Rêzkirina ADN/RNA -PacBio Sequencer
Features
Du awayên rêzgirtinê li ser rêzkera PacBio: Xwendina Dirêj a Berdewam (CLR) û Xwendina Lihevhatina Derdor (CCS)
| Rêzkirin Mode | Mezinahiya Pirtûkxaneyê | Daneyên TeorîkHilberîn (Her şaneyek) | Yek-bingehTamî | Applications |
| CLR | 20Kb, 30Kb, hwd. | 80 Gb ber 130 Gb | Approx.Rêsakanî bekarhênan 85% | De novo, banga SV, hwd. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 ber 40 Gb/Cell (Derhev II) 70 heta 110 Gb/Cell (Revio) Bi nimûneyan ve girêdayî ye | Approx.99% | De novo, SNP / Indel / SV bang, Iso-Seq, |
Berhevdana performans û taybetmendiyên Revio û Sequel II
| Terms | Sîstema Sequel II | Pergala Revio | Zêdekirin |
| Density bilindtir | 8 mîlyon ZMW | 25 milyon ZMW | 3x |
| Qonaxên serbixwe | 1 | 4 | 4x |
| Demên xebitandinê yên kurttir | 30 saetan | 24 saetan | 1.25x |
| 30X HiFi genomên mirovan / sal | 88 | 1,300 | 15x bi giştî |
Avantajên Service
● Zêdetirî 8 sal ezmûna li ser platforma rêzgirtinê ya PacBio bi hezaran projeyên girtî yên bi celebên cihêreng.
● Bi tevahî platformên PacBio Sequencing-a herî dawî, Revio ji bo garantîkirina têra rêzgirtinê ve girêdayî ye.
● Dema zivirîna zûtir, hilberîna daneya bilind û daneyên rasttir.
● Di bi sedan weşanên bi bandor ên PacBio de beşdar bûye.
Sample Requirements
| Tîpa Nimûne | Biha | Concentration (Qubit®) | Bend | Paqijiyê | Others |
| Genomîk DNA | Bi Pêdiviya Daneyê ve girêdayî ye | ≥50 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1,8-2,5; lûtkeya zelal li 260 nm,tu contaminations | Pêdivî ye ku meriv bi Qubit û Qubit / Nanopore = 0.8-2.5 ve were pîvandin. |
| Tevahiya RNA | ≥1.2 μg | ≥120 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0.5-2.5;tu contaminations | Nirxa RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Xebata Xizmetê
Amadekirina nimûneyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Pêşkêşkirina projeyê
1.In-house Hilberîna Daneyên
Daneyên ji 63 şaneyên CCS (ji 26 cureyan) hatine çêkirin
| JIMARE-PacBio-CCS-15 Kb | Navoser | Max | Min | Median |
| Hilberîn - jêrxwendin (Gb) | 421.12 | 544,27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Subreads N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Dirêjahiya navîn-Polymerase | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Average length-Subbreads | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Average length-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
Daneyên ku ji 16 şaneyên CLR (ji 76 cureyan) hatine çêkirin
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Navoser | Max | Min | Median |
| Hilberîn - jêrxwendin (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142,49 |
| Polymerase N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Subreads N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Dirêjahiya navîn-Polymerase | 22,063 | 48,886 | 8747 | 21,555 |
| Average length-Subbreads | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC - DemoStatîstîkên li ser hilberîna daneyê
| Mînak | ccs Dixwîne Num | Tevahiya ccs Bingehên (bp) | ccs N50 Dixwîne (bp) | ccs Mean Length (bp) | ccs Xwendina Herî Dirêj (bp) | jêrxwendî Bingeh (bp) | rêjeya ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
