş ve girêdayî bû.
Analîza genomîk a berawirdî di navbera genomên BT û haploOB de.
Zhong, M., û yên din. "Gul bê tirş: têgihîştinên genomîk bi adaptasyona şilbûnê ve girêdayî ne"Kovara Zanistî ya Neteweyî, 2021;, nwab092.
