De novo Meclîsa Genome Fungal
BMKGENE ji bo genomên fungî çareseriyên piralî pêşkêş dike, ku hewcedariyên lêkolînê yên cihêreng û temamiya genomê ya xwestî peyda dike. Bi tenê bikaranîna rêzkirina Illumina ya xwendina kurt dihêle ku genomek pêşnûme çêbibe. Rêzkirina xwendina kurt û xwendina dirêj bi karanîna Nanopore an Pacbio ji bo genomek fungî ya safîtirkirî bi kontîgên dirêjtir têne hev kirin.
Taybetmendiyên Xizmetê
Li gorî asta temambûna genomê ya xwestî, du vebijarkên gengaz hene ku meriv ji wan hilbijêre:
● Vebijêrka Genomê ya Pêşnûmeyê: Rêzkirina xwendina kurt bi Illumina NovaSeq PE150.
● Vebijarka Genoma Fungal Fine:
Lêkolîna Genomê: Illumina NovaSeq PE150.
Komkirina Genomê: PacBio Revio (xwendina HiFi) an Nanopore PromethION 48.
Avantajên Xizmetê
●Gelek Stratejiyên Rêzkirinê Berdest inJi bo armancên lêkolînê yên cûda û pêdiviyên temamkirina genomê
●Herikîna Xebatê ya Biyoenformatîkê ya Temam:Ev yek civandina genomê û pêşbînîkirina gelek hêmanên genomîk, şîrovekirina genên fonksiyonel, û lengerkirina contig vedihewîne.
●Pisporiya BerfirehBi zêdetirî 12,000 genomên mîkrobî yên komkirî, em zêdetirî deh sal ezmûn, tîmek analîzê ya pir jêhatî, naveroka berfireh, û piştgiriya piştî firotanê ya hêja tînin.
●Piştgiriya Piştî Firotanê:Pabendbûna me ji temamkirina projeyê û pê ve jî bi xizmeteke 3-mehî ya piştî firotanê berdewam dike. Di vê demê de, em şopandina projeyê, alîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û rûniştinên Pirs û Bersîvê pêşkêş dikin da ku pirsên têkildarî encaman çareser bikin.
Taybetmendiyên Xizmetê
| Xizmetkar | Stratejiya Rêzkirinê | Kontrola Kalîteyê |
| Genoma Pêşnûmeyê | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genoma Hûr | Lêkolîna Genomê: Illumina PE150 50 x Montaj: PacBio HiFi 30x an Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb（ONT Yekcellular） contig N50 ≥500kb (Yên din) |
Pêdiviyên Xizmetê
| Têkelbûn (ng/µL) | Tevahî mîqdar (µg) | Qebare (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Fungusên Yekhucreyî: ≥3.5x1010 şaneyan
Makro Fungus: ≥10 g
Herikîna Karê Xizmetê
Radestkirina nimûneyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Analîza jêrîn vedihewîne:
Lêkolîna Genomê:
- Kontrolkirina kalîteya daneyan a rêzkirinê
- Texmîna genomê: mezinahî, heterozîgotî, hêmanên dubare
Komkirina Genomê ya Hûr:
- Kontrolkirina Kalîteya Daneyan a Rêzkirinê
- Ji nû veCivîn
- Analîza Pêkhateya Genomê: Pêşbînîkirina CDS û gelek hêmanên genomîk
- Têbînîkirina fonksiyonel bi gelek databasên giştî (GO, KEGG, hwd.) û databasên pêşketî (CARD, CAZy, hwd.)
Lêkolîna Genomê: Belavbûna k-mer
Komkirina genomê: şîrovekirina homolog a genê (databasa NR)
Komkirina Genomê: şîrovekirina gena fonksiyonel (GO)
Bi rêya berhevokeke weşanên bijartî, pêşketinên ku ji hêla xizmetên komkirina genoma fungî ya BMKGene ve têne hêsankirin, vekolin.
Hao, J. û yên din (2023) 'Profîlkirina omîk a yekgirtî ya kivarka dermanî Inonotus obliquus di bin şert û mercên bin avê de',BMC Genomics, 24(1), r. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/WÊNE/3.
Lu, L. û yên din (2023) 'Rêzkirina genomê pêşveçûn û mekanîzmayên patogenî yên patogena çavikên tûj ên genim Rhizoctonia cerealis eşkere dike',Kovara Çandiniyê, 11 (2), rûpel 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. û yên din (2023) 'Çavkaniyên Genomê ji bo Çar Cureyên Clarireedia yên ku dibin sedema Lekeya Dolar li ser Çîmenên Cûrbecûr',Nexweşiya Riwekan, 107(3), r. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS û yên din (2023) 'Delîlên Genetîkî û Molekulî yên Sîstema Hevjînkirina Tetrapolar di Kuwara Xwarinê ya Grifola frondosa de',Kovara Fungi, 9(10), r. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
