Rêzkirina Metagenomîk -NGS
Metagenom berhevokek ji tevahiya materyalên genetîkî yên civatek tevlihev a organîzmayan e, wekî metagenomên jîngehî û mirovî. Ew genomên mîkroorganîzmayên çandinî û neçandinî dihewîne. Rêzkirina metagenomîk a bi çekên guncaw bi NGS-ê ve dihêle ku van peyzajên genomîk ên tevlihev ên ku di nimûneyên jîngehî de cih digirin lêkolîn bikin, bi peyda kirina bêtir ji profîlkirina taksonomîk, û her weha têgihiştinên hûrgulî li ser cihêrengiya cureyan, dînamîkên pirbûnê, û avahiyên nifûsê yên tevlihev dide. Ji bilî lêkolînên taksonomîk, metagenomîk a bi çekên guncaw perspektîfek genomîk a fonksiyonel jî pêşkêş dike, ku dihêle ku genên kodkirî û rolên wan ên texmînkirî di pêvajoyên ekolojîk de werin lêkolîn kirin. Di dawiyê de, avakirina torên têkiliyê di navbera hêmanên genetîkî û faktorên jîngehê de beşdarî têgihîştinek holîstîk a têkiliya tevlihev di navbera civakên mîkrobî û paşxaneya wan a ekolojîk de dibe. Di encamê de, rêzkirina metagenomîk wekî amûrek girîng radiweste ji bo eşkerekirina tevliheviyên genomîk ên civakên mîkrobî yên cihêreng, û ronîkirina têkiliyên piralî di navbera genetîk û ekolojiyê de di nav van ekosîstemên tevlihev de.
Platform: Illumina NovaSeq û DNBSEQ-T7
Avantajên Xizmetê
●Rêbaza Tecrîd û Bê Çandinî ji bo Profîla Civaka MîkrobîÇalakkirina rêzkirina materyalên genetîkî ji organîzmayên neçandinî.
●Çareseriya BilindCureyên kêm-pirbûn di nimûneyên jîngehê de tespît bikin.
●Analîza Biyoenformatîkê ya Berfireh:Ne tenê li ser cihêrengiya taksonomîk, lê di heman demê de li ser cihêrengiya fonksiyonel a civakê jî bal kişandiye.
●Ezmûna Berfireh:Tîma me, digel tomarên serkeftinê yên girtina gelek projeyên metagenomîkê di warên lêkolînê yên cûrbecûr de û pêvajoykirina zêdetirî 200,000 nimûneyan, xwedî ezmûneke dewlemend e ji bo her projeyê.
Taybetmendiyên Xizmetê
| Platforma rêzkirinê | Stratejiya Rêzkirinê | Daneyên pêşniyarkirî | Kontrola kalîteyê |
| Illumina NovaSeq an DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Pêdiviyên Xizmetê
| Têkelbûn (ng/µL) | Tevahî mîqdar (ng) | Qebare (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Ax/çilmisî: 2-3g
● Naveroka rûvî-ajalan: 0.5-2g
● Naveroka rûvî-kêzik: 0.1-0.25g
● Rûyê nebatan (sedîmenta dewlemendkirî): 0.5-1g
● Sedîmenta dewlemendkirî ya bi ava fermentasyonê): 0.2-0.5g
● Feq (ajalên mezin): 0.5-2g
● Feq (mişk): 3-5 den
● Şileya şuştina alveolar a pişikê: kaxiza parzûnê
● Şopa vajînal: 5-6 şop
● Paşgira çerm/zayendî/tuf/tevnên nerm ên devkî/paşgira qirikê/paşgira rektûmê: 2-3 paşgir
● Mîkroorganîzmaya rûberî: 5-6 tampon
● Av/hewa/biyofîlm: kaxiza parzûnê
● Endofît: 2-3g
● Plaka Diranan: 0.5-1g
Herikîna Karê Xizmetê
Radestkirina nimûneyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Analîza jêrîn vedihewîne:
● Kontrolkirina kalîteya daneyan a rêzkirinê
● Kombûna metagenomê û pêşbîniya genê
● Têbînîkirina genê
● Analîza cûrbecûrîya alfa ya taksonomîk
● Analîza fonksiyonel a civakê: fonksiyona biyolojîk, metabolîk, berxwedana antîbiyotîk
● Analîz li ser cihêrengiya hem fonksiyonel û hem jî taksonomîk:
Analîza cihêrengiya betayê
Analîza navbera koman
Analîza têkiliyê: di navbera faktorên hawîrdorê û pêkhate û cihêrengiya OUT de
Analîza fonksiyonel: Berxwedana antîbiyotîk a CARD
Analîza cuda ya rêyên metabolîk ên KEGG: nexşeya germê ya rêyên girîng
Cûrbecûrîya Alfa ya Belavbûna Taksonomîk: Îndeksa ACE
Cûrbecûrîya Beta ya Belavbûna Taksonomîk: PCoA
Bi rêya berhevokeke weşanên hilbijartî, pêşketinên ku ji hêla karûbarên rêzkirina metagenomê yên BMKGene ve bi Illumina re têne hêsankirin, vekolin.
Hai, Q. û yên din (2023) 'Analîza metagenomîk û metabolomîk a guhertinên di naveroka rûvî ya masiyê kevaneyî (Oncorhynchus mykiss) de ku bi vîrusa nekroza hematopoietîk a enfeksiyonê vegirtî ye di germahiyên ava çandiniyê yên cûda de',Sînorên di Mîkrobiolojiyê de, 14, r. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. û yên din (2023) 'Civakên mîkrobî, genên berxwedanê, û rîskên berxwedanê di golên bajarî yên rewşên trofîk ên cûda de: Girêdanên navxweyî û bandorên derveyî',Kovara Pêşketinên Materyalên Xeternak, 9, rûp. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. û yên din (2022) 'Analîza Metagenomîk Cûdahiyên di Pêkhate û Fonksiyonê de di navbera Mîkroorganîzmayên Girêdayî Şile û Girêdayî Hişk ên Rûviya Mêyan de Eşkere Kir',Sînorên di Mîkrobiolojiyê de, 13, r. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. û yên din (2023) 'Mîkrobiotaya ji berazê qelew Ningxiang metabolîzma karnîtîn ji nû ve saz dike da ku depoya asîda rûn a masûlkeyan di berazê DLY yên bê rûn de pêşve bibe',Nûjenî, 4(5), r. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. û yên din (2023) 'Nêrînên metagenomîk li ser xetereyên potansiyel ên bermayiyên plastîk ên biyo/neşikestî û neplastîk ên nûner li deverên jorîn û jêrîn ên devê Haihe, Çîn',Zanista Jîngeha Giştî, 887, r. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
