Rêzkirina mRNA ya tevahî-dirêj -PacBio
Taybetmendî
● Senteza cDNA ji mRNAya polî-A û piştre amadekirina pirtûkxaneyê
● Rêzkirin di moda CCS de, çêkirina xwendinên HiFi
● Rêzkirina transkrîptên dirêj
● Analîz pêwîstî bi genomek referansê nake; lêbelê, ew dikare were bikar anîn
● Analîza biyoenformatîkî analîzkirina transkriptên îzoform lncRNA, hevgirtina genan, polî-adenîlasyon û avahiya genan gengaz dike.
Avantajên Xizmetê
●Rastbûna Bilind: Xwendina HiFi bi rastbûnek >99.9% (Q30), berawirdî NGS
● Analîza Splasinga Alternatîf: rêzkirina hemû transkrîptan naskirin û taybetmendiya îzoforman gengaz dike
●Pisporiya BerfirehTîma me, digel tomarên serkeftinê di temamkirina zêdetirî 1100 projeyên transkrîptomê yên PacBio yên dirêj û pêvajoykirina zêdetirî 2300 nimûneyan de, gelek ezmûnê tîne her projeyekê.
●Piştgiriya Piştî FirotanêPabendbûna me ji temamkirina projeyê û pê ve jî bi heyameke xizmeta piştî firotanê ya 3 mehan berdewam dike. Di vê demê de, em şopandina projeyê, alîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û rûniştinên Pirs û Bersîvê pêşkêş dikin da ku pirsên têkildarî encaman çareser bikin.
Pêdiviyên Nimûneyan û Radestkirin
| Pirtûkxane | Stratejiya rêzkirinê | Daneyên pêşniyarkirî | Kontrola Kalîteyê |
| Pirtûkxaneya CCS ya mRNA ya dewlemendkirî bi PolyA | PacBio Berdewamiya II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Pêdiviyên Nimûneyê:
Nukleotîd:
● Nebat:
Kok, Qûn an Petal: 450 mg
Pel an Toxm: 300 mg
Fêkî: 1.2 g
● Heywan:
Dil an Rûvî: 300 mg
Mejî an jî organên zikê: 240 mg
Masûlke: 450 mg
Hestiyên, Por an Çerm: 1g
● Artropod:
Mêşhingiv: 6g
Krustacea: 300 mg
● Xwîna tevahî: 1 lûle
● Xane: 106 şaneyan
| Têkelkirin (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijî | Linavketinî |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Gemarîbûna proteîn an DNAyê li ser jelê bi sînor an jî tune ye. | Ji bo nebatan: RIN≥7.5; Ji bo heywanan: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; bilindahiya bingehîn sînorkirî an tune |
Radestkirina Nimûneya Pêşniyarkirî
Têrr: Lûleya santrifûjê ya 2 ml (Foliya qalayî nayê pêşniyarkirin)
Nimûneya nîşankirinê: Komkirin+dubarekirin mînak A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Şandin:
1. Qeşaya hişk: Pêdivî ye ku nimûne di nav kîsan de werin pak kirin û di nav qeşaya hişk de werin veşartin.
2. Lûleyên RNA-yê yên stabîl: Nimûneyên RNA-yê dikarin di lûleya stabîlkirina RNA-yê de (mînak RNAstable®) werin hişk kirin û di germahiya odeyê de werin şandin.
Herikîna Karê Xizmetê
Sêwirana ceribandinê
Radestkirina nimûneyê
Derxistina RNAyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Analîza jêrîn vedihewîne:
● Kontrolkirina kalîteya daneyên xav
● Analîza Polyadenîlasyonê ya Alternatîf (APA)
● Analîza transkrîptê ya fusion
● Analîza Splasinga Alternatîf
● Analîza Ortologên Yek-Kopiya Gerdûnî ya Benchmarking (BUSCO)
● Analîza transkrîptên nû: pêşbîniya rêzikên kodkirinê (CDS) û şîrovekirina fonksiyonel
● Analîza lncRNA: pêşbîniya lncRNA û hedefan
● Nasnameya MîkroSatelîtê (SSR)
Analîza BUSCO
Analîza Splicing a Alternatîf
Analîza Polyadenîlasyonê ya Alternatîf (APA)
Têbînîkirina fonksiyonel a transkrîptên nû
Di vê weşana taybetî de pêşketinên ku ji hêla karûbarên rêzkirina mRNA ya tevahî ya Nanopore ya BMKGene ve têne hêsankirin vekolin.
Ma, Y. û yên din (2023) 'Analîza berawirdî ya rêbazên rêzkirina RNA ya PacBio û ONT ji bo destnîşankirina jehra Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), r. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. û yên din (2019) 'Dînamîkên pêşketinê yên transkrîptoma stûna Populus', Kovara Biyoteknolojiya Nebatan, 17(1), r. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. û yên din. (2022) 'Guhertinên Dînamîk di Naveroka Asîda Askorbîk de di Dema Pêşveçûn û Gihiştina Fêkiyan a Actinidia latifolia (Berhemeke Fêkiyan a Dewlemend bi Askorbatê) û Mekanîzmayên Molekulî yên Girêdayî de', Kovara Navneteweyî ya Zanistên Molekulî, 23(10), r. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. û yên din. (2022) 'Pêşbînîkirina bi bandor a genên rêya biyosentezê yên ku di polîfîlînên biyoaktîv ên di polîfîla Parîsê de cih digirin', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. û yên din (2023) 'Analîza Têkel a PacBio Iso-Seq û Illumina RNA-Seq a Genên Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome û Sîtokrom P450', Insects, 14(4), r. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun û yên din. (2019) 'Lêkolînek li ser tevliheviya transkrîptomê bi karanîna analîza demrast a yek-molekulî ya PacBio bi hev re bi rêzkirina RNA ya Illumina re ji bo têgihîştinek çêtir a bîyosenteza asîda rîcînoleîk di Ricinus communis de', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
