Rêzkirina Metagenomîk -NGS
Metagenom berhevokek ji tevahiya materyalê genetîkî ya civatek tevlihev a organîzmayan e, wekî metagenomên hawîrdorê û mirovan. Ew genomên mîkroorganîzmayên çandinî û neçandî hene. Rêzkirina metagenomîk a gulebaranê bi NGS re lêkolîna van perestgehên genomîk ên tevlihev ên ku di nimûneyên hawîrdorê de hatine bicîh kirin bi peydakirina ji profîlên taksonomîkî zêdetir, di heman demê de di derheqê cihêrengiya cureyan, dînamîkên pirbûnê, û strukturên tevlihev ên nifûsê de jî têgihiştinên hûrgelî dide. Ji lêkolînên taksonomîkî wêdetir, metagenomîkên gulebaranê di heman demê de perspektîfek genomîkî ya fonksiyonel jî pêşkêşî dike, ku keşifkirina genên kodkirî û rolên wan ên gumanbar di pêvajoyên ekolojîk de peyda dike. Di dawiyê de, damezrandina torên pêwendiyê di navbera hêmanên genetîkî û faktorên hawîrdorê de beşdarî têgihîştina tevhev a tevliheviya di navbera civakên mîkrobial û paşxaneya wan a ekolojîk de dibe. Di encamê de, rêzgirtina metagenomîk wekî amûrek bingehîn e ji bo vekirina tevliheviyên genomîkî yên civakên cihêreng ên mîkrobî, ronîkirina têkiliyên piralî di navbera genetîk û ekolojiyê de di nav van ekosîstemên tevlihev de.
Platform: Illumina NovaSeq û DNBSEQ-T7
Avantajên Service
●Ji bo Profîlkirina Civaka Mîkrobial Rêbaza Bê Veqetandin û Çandiniyê: Rêzkirina rêzikên maddeya genetîkî ji zîndewerên ku nayên çandin.
●Resolution Bilind: Di nimûneyên hawîrdorê de cureyên kêm-berbiçav kifş bikin.
●Analîza Bioinformatics a Berfireh:Ne tenê li ser cihêrengiya taksonomîk lê di heman demê de li ser cihêrengiya fonksiyonel a civakê jî sekinî.
●Tecrûbeya Berfireh:Digel qeydek serketî ya girtina gelek projeyên metagenomîk ên di warên cihêreng ên lêkolînê de û hilanîna zêdetirî 200,000 nimûneyan, tîmê me ji her projeyê re ezmûnek dewlemendî tîne.
Specifications Service
| Platforma rêzgirtinê | Stratejiya Sequencing | Daneyên pêşniyar kirin | Kontrola kalîteyê |
| Illumina NovaSeq an DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Pêdiviyên Xizmetê
| Konsantrekirin (ng/µL) | Hejmara tevahî (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Erd/slûk: 2-3g
● Naveroka rûvî-heywan: 0,5-2g
● Naveroka rovî-kêzik: 0,1-0,25g
● Rûbera nebatê (nişîna dewlemendkirî): 0,5-1g
● Nebata zengînkirî ya şorba fermentasyonê): 0,2-0,5g
● Feq (ajalên mezin): 0,5-2g
● Feq (mişk): 3-5 dexl
● Şîva lavajê ya alveolî ya pişikê: kaxeza parzûnê
● Swaba vajînal: 5-6 tam
● Şûwa çerm/jenîtal/salava/ tevna nermê ya dev/şûpa farîngeal/şûwa rektal: 2-3 şûşe
● Mîkroorganîzmaya rûberê: 5-6 şûşe
● Bedena avê/hewa/biyofilm: kaxeza parzûnê
● Endofît: 2-3g
● Plaka diranan: 0,5-1g
Xizmeta Kar Herikîna
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Di nav de analîzên jêrîn hene:
● Rêzkirina kontrolkirina kalîteya daneyê
● Civîna metagenome û pêşbîniya genê
● Şîrovekirina genê
● Analîza cihêrengiya alfa ya taksonomî
● Analîzkirina fonksiyonê ya civakê: fonksiyona biyolojîk, metabolîk, berxwedana antîbiyotîk
● Analîz li ser cihêrengiya fonksiyonel û taksonomî:
Analîza cihêrengiya betayê
Analîza nav-kom
Analîza pêwendiyê: di navbera faktorên jîngehê û pêkhatin û cihêrengiya OUT de
Analîza fonksiyonel: berxwedana antîbiyotîk a CARD
Analîza cihêreng a rêyên metabolîk ên KEGG: nexşeya germê ya rêyên girîng
Cûdahiya alpha ya belavkirina taksonomî: Endeksa ACE
Pirrengiya Beta ya belavkirina taksonomî: PCoA
Pêşketinên ku ji hêla karûbarên rêzgirtina metagenome ya BMKGene bi Illumina re bi navgîniya berhevokek weşanan ve hatî hêsan kirin vekolin.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analîzasyona metagenomîk û metabolîk a guhertinên di naverokên rûvî yên trofta kenê de (Oncorhynchus mykiss) ku bi vîrusa nekroza hematopoietîkî ya infeksiyonî di germahiyên ava çandên cûda de vegirtî ye',Sînorên di Mîkrobiolojiyê de, 14, rûp. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Civakên mîkrobial, genên berxwedanê, û xetereyên berxwedanê yên li golên bajarî yên dewletên trofî yên cihêreng: Girêdanên hundurîn û bandorên derve',Journal of Hazardous Materyalên Pêşketinên, 9, rûp. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Analîzê Metagenomîk Cûdahiyên Di Pêkhatin û Fonksiyon Di Navbera Mîkroorganîzmayên Têkilî yên Hêvî û Zehmetî yên Rumena Beran de eşkere kir',Sînorên di Mîkrobiolojiyê de, 13, rûp. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota ji berazê qelew Ningxiang metabolîzma karnîtîn ji nû ve tê girêdan da ku di berazên DLY yên bêhêz de depokirina asîda rûnê ya masûlkeyê pêşve bixe',The Innovation, 4(5), r. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Nêrînên metagenomîk ên li ser xetereyên potansiyel ên bermahiyên plastîk û ne-plastîk ên nûnerê biyo/ne-hilweşînbar ên li jorîn û jêrîn ên Haihe Estuary, Chinaîn',Zanistiya Tevahiya Jîngehê, 887, rûp. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
