BMKCloud Log in
条形banner-03

Products

Rêzkirina mRNA ya Tev-Deng-Nanopore

Rêzkirina ARN-ê ji bo analîza transkriptomeya berfireh alavek hêja ye.Bê guman, rêzikên kevneşopî yên kurt-xwendina li vir gelek pêşkeftinên girîng bi dest xistin.Digel vê yekê, ew bi gelemperî di nasnameyên îsoformê yên tev-dirêj de, hejmarkirin, biasiya PCR de bi tixûban re rû bi rû dimîne.

Rêzkirina nanoporê xwe ji platformên din ên rêzgirtinê vediqetîne, ji ber ku nukleotîd rasterast bêyî senteza ADNyê têne xwendin û xwendina dirêj bi deh kîlobazan çêdike.Ev hêz dide xwendina rasterast a ku ji transkrîptên tev-dirêj derbas dibe û di lêkolînên asta isoformê de kêşeyan çareser dike.

Rawesta axaftevanNanopore PromethION

Pirtûkxane:cDNA-PCR


Details Service

Encamên Demo

Lêkolîna Case

Avantajên Service

● Biasê rêza kêm

● Aşkerekirina molekulên cDNA yên tev-dirêj

● Kêmtir dane pêwîst ji bo vegirtina heman jimareya transkriptê

● Nasnameya îzoformên pir genê

● Di asta îsoformê de hêjmarkirina îfadeyê

Specifications Service

Pirtûkxane

Rawesta axaftevan

Hilberîna daneya pêşniyarkirî (Gb)

Kontrola Kalîteyê

cDNA-PCR (Poly-A dewlemendkirî)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/nimûne (Li gor cureyan)

Rêjeya tevahî dirêjî (% 70)

Pîvana kalîteya navîn: Q10

 

Analîzên Bioinformatics

Pêvajoya daneya xav

● Nasnameya transcript

● Splicing Alternatîf

● Di asta genê û asta îsoformê de hejmartina îfadeyê

● Analîza îfadeya cuda

● Şîrovekirin û dewlemendkirina fonksiyonê (DEG û DET)

 

dirêjahiya tije

Sample Requirements û Delivery

Pêdiviyên Nimûne:

Nukleotîd:

Pevçûn (ng/μl)

Mîqdar (μg)

Paqijiyê

Linavketinî

≥ 100

≥ 0.6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune.

Ji bo nebatan: RIN≥7.0;

Ji bo heywanan: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune

Pîvan: Giranî(hişk): ≥1 g

*Ji bo tevna ji 5 mg piçûktir, em pêşniyar dikin ku nimûneya tevnê ya cemidî (di nîtrojena şil) de bişînin.

Rawestandina şaneyê: Hejmara şaneyan = 3×106- 1×107

*Em pêşniyar dikin ku lîza hucreya cemidî bişînin.Di rewşê de ku ew şaneyek ji 5×10 piçûktir tê hejmartin5Tê pêşniyar kirin ku di nîtrojena şil de bişewitîne, ku ji bo derxistina mîkro çêtir e.

Nimûneyên xwînê: Hêjma≥1 ml

Pêşniyara Sample Delivery

Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)

Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Barkirin: 2, Qeşa hişk: Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pak kirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.

  1. Tîpên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabilîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.

 

Xizmeta Kar Herikîna

Nukleotîd:

teslîmkirina nimûne

Sample delivery

Amadekirina Pirtûkxaneyê

Avakirina pirtûkxaneyê

Rêzkirin

Rêzkirin

Analîzkirina daneyan

Analîzkirina daneyan

Karûbarên piştî firotanê

Xizmetên piştî firotanê

Xizmeta Kar Herikîna

Desmal:

Nimûne QC

Design Experiment

teslîmkirina nimûne

Sample delivery

Ezmûna pîlot

Derxistina RNA

Amadekirina Pirtûkxaneyê

Avakirina pirtûkxaneyê

Rêzkirin

Rêzkirin

Analîzkirina daneyan

Analîzkirina daneyan

Karûbarên piştî firotanê

Xizmetên piştî firotanê


  • Pêşî:
  • Piştî:

  • 1.Analîza îfadeya cihêreng -Pêşeya volqan

    Analîzkirina îfadeya cihêreng dikare hem di asta genê de were pêvajo kirin da ku genên bi rengek cûda (DEGs) û hem jî di asta îsoformê de ji bo cûda nas bikin.

     3(1)

    transkriptên diyarkirî (DET) 

    2.Nexşeya germê ya komkirina hiyerarşîk

    4(1)

    3.Alternative splicing Nasname û tesnîfkirin

    Pênc celeb bûyerên hevberdanê yên alternatîf ji hêla Astalavista ve têne pêşbînî kirin.

    5(1)

    4.Nasnameya bûyerên polî-adenylation (APA) yên alternatîf û motîf li 50 bp jorîn a polî-A

    6(1)

    BMK Case

    Nasnameya veqetandinê ya alternatîf û pîvandina asta îsoformê bi rêzgirtina transkrîptoma tev-dirêj a nanoporê

    Weşandin:Têkiliyên Xwezayê, 2020

    Stratejiya rêzgirtinê:

    Komkirin: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (mutasyona K700E);3. Hucreyên B yên normal

    Stratejiya rêzgirtinê: Rêzkirina pirtûkxaneya MinION 2D, rêzgirtina pirtûkxaneya PromethION 1D;daneyên kurt-xwendina ji heman nimûneyan

    Platforma rêzgirtinê: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

    Encamên sereke

    1.Isoform-level Alternative Nasname Splicing

    Rêzên dirêj-xwendî nasnameya mutant SF3B1 hêzdar dikeK700E-Malperên tevhevkirinê yên di asta îsoformê de hatine guheztin.35 alternatîf 3'SS û 10 alternatîf 5'SS hatin dîtin ku bi rengek girîng di navbera SF3B1 de hatine dabeş kirin.K700Eû SF3B1WT.33 ji 35 guhertinan ji hêla rêzikên dirêj-xwenda nû ve hatine keşif kirin.

    2.Isoform-level Alternatîf Splicing quantification

    Di SF3B1 de îfadeya isoformên ragirtina intronê (IR).K700Eû SF3B1WTli ser bingeha rêzikên nanoporê hatin hejmartin, ku rêgezek gerdûnî ya îzoformên IR di SF3B1 de eşkere dike.K700E.

    Balkêşî

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Taybetmendiya tev-dirêj a mutasyona SF3B1 di leukemiya lîmfosîtîk a kronîk de kêmkirina întronên girtî[J] eşkere dike.Nature Communications.

    quote bistînin

    Peyama xwe li vir binivîse û ji me re bişîne

    Peyama xwe ji me re bişînin: