Çareseriya mRNA ya PacBio 2+3 ya Dirêjahiya Tevahî
Taybetmendî
● Sêwirana lêkolînê:
Nimûneyên komkirî bi PacBio re hatine rêzkirin da ku îzoformên transkrîptê werin destnîşankirin
Nimûneyên cuda (kopî û şert û mercên ku werin ceribandin) bi rêzkirî hatine rêzkirinNGS ji bo pîvandina îfadeya transkrîptê
● Rêzkirina PacBio di moda CCS de, çêkirina xwendinên HiFi
● Rêzkirina transkrîptên dirêj
● Analîz ne hewceyî genomek referansê ye; lêbelê, ew dikare were bikar anîn
● Analîza biyoenformatîkî ne tenê îfadeya di asta gen û îzoformê de, lê di heman demê de analîza lncRNA, hevgirtina genan, polîadenîlasyon û avahiya genê jî vedihewîne.
Awantaj
● Rastbûna Bilind: Xwendina HiFi bi rastbûnek >99.9% (Q30), berawirdî NGS
● Analîza Splasinga AlternatîfRêzkirina hemû transkrîptan naskirin û taybetmendiya îzoforman gengaz dike.
● Têkeliya hêzên PacBio û NGSEw dihêle ku di asta îzoformê de hejmartina îfadeyê were destnîşankirin, û guhertina ku dibe ku dema analîzkirina tevahiya îfadeya genê were veşartin eşkere bike.
● Pisporiya BerfirehMe zêdetirî 2300 nimûne pêvajo kirine, tîma me ji bo her projeyekê gelek ezmûn tîne.
● Piştgiriya Piştî FirotanêPabendbûna me ji temamkirina projeyê û pê ve jî bi heyameke xizmeta piştî firotanê ya 3 mehan berdewam dike. Di vê demê de, em şopandina projeyê, alîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û rûniştinên Pirs û Bersîvê pêşkêş dikin da ku pirsên têkildarî encaman çareser bikin.
Pêdiviyên Nimûneyan û Radestkirin
| Pirtûkxane | Stratejiya rêzkirinê | Daneyên pêşniyarkirî | Kontrola Kalîteyê |
| Pirtûkxaneya CCS ya mRNA ya dewlemendkirî bi PolyA | PacBio Berdewamiya II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A dewlemendkirî | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotîd
|
| Têkelkirin (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijî | Linavketinî |
| Pirtûkxaneya Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Gemarîbûna proteîn an DNAyê li ser jelê bi sînor an jî tune ye. | Ji bo nebatan: RIN≥4.0; Ji bo heywanan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindahiya bingehîn sînorkirî an tune |
| Pirtûkxaneya PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Gemarîbûna proteîn an DNAyê li ser jelê bi sînor an jî tune ye. | Nebat: RIN≥7.5 Heywan: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindahiya bingehîn sînorkirî an tune |
Radestkirina Nimûneya Pêşniyarkirî
Qutî: Lûleya santrifûjê ya 2 ml (Foliya teneke nayê pêşniyarkirin)
Nimûneya nîşankirinê: Komkirin+dubarekirin mînak A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Şandin:
1. Qeşaya hişk:Pêdivî ye ku nimûne di kîsikan de werin pak kirin û di nav qeşaya hişk de werin veşartin.
2. Lûleyên RNA-yê yên stabîl: Nimûneyên RNA-yê dikarin di lûleya stabîlkirina RNA-yê de (mînak RNAstable®) werin hişk kirin û di germahiya odeyê de werin şandin.
Analîza jêrîn vedihewîne:
- Daneyên xav
- Kontrola kalîteyê
- Analîza Polyadenîlasyonê ya Alternatîf (APA)
- Analîza transkrîptê ya fusionê
- Analîza Splicing a Alternatîf
- Analîza Ortologên Yek-Kopiya Gerdûnî ya Benchmarking (BUSCO)
- Analîza transkrîptê ya nû: pêşbîniya rêzikên kodkirinê (CDS) û şîrovekirina fonksiyonel
- Analîza lncRNA: pêşbîniya lncRNA û hedefan
- Nasnameya MîkroSatelîtê (SSR)
- Analîza Veguheztinên Cûda yên Derbirandî (DET)
- Analîza Genên Cûda yên Derbirî (DEG)
- Têbînîkirina fonksiyonel a DEG û DETan
Analîza BUSCO
Analîza Splicing a Alternatîf
Analîza Polyadenîlasyonê ya Alternatîf (APA)
Genên Cûda yên Derbirî (DEG) û Transkrîpt (analîza DETs9)
Torên têkiliya Proteîn-Proteîn ên DET û DEG
Bi rêya berhevokeke weşanên hilbijartî, pêşketinên ku ji hêla rêzkirina mRNA ya tevahî ya PacBio 2+3 ya BMKGene ve têne hêsankirin, vekolin.
Chao, Q. û yên din (2019) 'Dînamîkên pêşketinê yên transkrîptoma stûna Populus',Kovara Biyoteknolojiya Nebatan, 17(1), r. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. û yên din (2022) 'Guhertinên Dînamîk di Naveroka Asîda Askorbîk de di Dema Pêşveçûn û Gihiştina Fêkiyan a Actinidia latifolia (Berhemeke Fêkiyan a Dewlemend bi Askorbatê) û Mekanîzmayên Molekulî yên Girêdayî',Kovara Navneteweyî ya Zanistên Molekulî, 23(10), r. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. û yên din (2022) 'Pêşbînîkirina bi bandor a genên rêya biyosentezê yên ku di polîfîlînên biyoaktîv de di polîfîla Parîsê de cih digirin',Biyolojiya Ragihandinê2022 5:1, 5(1), r. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. û yên din (2023) 'Analîza Têkel a PacBio Iso-Seq û Illumina RNA-Seq a Genên Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome û Sîtokrom P450',Mêşhingiv, 14(4), r. 363. doi: 10.3390/INSETS14040363/S1.
Wang, Lijun û yên din. (2019) 'Lêkolînek li ser tevliheviya transkrîptomê bi karanîna analîza demrast a yek-molekulî ya PacBio bi hev re bi rêzkirina RNA ya Illumina re ji bo têgihîştinek çêtir a bîyosenteza asîda rîcînolîk di Ricinus communis de',BMC Genomics, 20(1), r. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/WÊNE/7.
