Metagenomic Sequencing-Nanopore
Avantajên Service
● Civîna kalîteya bilind-Zêdekirina rastbûna nasîna celeb û pêşbîniya genê fonksiyonel
● Veqetandina genoma bakterî ya girtî
● Sepana bi hêztir û pêbawertir di warên cihêreng de, wek mînak tespîtkirina mîkroorganîzmayên pathogenîk an genên girêdayî berxwedana antîbiyotîk
● Analîzkirina metagenome ya berawirdî
Specifications Service
| Rawesta axaftevan | Rêzkirin | Daneyên pêşniyar kirin | Dema zivirîn |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 rojên xebatê |
Analîzên biyoinformatics
● Kontrolkirina kalîteya daneya xav
● Meclîsa Metagenome
● Set û annotation gene non-zirav
● Analîzên cihêrengiya cureyan
● Analîzkirina cihêrengiya fonksiyona genetîkî
● Analîzên navbera koman
● Analîza komeleyê li dijî faktorên ceribandinê
Sample Requirements û Delivery
Pêdiviyên nimûne û radestkirinê
Pêdiviyên Nimûne:
BoDerxistina DNA:
| Tîpa Nimûne | Biha | Lisersekinî | Paqijiyê |
| Derxistina DNA | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ji bo nimûneyên hawirdorê:
| Tîpa nimûne | Pêvajoya nimûneyê ya pêşniyar kirin |
| Erd | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Pêdivî ye ku maddeya hişkbûyî ya mayî ji rûyê erdê were rakirin;Parçeyên mezin hûr bikin û di parzûna 2 mm re derbas bikin;Ji bo veqetandinê di lûleya EP an cyrotube ya sterîl de nimûneyên aliqut. |
| Feces | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Ji bo veqetandinê di lûleya EP-ya sterîl an çîrûkek sterîl de nimûneyan berhev bikin û veqetînin. |
| Naveroka rovî | Pêdivî ye ku nimûne di bin şertên aseptîk de bêne çêkirin.Bi PBS tevna berhevkirî bişon;PBS-ê santrîfuj bikin û baranê di lûleyên EP-ê de berhev bikin. |
| Sludge | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Ji bo veqetandinê di lûleya EP-ê ya sterîl an jî di lûleya krîyoyê de nimûneya lûlê berhev bikin û veqetînin |
| Waterbody | Ji bo nimûneya bi mîqdarek sînorkirî ya mîkroban, wek ava tîrêjê, ava bîrê, hwd., Bi kêmanî 1 L av berhev bikin û di parzûna 0.22 μm re derbas bikin da ku mîkrobialê li ser membranê dewlemend bikin.Parzûnê di lûleya sterîl de hilînin. |
| Çerm | Bi baldarî rûbera çerm bi pembûya sterîl an jî lûleya neştergerî biperçiqînin û bixin nav lûleya sterîl. |
Pêşniyara Sample Delivery
Nimûneyan di nîtrojena şil de 3-4 demjimêran bicemidînin û di nîtrojena şil de an -80 derece ji bo veqetandina demdirêj hilînin.Veguheztina nimûneyê bi qeşa hişk hewce ye.
Xizmeta Kar Herikîna
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
1.Nexşeya germ: Kombûna dewlemendiya cureyan
2. Genên fonksiyonel ên ku li ser rêyên metabolê yên KEGG têne şîrove kirin
3.Tora pêwendiya celeb
4.Circos of CARD genên berxwedana antîbiyotîk
BMK Case
Nanopore metagenomics teşhîsa klînîkî ya bilez a enfeksiyona tansiyona jêrîn a bakterî dihêle
Weşandin:Biyoteknolojiya Xwezayê, 2019
Highlights Teknîkî
Rêzkirin: Nanopore MinION
Bioinformatics metagenomics klînîkî: Kêmkirina DNA ya mêvandar, analîza WIMP û ARMA
Tespîtkirina bilez: 6 demjimêr
Hesasiyeta bilind: 96,6%
Encamên sereke
Di sala 2006 de, enfeksiyona nefesa jêrîn (LR) bû sedema mirina 3 mîlyon mirovî li cîhanê.Rêbaza tîpîk ji bo tespîtkirina pathogenê LR1 çandinî ye, ku xwedan hestiyariyek qels e, dema zivirîna dirêj e û di terapiya antîbiyotîk a destpêkê de ne rêbernameyek e.Teşhîsek mîkrobîkî ya bilez û rast demek dirêj hewcedariyek lezgîn e.Dr.Li gorî xebata wan, 99.99% ADN-ya mêvandar dikare bête qut kirin.Tespîtkirina di pathogen û genên berxwedêr ên antîbiyotîk de dikare di 6 saetan de biqede.
Balkêşî
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics teşhîsa klînîkî ya bilez a enfeksiyona tansiyona jêrîn a bakterî dihêle.Biyoteknolojiya Xwezayê, 37 (7), 1.
