Plant / Animal De Novo Genome Rêzkirin
De NovoRêzkirin behsa avakirina tevahiya genoma cureyekî bi karanîna teknolojiyên rêzkirinê di nebûna genoma referansê de dike. Nasandin û pejirandina berfireh a rêzkirina nifşa sêyemîn, ku xwendinên dirêjtir vedihewîne, bi zêdekirina hevgirtinê di navbera xwendinan de, komkirina genoma bi girîngî baştir kiriye. Ev başkirin bi taybetî dema ku bi genomên dijwar re mijûl dibe, wekî yên ku heterozîgotiyek bilind, rêjeyek bilind a herêmên dubarekirî, polîploîd, û herêmên bi hêmanên dubarekirî, naveroka GC ya anormal, an tevliheviya bilind ku bi gelemperî bi karanîna rêzkirina xwendina kurt tenê bi awayekî xirab têne kom kirin, girîng e.
Çareseriya me ya yek-rawestî xizmetên rêzkirina yekgirtî û analîza biyoenformatîkî peyda dike ku genomek de novo ya bi kalîte bilind a komkirî peyda dike. Lêkolînek destpêkê ya genomê bi Illumina re texmînên mezinahiya genomê û tevliheviyê peyda dike, û ev agahî ji bo rêberiya gava din a rêzkirina xwendina dirêj bi PacBio HiFi re tê bikar anîn, û dûv re jîji nû vekombûna kontîgan. Bikaranîna paşê ya kombûna HiC dihêle ku kontîgan bi genomê ve werin girêdan, û kombûnek asta kromozom tê bidestxistin. Di dawiyê de, genom bi pêşbîniya genê û bi rêzkirina genên îfadekirî, bi karanîna transkrîptoman bi xwendinên kurt û dirêj tê şîrovekirin.
Taybetmendiyên Xizmetê
● Entegrasyona gelek xizmetên rêzkirina û biyoenformatîkê di çareseriyek yek-rawestî de:
Lêkolîna genomê bi Illumina re ji bo texmînkirina mezinahiya genomê û rêberiya gavên paşîn;
Rêzkirina xwendina dirêj ji boji nû vekomkirina kontîgan;
Rêzkirina Hi-C ji bo girêdana kromozoman;
rêzkirina mRNA ji bo şîrovekirina genan;
Piştrastkirina meclîsê.
● Xizmeteke guncaw ji bo avakirina genomên nû an jî baştirkirina genomên referansê yên heyî ji bo cureyên balkêş.
Avantajên Xizmetê
Pêşxistina platformên rêzkirinê û biyoenformatîkê diji nû vekombûna genomê
(Amarasinghe SL û yên din,Biyolojiya Genomê, 2020)
●Qeyda Pisporî û Weşanên BerfirehBMKGene di komkirina genoma bi kalîte ya cureyên cihêreng de, di nav de genomên dîploîd û genomên pir tevlihev ên cureyên polîploîd û allopolîploîd, ezmûnek mezin berhev kiriye. Ji sala 2018-an vir ve, me ji zêdetirî ... beşdarî kiriye.300 weşanên bi bandor, û zêdetirî 20 ji wan di Nature Genetics de hatine weşandin..
● Çareseriya Yek-rawestîNêzîkatiya me ya entegre gelek teknolojiyên rêzkirina û analîzên biyoenformatîk di nav karekî hevgirtî de bi hev re dike yek, û genomek komkirî ya bi kalîte bilind peyda dike.
●Li gorî pêdiviyên we hatî çêkirinHerikîna karê xizmeta me xwerû ye, ku dihêle ku ji bo genomên bi taybetmendiyên cihêreng û hewcedariyên lêkolînê yên taybetî adapteyî be. Ev yek tê de cihgirtina genomên mezin, genomên polîploîd, genomên pir heterozîgot û hêj bêtir vedihewîne.
●Tîma Biyoenformatîkê û Laboratuwarê ya Pisporbi ezmûneke mezin hem di warê ceribandinî û hem jî di warê bîyoenformatîkê de di kombûnên genomên tevlihev de û bi rêze patent û mafên nivîskariyê yên nermalavê.
●Piştgiriya Piştî Firotanê:Pabendbûna me ji temamkirina projeyê û pê ve jî bi xizmeteke 3-mehî ya piştî firotanê berdewam dike. Di vê demê de, em şopandina projeyê, alîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û rûniştinên Pirs û Bersîvê pêşkêş dikin da ku pirsên têkildarî encaman çareser bikin.
Taybetmendiyên Xizmetê
| Lêkolîna Genomê | Kombûna genomê | Asta kromozom | Annotasyona Genomê |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi dixwîne | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (bixwe) RNA-seq PacBio 40 Gb ya bi dirêjahiya tevahî an Nanopore 12 Gb |
Pêdiviyên Xizmetê
Ji bo Lêkolîna Genomê, Komkirina Genomê û Komkirina Hi-C:
| Asîdên nukleîk ên tevn an jî yên derxistî | Lêkolîna Genomê | Komkirina Genomê bi PacBio re | Meclîsa Hi-C |
| Rîska heywanan | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Masûlkeya Heywanan | ≥ 5 g | ||
| Xwîna memikan | 1.5 mL
| ≥ 5 mL | ≥2 mL |
| Xwîna mirîşk/masî | ≥ 0.5 mL | ||
| Nebat - Pelê Teze | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Hucreyên Çandîkirî |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Mêşik | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNAya derxistî | Têkelbûn: ≥1 ng/ µL Mîqdar ≥ 30 ng Hilweşîn an gemarîbûn bi sînor an tune ye | Têkelbûn: ≥ 50 ng/ µL Mîqdar: 10 µg/hucreya herikînê/nimûne OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Hilweşîn an gemarîbûn bi sînor an tune ye |
-
|
Ji bo şîrovekirina genomê bi transkriptomîkê:
| Asîdên nukleîk ên tevn an jî yên derxistî | Illumina Transcriptome | PacBio Transcriptome | Nanopore Transkriptome |
| Riwek - Kok/Qûm/Pel | 450 mg | 600 mg | |
| Nebat – Pel/Tov | 300 mg | 300 mg | |
| Nebat - Fêkî | 1.2 g | 1.2 g | |
| Dil/Rûviyê Heywanan | 300 mg | 300 mg | |
| Mejî/Riskê Heywanan | 240 mg | 240 mg | |
| Masûlkeya Heywanan | 450 mg | 450 mg | |
| Hestiyên Heywanan/Por/Çerm | 1 g | 1 g | |
| Artropod - Kêzik | 6 | 6 | |
| Artropod -Krustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Xwîna tevahî | 1 lûle | 1 lûle | |
| RNAya derxistî | Têkelbûn: ≥ 20 ng/ µL Mîqdar ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Konsansasyon: ≥ 100 ng/µL Mîqdar ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Konsansasyon: ≥ 100 ng/µL Mîqdar ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Radestkirina Nimûneya Pêşniyarkirî
Qutî: Lûleya santrifûjê ya 2 ml (Foliya teneke nayê pêşniyarkirin)
(Ji bo piraniya nimûneyan, em pêşniyar dikin ku di etanolê de neyê parastin.)
Etîketkirina Nimûneyan: Divê nimûne bi zelalî werin etîketkirin û bi forma agahdariya nimûneya pêşkêşkirî re wekhev bin.
Şandin: Qeşaya hişk: Pêwîst e nimûne pêşî di kîsikan de werin pak kirin û di nav qeşaya hişk de werin veşartin.
Herikîna Kar
Herikîna Karê Xizmetê
Sêwirana ceribandinê
Radestkirina nimûneyê
Derxistina DNAyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Analîza biyoenformatîk a temam, di 4 gavan de hatiye dabeşkirin:
1) Lêkolîna genomê, li ser bingeha analîza k-mer bi xwendina NGS:
Texmîna mezinahiya genomê
Texmîna heterozîgotîyê
Texmîna herêmên dubarekirî
2) Komkirina Genomê bi PacBio HiFi re:
Ji nû vecivîn
Nirxandina komkirinê: tevî analîza BUSCO ji bo temambûna genomê û nexşekirina pişta xwendinên NGS û PacBio HiFi
3) Meclîsa Hi-C:
QC ya pirtûkxaneya Hi-C: texmîna têkiliyên Hi-C yên derbasdar
Civîna Hi-C: komkirina kontîgan di koman de, piştre rêzkirina kontîgan di nav her komê de û destnîşankirina arasteya kontîgan.
Nirxandina Hi-C
4) Têbînîkirina genomê:
Pêşbîniya RNA ya ne-kodker
Nasîna rêzên dubarekirî (transpozon û dubareyên tandem)
Pêşbîniya genê
§Ji nû ve: algorîtmayên destpêkê yên ab
§ Li gorî homologiyê
§ Li ser bingeha transkrîptomê, bi xwendinên dirêj û kurt: xwendin inji nû veli ser genoma pêşnûmeyê hatî kom kirin an nexşe kirin
§ Şîrovekirina genên pêşbînîkirî bi gelek databasan
1) Lêkolîna Genomê - analîza k-mer
2) Kombûna Genomê
2) Komkirina Genomê - PacBio HiFi nexşeyê ji bo komkirina pêşnûmeyê dixwîne
2) Komkirina Hi-C - texmîna cotên têkiliyê yên derbasdar ên Hi-C
3) Nirxandina Hi-C piştî komkirinê
4) Annotasyona Genomê - entegrasyona genên pêşbînîkirî
4) Têbînîkirina genomê - têbînîkirina genên pêşbînîkirî
Bi rêya berhevokeke weşanên bijartî, pêşketinên ku ji hêla xizmetên komkirina genoma de novo ya BMKGene ve têne hêsankirin, vekolin:
Li, C. û yên din. (2021) 'Rêzên genomê rêyên belavbûna gerdûnî eşkere dikin û adaptasyonên genetîkî yên hevgirtî di pêşveçûna hespên deryayê de pêşniyar dikin', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. û yên din. (2023) 'Guhertinên Kromozomî yên Asta Mezin Dibe Sedema Guhertinên Derbirînê yên Asta Genomê, Adaptasyona Jîngehê, û Curepêbûnê di Gayal (Bos frontalis) de', Molecular Biology and Evolution, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. û yên din (2023) 'Civandina genomê û parçekirina genetîkî ya germoplazmayek ceh a berxwedêr a ziwabûnê ya berbiçav', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), r. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. û yên din (2023) 'Eşkerekirina pêşveçûna bîyosenteza alkaloidên tropanê bi analîzkirina du genomên di malbata Solanaceae de', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Lêkolînên dozê yên dijwar:
Kombûna Telomere-bi-telomere:Fu, A. û yên din. (2023) 'Civîna genoma telomer-bi-telomere ya xiyar tal (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) taybetmendiyên genetîkî yên pêşketin, pêkhate û gihîştina fêkiyan eşkere dike', Lêkolîna Baxçevaniyê, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Kombûna Haplotîpê:Hu, W. û yên din. (2021) 'Genoma bi alelê ve hatî destnîşankirin di dema pêşveçûna kasavayê de cûdahiya dualî nîşan dide', Molecular Plant, 14(6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Kombûna genoma mezin:Yuan, J. û yên din. (2022) 'Bingeha genomîk a gîga-kromozoman û gîga-genoma peoniya daran Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), r. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Kombûna genoma polîploîd:Zhang, Q. û yên din. (2022) 'Nêrînên genomîk li ser kêmkirina kromozomên dawî yên şekirê qamîşê otopolîploîd Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), r. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
