Têketina BMKCloud

Berhem

Rêzkirina DNA/RNA - Rêzkirina Nanopore

Rêzkirina DNA/RNA - Wêneya Taybetmendî ya Rêzkirina Nanopore

Rêzkirina ONT teknolojiyeke rêzkirina sînyala elektrîkî ya demrast a molekuleke yekane ye ku li ser nanoporeyan hatiye avakirin, prensîba rêzkirina her platformê yek e. DNA/RNA ya du-tebeqeyî dê bi proteîna nanopore ya di nav biyofîlmê de ve girêbide û di bin rêberiya proteîna motorê de vebe, di bin bandora cudahiya voltaja ji her du aliyên biyofîlmê de, têlên DNA/RNA bi rêjeyek diyarkirî di nav proteîna kanala nanopore re derbas dibin. Ji ber cûdahiyên taybetmendiyên kîmyewî yên bingehên cûda yên li ser têla DNA/RNA, dema ku bingehek yekane an molekulek DNA di nav kanala nanopore re derbas dibe, ew ê bibe sedema guherîna sînyalên elektrîkê yên cûda. Bi tespîtkirin û lihevhatina van sînyalan, celebên bingehên têkildar dikarin werin hesabkirin, û tespîtkirina rêzê di demrast de dikare were temam kirin.

Paqij bûn

Agahiyên Xizmetê

Encama Demoyê

Taybetmendiyên Hûrguliyên Xizmetê

Rawesta axaftevan	Mezinahiya Pirtûkxaneyê	Berhema Daneyên Teorîk (Li Ser Xaneyê)	Rastbûna yek-bingehî	Serlêdan
Nanopore	8Kb, 10kb, 20kb, Ultradirêj, cDNA-PCR	70-90Gb/Hacre	%85-92	Gazîkirina SV, De novo, Rêzkirina tevahî-dirêj, Iso-Seq, Anotasyona genê, Tesbîtkirina metîlasyona DNAyê

Avantajên Xizmetê

● Zêdetirî 5 sal ezmûn li ser platforma rêzkirina PacBio bi hezaran projeyên girtî yên bi cureyên cûrbecûr.
● BMKGENE hevkarê fermî yê Oxford Nanopore ye, bi sertîfîkaya RNA/DNA ya du platforman.
● Modelên sereke yên sequencers hene ku xwedî alavên temam û rêjeya rêzkirinê ya têr in.
● Li ser bingeha platforma Nanopore, zêdetirî 10 lêkolînên Denovo yên li ser heywan û nebatan di kovarên navdar ên navneteweyî de hatine weşandin.

Pêdiviyên Nimûneyê

Cureyê Nimûneyê

Biha

Konsantrasyon (Qubit ®)

Bend

Paqijî

Yên din

DNAya genomîk

Li gorî hewcedariya daneyan

≥20ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;

OD260/230≥1.5;

Lûtkeya zelal li 260 nm, bê gemarî

Pêdivî ye ku konsantrasyon bi Qubit û Qubit/Nanopore ≤ 2 were pîvandin.

RNAya tevahî

≥1.2μg

≥100μg/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;

OD260/230=0.5-2.5; bê gemarî

Nirxa RIN ≥7.5

Herikîna Karê Xizmetê

Amadekirina nimûneyê

Avakirina pirtûkxaneyê

Rêzkirin

Analîza daneyan

Radestkirina projeyê

Pêşî: Pirtûkxaneyên pêş-çêkirî yên Illumina

Piştî: Rêzkirina Parçeyên Zêdekirî yên Cihê Taybet (SLAF-Seq)

Nirxandina Kalîteya Daneyan a Nimûneya DNAyê

Tabloya 1. Amarên li ser daneyên paqij.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	cleanSeqNum	cleanSumBase	cleanN50Len	cleanN90Len	cleanMeanLen	cleanMaxLen	cleanMeanQual
DNA_BMK01	1,218,239	26.37	1,121,736	25.90	28,014	15,764	23,090	143,181	9

Nirxandina Kalîteya Daneyan a Nimûneya RNAyê

Tabloya 1. Amarên li ser daneyên paqij.

Navê Pelê	Nasnameya Xerîdar	ReadNum	Hejmara bingehîn	N50	Dirêjahiya Navîn	Dirêjahiya Herî Zêde	MeanQscore
RNA_BMK001	C2	8,947,708	4,047,230,083	398	452	129,227	Q12