-
Têkiliya Kromatînê ya li ser bingeha Hi-C
Hi-C rêbazek e ku ji bo girtina mîhengkirina genomîk bi hevberkirina têkiliyên li ser bingeha nêzîkbûnê û rêzkirina rêjeya bilind hatiye çêkirin. Ev rêbaz li ser girêdana kromatîn bi formaldehîdê re ye, dû re jî bihelandin û ji nû ve girêdan bi awayekî ku tenê perçeyên ku bi kovalentî ve girêdayî ne berhemên girêdanê çêdikin. Bi rêzkirina van berhemên girêdanê, gengaz e ku rêxistina 3D ya genomê were lêkolîn kirin. Hi-C belavkirina beşên genomê yên ku bi sivikî pakkirî ne (beşên A, eukromatîn) û îhtîmala ku ji hêla transkrîpsiyonê ve çalak bin, û herêmên ku bi zexmî pakkirîtir in (beşên B, Heterokromatîn) lêkolîn dike. Hi-C di heman demê de dikare were bikar anîn da ku Domainên Topolojîkî yên Bi Hev Ve Girêdayî (TAD), herêmên genomê yên ku avahiyên wan qatkirî ne û îhtîmal e ku şêwazên îfadeyê yên wekhev hebin, destnîşan bike û ji bo destnîşankirina lûpên kromatîn, herêmên DNA yên ku ji hêla proteînan ve bi hev ve girêdayî ne û ku pir caran bi hêmanên rêkûpêk dewlemend in, were destnîşankirin. Xizmeta rêzkirina Hi-C ya BMKGene lêkolîneran hêzdar dike ku aliyên fezayî yên genomîkê bikolin, û rêyên nû ji bo têgihîştina rêziknameya genomê û bandorên wê li ser tenduristî û nexweşiyan vedike.
-
Rêzkirina Îmmunoprecipîtasyona Kromatînê (ChIP-seq)
Îmûnpresîpîtasyona Kromatînê (CHIP) teknîkek e ku antîkoran bikar tîne da ku bi awayekî bijartî proteînên girêdana DNA-yê û hedefên genomîk ên wan ên têkildar dewlemend bike. Entegrasyona wê bi NGS re profîlkirina hedefên DNA-yê yên bi guhertina hîstonê, faktorên transkrîpsiyonê û proteînên din ên girêdana DNA-yê ve girêdayî li seranserê genomê gengaz dike. Ev nêzîkatiya dînamîk berawirdkirina cihên girêdanê li seranserê celebên hucreyan, tevn an şert û mercên cihêreng gengaz dike. Serlêdanên ChIP-Seq ji lêkolîna rêziknameya transkrîpsiyonê û rêyên pêşveçûnê bigire heya ronîkirina mekanîzmayên nexweşiyê, ku wê dike amûrek neçar ji bo têgihîştina peyzajên rêziknameya genomîk û pêşvebirina têgihiştinên dermankirinê.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina bisulfîtê ya tevahiya genomê (WGBS)
Ev teknîk, ku li ser dermankirina DNAyê bi bisulfîtê hatiye avakirin da ku veguherîna sîtozînên nemetîlekirî bo uracil (C bo U) were teşwîqkirin, di heman demê de sîtozînên metîlekirî bêguherîn dihêle, wekî rêbaza standarda zêrîn ji bo lêkolîna kûr a metîlasyona DNAyê, bi taybetî pozîsyona pêncemîn di sîtozînê de (5-mC), ku rêkxerê sereke yê îfadeya genan û çalakiya hucreyî ye, radiweste.
Ev teknîk çareseriyek yek-bingehî pêşkêş dike, ku dihêle lêkolîner bi berfirehî methylome lêkolîn bikin û qalibên metîlasyonê yên anormal di nav nimûneyan de kifş bikin. Bi karanîna WGBS, zanyar dikarin têgihiştinên bêhempa li ser peyzajên metîlasyonê yên li seranserê genomê bi dest bixin, û têgihîştinek nuwaze ya mekanîzmayên epigenetîk ên ku bingeha pêvajoyên biyolojîkî û nexweşiyên cihêreng in peyda bikin.
-
Testa Kromatîna Gihîştî ya Transposazeyê bi Rêzkirina Berdest a Bilind (ATAC-seq)
ATAC-seq teknîkek rêzkirina bi rêjeya bilind e ku ji bo analîza gihîştina kromatînê ya li seranserê genomê tê bikar anîn. Bikaranîna wê têgihîştinek kûrtir a mekanîzmayên tevlihev ên kontrola epigenetîk a gerdûnî li ser îfadeya genan peyda dike. Rêbaz transpozazek Tn5 ya hîperaktîf bikar tîne da ku bi hevdemî herêmên kromatînê yên vekirî parçe bike û bi danîna adaptorên rêzkirina wê nîşan bike. Zêdekirina PCR ya paşê dibe sedema afirandina pirtûkxaneyek rêzkirina wê, ku dihêle herêmên kromatînê yên vekirî di bin şert û mercên cîh-dem ên taybetî de werin nas kirin. ATAC-seq dîtinek holîstîk a peyzajên kromatînê yên gihîştî peyda dike, berevajî rêbazên ku tenê li ser cihên girêdana faktorên transkrîpsiyonê an herêmên taybetî yên guherandî yên hîstonê disekinin. Bi rêzkirina van herêmên kromatînê yên vekirî, ATAC-seq herêmên ku îhtîmala wan zêdetir rêzikên rêkûpêk ên çalak hene û cihên girêdana faktorên transkrîpsiyonê yên potansiyel eşkere dike, û têgihiştinên hêja li ser modûlasyona dînamîk a îfadeya genan li seranserê genomê pêşkêş dike.
-
Rêzkirina Bisulfîtê ya Nûneratiya Kêmkirî (RRBS)
Rêzkirina bisulfîtê ya bi temsîla kêmkirî (RRBS) xwe dispêre dewlemendkirina herêmên dewlemend ên giravên CpG bi rêya parçekirina MspI û dûv re hilbijartina mezinahiya perçeyên 200-500/600 bps. Di encamê de, tenê herêmên nêzîkî giravên CpG têne rêzkirin, lê yên ku giravên CpG yên dûr hene ji analîzê têne derxistin. Ev pêvajo, digel rêzkirina bisulfîtê, dihêle ku metîlasyona DNA-yê bi çareseriya bilind were tespîtkirin, û rêbaza rêzkirinê, PE150, bi taybetî li ser dawiya pêvekan disekine ne li ser navîn, ku bandora profîlkirina metîlasyonê zêde dike.
Ev teknîk di lêkolîna metîlasyona DNAyê de wekî alternatîfek bi arzanî û bi bandor ji bo Rêzkirina Bisulfîtê ya Tevahiya Genomê (WGBS) derketiye holê. Her çend WGBS bi lêkolîna tevahiya genomê bi çareseriya yekane têgihiştinên berfireh peyda dike jî, lêçûna wê ya bilind dikare bibe faktorek sînordar, ku RRBS bi analîzkirina bijartî ya beşek nûner a genomê vê dijwarîyê bi stratejîkî kêm dike. Ev rêbaz amûrek bêqîmet e ku lêkolîna metîlasyona DNAyê ya bi arzanî gengaz dike û zanîna mekanîzmayên epigenetîk pêş dixe.
