Rêzkirina Metagenomîk-TGS
Metagenom berhevokek ji materyalên genetîkî yên civatek tevlihev a organîzmayan e, wekî metagenomên jîngehê û mirovan. Ew genomên mîkroorganîzmayên çandinî û neçandinî dihewîne. Rêzkirina metagenomîk bi peyda kirina bêtir ji profîlkirina taksonomîk, lêkolîna van peyzajên genomîk ên tevlihev ên ku di nimûneyên ekolojîk de cih digirin, gengaz dike. Ew di heman demê de perspektîfek genomîk a fonksiyonel pêşkêş dike bi lêkolîna genên kodkirî û rolên wan ên texmînkirî di pêvajoyên jîngehê de. Her çend nêzîkatiyên kevneşopî yên bi rêzkirina Illumina re di lêkolînên metagenomîk de bi berfirehî hatine bikar anîn jî, hatina rêzkirina xwendina dirêj a Nanopore û PacBio qad guhertiye. Teknolojiya Nanopore û PacBio analîzên biyoenformatîk ên jêrîn, nemaze kombûna metagenomê, baştir dike, û kombûnên domdartir misoger dike. Raport nîşan didin ku metagenomîkên li ser bingeha Nanopore û PacBio bi serkeftî genomên bakterî yên temam û girtî ji mîkrobiomên tevlihev çêkirine (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Yekkirina Nanopore reads bi Illumina reads re rêbazek stratejîk ji bo rastkirina xeletiyan peyda dike, û rastbûna kêm a xwerû ya Nanopore kêm dike. Ev kombînasyona sînerjîk ji hêzên her platforma rêzkirinê sûd werdigire, çareseriyek xurt pêşkêş dike da ku sînorkirinên potansiyel derbas bike û rastbûn û pêbaweriya analîzên metagenomîk pêşve bibe.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia û PacBio Revio
Taybetmendiyên Xizmetê
● Rêzkirina xwendina dirêj li ser Nanopore P48 (pirtûkxaneya 10Kb); PacBio Revio (pirtûkxaneya 8Kb)
● Rastkirina çewtiyê: rêzkirin li ser Illumina NovaSeq (pirtûkxaneya PE150)
Avantajên Xizmetê
●Komkirina Metagenomê ya Kalîteya Bilind:Bi kêmtir kontîgên ku berdewamiya wan bilindtir e.
●Rastbûna Bilindtir:Nasîna cureyan û pêşbînîkirina genên fonksiyonel.
●Civîna BaştirkirîHêsankirina veqetandina genoma bakteriyan û analîza berawirdî ya metagenomê.
●Analîza Biyoenformatîkê ya Berfireh:Analîza me ne tenê li ser cihêrengiya taksonomîk, lê di heman demê de li ser cihêrengiya fonksiyonel a civakê jî disekine.
●Ezmûna BerfirehTîma me xwedî ezmûneke dewlemend e ji bo her projeyekê, bi tomarên serkeftinê yên girtina gelek projeyên metagenomîkê di warên lêkolînê yên cûrbecûr de û pêvajoya zêdetirî 200,000 nimûneyan, tîma me xwedî ezmûneke dewlemend e ji bo her projeyekê.
Taybetmendiyên Xizmetê
| Platforma rêzkirinê | Stratejiya Rêzkirinê | Daneyên pêşniyarkirî |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gb |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 Gb |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 Gb |
Pêdiviyên Nimûneyê
| Têkelbûn (ng/µL) | Tevahî mîqdar (µg) | Qebare (µL) | |
| Pirtûkxaneya Illumina PE150 | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| Pirtûkxaneya Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Pirtûkxaneya PacBio 8 kb | ≥50 | 10 µg/hucre | ≥20 |
Herikîna Karê Xizmetê
Radestkirina nimûneyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Analîza jêrîn vedihewîne:
● Kontrolkirina Kalîteya Daneyan a Rêzkirinê
● Kombûna Metagenomê û Pêşbîniya Genê
● Annotasyona Genê
● Analîza Cûrbecûrîya Alfa ya Taksonomîk
● Analîza Fonksiyonel a Civakê: Fonksiyona Biyolojîk, Metabolîk, Berxwedana Antîbiyotîkê
● Analîz li ser Cûrbecûrîya Fonksiyonel û Taksonomîk:
Analîza Cûrbecûrîya Beta
Analîza Nav-Grûpan
Analîza Têkiliyê: di navbera faktorên hawîrdorê û pêkhate û cihêrengiya OUT de
Belavbûna koma genên ne-zêde:
Têbînîkirina genê: Rêya KEGG
Têbînîkirina genê: eggNOG
Têbînîkirina genê: Karbohîdratên CAZY
Tora têkiliya cureyan:
Bi vê weşana taybetî pêşketinên ku ji hêla karûbarê rêzkirina metagenomîkê ya BMKGene ve bi Nanopore + Illumina re têne hêsankirin vekolin:
Jin, H. û yên din. (2023) 'Berhevokeke genoma bi kalîte ya mîkrobioma rûviya mirovan a Mongolîstanên Hundir', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), r. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
