Products

Rêzkirina mRNA ya tev-dirêj -PacBio

Rêzkirina mRNA ya tev-dirêj -Wêneyê Taybetmendî ya PacBio

De novorêziknameya transkriptome ya tev-dirêj, ku wekî din jî tê zanînDe novoIso-Seq di dirêjahiya xwendinê de avantajên rêzkerê PacBio digire, ku rê dide molekulên cDNA-ya tev-dirêj bê şikestin.Ev bi tevahî ji xeletiyên ku di gavên berhevkirina transkrîptê de têne hilberandin dûr disekine û bi çareseriya asta isoformê komek unigene ava dike.Ev komên unigene di asta transkrîptomê de agahdariya genetîkî ya hêzdar wekî "genoma referansê" peyda dike.Digel vê yekê, digel daneya rêzgirtina nifşê din, ev karûbar pîvanek rast a îfadeya asta isoformê hêz dike.

Platform: PacBio Sequel II

Pirtûkxane: Pirtûkxaneya SMRT bell

Paqij bûn

Details Service

Encamên Demo

Lêkolîna Case

Avantajên Service

● Xwendina rasterast a molekula cDNA ya tev-dirêj ji dawiya 3'- heya dawiya 5'-

● Di avahiya rêzê de çareseriya asta iso-formê

● Nivîsarên bi rastbûn û yekrêziya bilind

● Bi cureyên vaiours re pir lihevhatî ye

● Kapasîteya rêzgirtinê ya mezin bi 4 platformên rêzgirtinê yên PacBio Sequel II yên ku hatine saz kirin

● Bi zêdetirî 700 projeyên rêzgirtina RNA-ya bingeha Pacbio-yê pir bi tecrûbe

● Radestkirina encam-based BMKCloud: Daneyên xwerû li ser platformê peyda dibe.

● Karûbarên piştî-firotanê piştî qedandina projeyê 3 mehan derbasdar in

Specifications Service

Platform: PacBio Sequel II

Pirtûkxaneya rêzgirtinê: Pirtûkxaneya mRNA ya bi Poly A-yê dewlemendkirî

Hilberîna daneya pêşniyarkirî: 20 Gb / nimûne (Li gorî celebê girêdayî ye)

FLNC (%): ≥75%

* FLNC: Veguheztinên ne-kîmerîkî yên bi dirêjahî

Analîzên Bioinformatics

● Pêvajoya daneya xav

● Nasnameya transcript

● Struktura rêzê

● Hêjdarkirina îfadeyê

● Annotation Fonksiyon

Sample Requirements û Delivery

Pêdiviyên Nimûne:

Nukleotîd:

Pevçûn (ng/μl)

Mîqdar (μg)

Paqijiyê

Linavketinî

≥ 120

≥ 0.6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune.

Ji bo nebatan: RIN≥7.5;

Ji bo heywanan: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune

Tîrêj: Giranî (zuwa):≥1 g
*Ji bo tevna ji 5 mg piçûktir, em pêşniyar dikin ku nimûneya tevnê ya cemidî (di nîtrojena şil) de bişînin.

Rawestandina hucreyê:Hejmara hucreyan = 3×10⁶- 1×10⁷
*Em pêşniyar dikin ku lîza hucreya cemidî bişînin.Di rewşê de ku ew şaneyek ji 5×10 piçûktir tê hejmartin⁵Tê pêşniyar kirin ku di nîtrojena şil de bişewitîne, ku ji bo derxistina mîkro çêtir e.

Nimûneyên xwînê:Volume≥1 mL

Mîkroorganîzma:Girse ≥ 1 g

Pêşniyara Sample Delivery

Têrr:
2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Barkirin:

1. Qeşaya hişk: Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pakkirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
2. Tîpên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabîlîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.

Xizmeta Kar Herikîna

Design Experiment

Sample delivery

Derxistina RNA

Avakirina pirtûkxaneyê

Rêzkirin

Analîzkirina daneyan

Xizmetên piştî firotanê

Pêşî: Rêzkirina mRNA ya Eukaryotî-Illumina

Piştî: Rêzkirina mRNA ya Tev-Deng-Nanopore

Belavkirina dirêjahiya 1.FLNC

Dirêjahiya xwendina ne-kîmerîkî ya tev-dirêj (FLNC) dirêjahiya cDNA-yê di avakirina pirtûkxaneyê de destnîşan dike.Dabeşkirina dirêjahiya FLNC di nirxandina kalîteya avakirina pirtûkxaneyê de nîşanek girîng e.

mRNA-FLNC-xwendin-dirêj-belavkirin

FLNC belavkirina dirêjahiya xwendinê

2.Complete dabeşkirina dirêjahiya herêmê ORF

Em TransDecoder bikar tînin da ku herêmên kodkirina proteînan û rêzikên asîda amînî yên têkildar pêşbîn bikin da ku komên unigene biafirînin, ku di hemî nimûneyan de agahdariya bêkêmasî ya transkriptê heye.

mRNA-Temam-ORF-dirêj-belavkirin

Dabeşkirina dirêjahiya herêma ORF-ê temam bike

3.Analîzkirina dewlemendkirina riya KEGG

Veguheztinên bi rengek cûda (DET) dikarin bi berhevkirina daneya rêzgirtina RNA-ya NGS-ê ya li ser berhevokên tev-dirêj ên ku ji hêla danehevkirina rêzikên PacBio ve têne çêkirin têne nas kirin.Ev DET dikarin ji bo vekolînên fonksiyonel ên cihêreng, wek mînak analîza dewlemendkirina rêça KEGG-ê bêtir werin xebitandin.

mRNA-DEG-KEGG-rê-dewlemendkirin

Dewlemendkirina riya DET KEGG -Pêla xalê

BMK Case

Dînamîkên pêşkeftinê yên transcriptoma stûna Populus

Weşandin: Plant Biotechnology Journal, 2019

Stratejiya rêzgirtinê:
Komkirina nimûne:herêmên stûnê: apex, navgira yekem (IN1), navgira duyemîn (IN2), navgira sêyem (IN3), navgirok (IN4) û navgirê (IN5) ji Nanlin895
Rêzeya NGS:RNA ya 15 kesan wekî nimûneyek biyolojîkî hate berhev kirin.Sê dubareyên biyolojîkî yên her nuqteyê ji bo rêza NGS hatin hilberandin
Rêzeya TGS:Herêmên stûnê li sê herêman, ango apex, IN1-IN3 û IN4-IN5 hatin dabeşkirin.Her herêmek ji bo rêzgirtina PacBio bi çar celeb pirtûkxaneyan ve hatî hilberandin: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb û 3-10 kb.

Encamên sereke

1. Bi tevahî 87150 transkrîptên tev-dirêj hatine tesbît kirin, ku tê de 2081 îzoformên nûjen û 62058 îzoformên alternatîf ên nûjen hatine tesbît kirin.
2.1187 lncRNA û 356 genên hevgirtinê hatin tespîtkirin.
3.Ji mezinbûna seretayî heya mezinbûna duyemîn, 15838 transkrîptên bi awayekî cihêreng ji 995 genên ku bi awayekî cihêreng hatine îfadekirin hatine tespîtkirin.Di hemî DEG-an de, 1216 faktorên veguheztinê bûn, ku piraniya wan hêj nehatine ragihandin.
Analîza dewlemendkirina 4.GO di mezinbûna seretayî û navîn de girîngiya dabeşkirina hucreyê û pêvajoya oksîdasyon-kêmkirinê eşkere kir.