Rêzkirina Tevahiya Genomê ya Nebat/Ajalan
Taybetmendiyên Xizmetê
Ji nû ve
Ev teknîk bi taybetî ji bo genomên dijwar ên wekî yên bi pileya bilind a heterozîgotîyê, herêmên dubare, genomên polîpoloîd, naveroka CG ya anormal û hwd. bikêr e.
Çareseriya me ya yek-rawestî xizmetên rêzkirina yekgirtî û analîza biyoenformatîkî peyda dike ku genomek de novo ya bi kalîte bilind a komkirî peyda dike. Lêkolînek destpêkê ya genomê bi Illumina re texmînên mezinahiya genomê û tevliheviyê peyda dike, û ev agahî ji bo rêberiya gava din a rêzkirina xwendina dirêj bi PacBio HiFi re tê bikar anîn, û dûv re jîji nû vekombûna kontîgan. Bikaranîna paşê ya kombûna HiC dihêle ku kontîgan bi genomê ve werin girêdan, û kombûnek asta kromozom tê bidestxistin. Di dawiyê de, genom bi pêşbîniya genê û bi rêzkirina genên îfadekirî, bi karanîna transkrîptoman bi xwendinên kurt û dirêj tê şîrovekirin.
-- Entegrasyona gelek xizmetên rêzkirina û biyoenformatîkê di çareseriyek yek-rawestî deXizmeta minasib ji bo avakirina romanê
-- genom an başkirina genomên referansê yên heyî ji bo cureyên balkêş.
Ji nû ve rêzkirin
-- Amadekirina pirtûkxaneyê dikare standard an bê PCR be
-- Di 4 platformên rêzkirina de peyda dibe: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 an PacBio Revio.
-- Analîza biyoenformatîk a li ser gazîkirina varyantan disekine: SNP, InDel, SV û CNV
Avantajên Xizmetê
●Qeyda Pisporî û Weşanên Berfireh: Ji boji nû vexizmetguzariyan, me di komkirina genoma bi kalîte ya cureyên cihêreng de, di nav de genomên dîploîd û genomên pir tevlihev ên cureyên polîploîd û alopolîploîd, ezmûnek mezin berhev kiriye. Ji sala 2018-an vir ve, me beşdarî zêdetirî 300 weşanên bi bandor bûne, û 20+ ji wan di Nature Genetics de hatine weşandin. Di ji nû ve rêzkirina genomayan de, me zêdetirî 1000 cure kom kirin, ku di encamê de zêdetirî 1000 bûyerên weşandî bi faktoreke bandora berhevkirî ya ji 5000î zêdetir çêbûn.
●Çareseriya Yek-rawestî: Vekirîji nû veDi rêzkirina me ya entegre de, nêzîkatiya me ya yekgirtî gelek teknolojiyên rêzkirina û analîzên biyoenformatîk di nav karekî hevgirtî de bi hev re dike yek, û genomek komkirî ya bi kalîte bilind peyda dike.
●Li gorî pêdiviyên we hatî çêkirinHerikîna karê xizmeta me xwerûkirî ye, ku dihêle ku genomên bi taybetmendiyên cihêreng û hewcedariyên lêkolînê yên taybetî biguncin.
●Tîma Biyoenformatîkê û Laboratuwarê ya Pispor: Gelo ew ji bo yeji nû verêzkirin an ji nû ve rêzkirin, tîma me xwedî komek amûr û zanînên jêhatî ye da ku serkeftina projeyê garantî bike. Ev dikare bi rêze patent û mafên kopîkirinê yên nermalavê yên ku wan pêşxistine were piştrast kirin.
● Piştgiriya Piştî Firotanê:Pabendbûna me ji temamkirina projeyê û pê ve jî bi xizmeteke 3-mehî ya piştî firotanê berdewam dike. Di vê demê de, em şopandina projeyê, alîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û rûniştinên Pirs û Bersîvê pêşkêş dikin da ku pirsên têkildarî encaman çareser bikin.
●Analîza Biyoenformatîkê ya Berfireh: Gazîkirina guhertoyan û şîrovekirina fonksiyonê jî tê de ye.
●Têbînîyeke Berfireh ji bo RêzkirinêEm ji bo şîrovekirina fonksiyonel a genan bi guhertoyên diyarkirî û pêkanîna analîza dewlemendkirinê ya têkildar, gelek databasan bikar tînin, û têgihiştinê li ser projeyên lêkolînê yên we peyda dikin.
Taybetmendiyên Xizmetê
| Guhertoyên ku werin destnîşankirin | Stratejiya rêzkirinê | Kûrahiya pêşniyarkirî |
| SNP û InDel | Illumina NovaSeq PE150 an MGI T7 | 10x |
| SV û CNV (kêmtir rast) | 30x | |
| SV û CNV (rasttir) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indel, SV û CNV | PacBio Revio | 10x |
Pêdiviyên Nimûneyê
| Asîdên nukleîk ên tevn an jî yên derxistî | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Rîska heywanan | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Masûlkeya Heywanan | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Xwîna memikan | 1.5 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Xwîna mirîşk/masî | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Nebat - Pelê Teze | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Hucreyên Çandîkirî |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Tevnên nerm ên kêzikan/Takekesî | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNAya derxistî
| Têkelbûn: ≥ 1 ng/ µL Mîqdar: ≥ 30 ng Hilweşîn an gemarîbûn bi sînor an tune ye
| Lisersekinî Biha
OD260/280
OD260/230
Hilweşîn an gemarîbûn bi sînor an tune ye
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/hucreya herikînê/nimûne
1.7-2.2
≥1.5 | Lisersekinî Biha
OD260/280
OD260/230
Hilweşîn an gemarîbûn bi sînor an tune ye | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/hucreya herikînê/nimûne
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Amadekirina Pirtûkxaneya Bê PCR: Têkelbûn ≥ 40 ng/ µL Mîqdar ≥ 500 ng | |||||
Herikîna Karê Xizmetê
Radestkirina nimûneyê
Derxistina DNAyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Radestkirina daneyan
Ji nû velûleya biyoenformatîkê
Eger hûn dixwazin nihêrînek giştî li ser boriyên me yên cûda ji bo montajê bibînin:
Analîza biyoenformatîk a temam, di 4 gavan de hatiye dabeşkirin:
1. Lêkolîna genomê, li ser bingeha analîza k-mer bi xwendinên NGS.Ew ê li ser van agahiyan bide me:
- Texmîna mezinahiya genomê
- Texmîna heterozîgotîyê
- Texmîna herêmên dubarekirî
2. Komkirina Genomê bi PacBio HiFi re.Bikaranîna xwendinên dirêj dê bide me:
- Ji nû vecivîn
- Nirxandina komkirinê: tevî analîza BUSCO ji bo temambûna genomê û nexşekirina pişta xwendinên NGS û PacBio HiFi
3. Meclîsa Hi-C.Dema ku me ev komkirin temam kir, hebûna agahdariya li ser avahiya 3D ya genomê dê zanînê kûrtir bike û genomê referansê yê ku em ava dikin dewlemendtir bike.
- QC ya pirtûkxaneya Hi-C ji bo texmînkirina têkiliyên Hi-C yên derbasdar.
- Civîna Hi-C. Em ê kontîgan di koman de kom bikin, dûv re jî di nav her komê de rêzkirina kontîgan û destnîşankirina arasteya kontîgan.
- Nirxandina Hi-C
4. Têbînîkirina genomê:
- Pêşbîniya RNA ya ne-kodker
- Nasîna rêzên dubarekirî (transpozon û dubareyên tandem)
- Pêşbîniya genê
- Ji nû ve: algorîtmayên destpêkê yên ab
- Li ser bingeha homolojiyê
- Li gorî transkrîptomê, bi xwendinên dirêj û kurt: xwendin inji nû veli ser genoma pêşnûmeyê hatî kom kirin an nexşe kirin
- Şîrovekirina genên pêşbînîkirî bi gelek databasan
Ji nû ve rêzkirinlûleya biyoenformatîkê
Analîza jêrîn vedihewîne:
- Kontrola Kalîteya Daneyên Xav
- Statîstîkên hevahengiya bi genoma referansê re
- Nasnameya varyantê: SNP, InDel, SV û CNV
- Têbînîkirina fonksiyonel a guhertoyan
Statîstîkên hevahengiyê bi genomê referansê re - belavbûna kûrahiya rêzkirinê
SNP di navbera gelek nimûneyan de bang dike
Nasnameya InDel - îstatîstîkên dirêjahiya InDel di herêma CDS û herêma tevahiya genomê de
Belavbûna varyantan li seranserê genomê - nexşeya Circos
Têbînîkirina fonksiyonel a genan bi guhertoyên diyarkirî - Ontolojiya Genan
Chai, Q. û yên din (2023) 'Glutatyon S-transferaz GhTT19 bi rêya rêkxistina kombûna antosîyanîn di pembû de rengkirina pelên kulîlkan diyar dike',Kovara Biyoteknolojiya Nebatan, 21 (2), r. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. û yên din (2023) 'Genoma Hevea brasiliensis a kovî ya asta kromozom amûrên nû ji bo çandina bi alîkariya genomîkê û lokusên hêja peyda dike da ku hilberîna lastîkê zêde bike',Kovara Biyoteknolojiya Nebatan, 21(5), r. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. û yên din (2021) 'Rêzên genomê rêyên belavbûna gerdûnî eşkere dikin û adaptasyonên genetîkî yên hevgirtî di pêşveçûna hespên deryayê de pêşniyar dikin',Peywendiyên Xwezayê, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. û yên din (2023) 'Guhertinên Kromozomî yên Asta Mezin Dibe Sedema Guhertinên Derbirînê yên Asta Genomê, Adaptasyona Jîngehê, û Curebûna di Gayal (Bos frontalis) de',Biyolojiya Molekulî û Pêşveçûn, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. û yên din (2023) 'Civandina genomê û parçekirina genetîkî ya germoplazma ceh a berxwedêr a ziwabûnê ya berbiçav',Genetîka Xwezayê 202355:3, 55(3), rûp 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. û yên din (2023) 'Eşkerekirina pêşveçûna bîyosenteza alkaloidên tropanê bi analîzkirina du genomên di malbata Solanaceae de',Peywendiyên Xwezayê2023 14:1, 14(1), r. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. û yên din (2022) 'Analîza guhertinên genom û metîlasyonê di mirîşkên xwecihî yên Çînî de bi demê re têgihiştinê li ser parastina cureyan peyda dike',Biyolojiya Ragihandinê, 5(1), r. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Lêkolînên dozê yên dijwar:
Kombûna Telomere-bi-telomere:Fu, A. û yên din (2023) 'Civîna genoma telomer-bi-telomere ya xiyar tal (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) pêşketin, pêkhate û taybetmendiyên genetîkî yên gihîştina fêkiyan eşkere dike',Lêkolîna Baxçevaniyê, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Kombûna Haplotîpê:Hu, W. û yên din (2021) 'Genoma bi alelê ve hatî pênasekirin di dema pêşveçûna kasavayê de cûdahiya dualî nîşan dide',Nebata Molekulî, 14(6), rûpel 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Kombûna genoma mezin:Yuan, J. û yên din (2022) 'Bingeha genomîk a gîga-kromozoman û gîga-genoma peoniya daran Paeonia ostii',Peywendiyên Xwezayê2022 13:1, 13(1), r. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Kombûna genoma polîploîd:Zhang, Q. û yên din (2022) 'Nêrînên genomîk li ser kêmkirina kromozomên dawî yên şekirê qamîşê otopolîploîd Saccharum spontaneum',Genetîka Xwezayê 202254:6, 54(6), rûp 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
