-
Analyza Komeleya Genome-wide
Armanca Lêkolînên Komeleya Genome-Wide Wide (GWAS) ew e ku celebên genetîkî (jenotîp) yên bi taybetmendiyên taybetî (fenotip) ve girêdayî ne nas bike. Bi vekolîna nîşankerên genetîkî li seranserê genomê di hejmareke mezin a kesan de, GWAS bi analîzên statîstîkî yên di asta nifûsê de têkiliyên genotype-fenotip derdixe. Ev metodolojî di lêkolîna nexweşiyên mirovî û vekolîna genên fonksiyonel ên bi taybetmendiyên tevlihev ên di heywanan an nebatan de ve girêdayî sepanên berfireh dibîne.
Li BMKGENE, em du rê ji bo pêkanîna GWAS li ser nifûsên mezin pêşkêş dikin: Bikaranîna Rêzkirina Tev-Genome (WGS) an bijartina rêbazek rêziknameya genomê ya temsîla kêmkirî, Parçeya Pêvekirî ya Taybet-Locus (SLAF) ya ku di hundurê de hatî pêşve xistin. Dema ku WGS ji genomên piçûktir re guncan e, SLAF ji bo lêkolîna nifûsên mezin ên bi genomên dirêjtir ve wekî alternatîfek biha-bandor derdikeve holê, bi bandor lêçûnên rêzkirinê kêm dike, di heman demê de garantîkirina vedîtina nîşankerek genetîkî ya bilind.
-
Plant / Animal Tevahiya Genom Sequencing
Rêzkirina Tevahiya Genomê (WGS), ku wekî resequencing jî tê zanîn, bi tevahî rêzgirtina genomê ya ferdên cûrbecûr yên bi genomên referansa naskirî re vedibêje. Li ser vê bingehê, cûdahiyên genomîk ên kes an nifûsê dikare bêtir were destnîşankirin. WGS naskirina Polîmorfîzma Yekane Nukleotîdê (SNP), Jêbirina Têkê (InDel), Guhertoya Strukturê (SV), û Guherîna Hejmara Kopî (CNV) dike. SV ji SNP-an beşek mezin a bingeha guherînê pêk tîne û bandorek mezin li ser genomê heye, bi giranî bandorê li organîzmayên zindî dike. Dema ku ji nû ve xwendina kurt di naskirina SNP û InDels de bandorker e, lêvegerandina dirêj-xwendina rê dide nasîna rasttir a perçeyên mezin û guheztinên tevlihev.
-
Genetics Evolutionary
Evolutionary Genetics karûbarek rêzgirtinê ya berfireh e ku ji bo pêşkêşkirina şîroveyek têgihîştî ya pêşkeftinê di nav komek mezin a kesan de, li ser bingeha guheztinên genetîkî, di nav de SNP, InDels, SVs, û CNV, hatî çêkirin. Ev karûbar hemî analîzên bingehîn ên ku ji bo ronîkirina veguheztinên evolusyona û taybetmendiyên genetîkî yên nifûsê hewce ne, di nav de nirxandinên avahiya nifûsê, cihêrengiya genetîkî, û têkiliyên fîlogenetîkî vedihewîne. Digel vê yekê, ew di lêkolînên li ser herikîna genê de vedigere, ku texmînên mezinahiya nifûsa bandorker û dema cihêbûnê dike. Lêkolînên genetîka pêşkeftinê di derheqê jêderk û adaptasyonên cureyan de têgihiştinên hêja peyda dikin.
Li BMKGENE, em du rê ji bo meşandina lêkolînên genetîka evolusyona li ser nifûsên mezin pêşkêş dikin: karanîna rêziknameya tev-jenomê (WGS) an bijartina rêbazek rêziknameya genomê ya temsîla kêmkirî, Parçeya Pêvekirî ya Taybet-Locus (SLAF) ya ku di hundurê de hatî pêşve xistin. Dema ku WGS ji genomên piçûktir re têkildar e, SLAF ji bo lêkolîna nifûsên mezin ên bi genomên dirêjtir ve wekî alternatîfek lêçûn derdikeve holê, bi bandor lêçûnên rêzkirinê kêm dike.
-
Genomîka Berawirdî
Genomîka berawirdî vekolîn û berhevdana tevahiya rêz û strukturên genomê di nav cûreyên cûda de pêk tîne. Ev qad hewl dide ku pêşkeftina celeban eşkere bike, fonksiyonên genê dekod bike, û mekanîzmayên rêziknameya genetîkî ronî bike bi destnîşankirina struktur û hêmanên rêzikên parastî an cihêreng ên li seranserê organîzmayên cihêreng. Lêkolînek genomîk a berawirdî ya berawirdî analîzên wekî malbatên genê, pêşkeftina pêşkeftinê, bûyerên dubarekirina tev-jenom, û bandora zextên bijartî vedihewîne.
-
Meclîsa Genome ya Bingeha Hi-C
Hi-C rêbazek e ku ji bo girtina veavakirina kromozomê hatiye çêkirin bi berhevkirina danûstendinên li ser bingeha nêzikbûnê û rêzgirtina berbi bilind. Tê bawer kirin ku tundiya van têkiliyan bi dûrbûna laşî ya li ser kromozoman re bi neyînî ve girêdayî ye. Ji ber vê yekê, daneyên Hi-C ji bo rênîşandana kombûn, rêzkirin, û rêwerzkirina rêzikên berhevkirî di pêşnumayek genomê de têne bikar anîn û wan li ser hejmareke diyarkirî ya kromozoman girêdide. Di nebûna nexşeyek genetîkî ya nifûsê de, ev teknolojiyê kombûnek genom a asta kromozomê hêz dike. Her genomek yekane pêdivî bi Hi-C heye.
-
Plant / Animal De Novo Genome Rêzkirin
De Novorêzkirin bi nebûna genomek referansê bi karanîna teknolojiyên rêzgirtinê ve avakirina tevahiya genoma celebek tê gotin. Danasîn û pejirandina berbelav a rêziknameya nifşa sêyemîn, ku xwendina dirêjtir vedihewîne, bi zêdekirina hevgirtina di navbera xwendinê de berhevoka genomê bi girîngî zêde kiriye. Ev pêşkeftin bi taybetî dema ku bi genomên dijwar re mijûl dibin, wek yên ku heterozîgosîteya bilind nîşan didin, rêjeyek zêde ya herêmên dubarekirî, polîploîd, û herêmên bi hêmanên dubarekirî, naveroka GC-ya nenormal, an tevliheviya bilind ku bi gelemperî bi kêmasî têne berhev kirin bi karanîna rêzikên xwendina kurt têne berhev kirin. tenê.
Çareseriya meya yek-stop karûbarên rêzgirtinê yên yekbûyî û analîzên biyoinformatîk peyda dike ku genomek civandî ya nû-kalîteya bilind peyda dike. Lêkolînek genomê ya destpêkê bi Illumina re texmînên mezinahî û tevliheviya genomê peyda dike, û ev agahdarî tê bikar anîn da ku gava paşîn a rêzgirtina dirêj-xwendina bi PacBio HiFi re rêber bike, li dûvde novocivîna contigs. Dûv re karanîna kombûna HiC rê dide girêdana pevgirêdan li genomê, bidestxistina kombûnek di asta kromozomê de. Di dawiyê de, genom bi pêşbîniya genê û bi rêzkirina genên diyarkirî ve tê şîrove kirin, û bi xwendina kurt û dirêj ve li transkrîptomê vedigere.
-
Rêzkirina Tevahiya Exome ya Mirovan
Rêzkirina eksome ya Tevahiya Mirovan (hWES) bi berfirehî wekî nêzîkatiyek rêzgirtinê ya lêçûn-bandor û bi hêz ji bo destnîşankirina mutasyonên sedema nexweşiyê tê pejirandin. Tevî ku tenê bi qasî 1.7% ji tevahiya genomê pêk tîne, exons bi rasterast ronîkirina profîla fonksiyonên proteîna tevahî rolek girîng dilîzin. Nemaze, di genoma mirovan de, ji% 85 zêdetir mutasyonên ku bi nexweşiyan re têkildar in di nav deverên kodkirina proteînê de diyar dibin. BMKGENE bi du stratejiyên girtina exonê yên cihêreng ên ku ji bo pêkanîna armancên lêkolînê yên cihêreng peyda dibin karûbarek rêzkirina tevahiya exome ya mirovî ya berfireh û maqûl pêşkêşî dike.
-
Rêzkirina Fragmenta Pêvekirî ya Taybet-Locus (SLAF-Seq)
Genotîpkirina bilind, nemaze li ser nifûsên mezin, di lêkolînên komeleya genetîkî de gavek bingehîn e û bingehek genetîkî ji bo vedîtina genê fonksiyonel, analîza pêşkeftinê, hwd peyda dike.Rêzkirina Genome ya Nûnertiya Kêmkirî (RRGS)bi gelemperî di van lêkolînan de tê bikar anîn da ku lêçûna rêzkirina her nimûneyê kêm bike dema ku di vedîtina nîşankera genetîkî de karbidestiya maqûl biparêze. RRGS vê yekê bi helandina ADN-ê bi enzîmên sînordar dike û balê dikişîne ser rêzek mezinahiya perçeyek taybetî, bi vî rengî tenê perçeyek genomê rêz dike. Di nav cûrbecûr metodolojiyên RRGS de, Rêzkirina Fragmentê ya Amplified-Specific-Locus (SLAF) nêzîkatiyek xwerû û bi kalîte ye. Ev rêbaz, ku ji hêla BMKGene ve serbixwe hatî pêşve xistin, enzîma qedexekirinê ji bo her projeyê xweşbîn dike. Ev hilberîna hejmareke girîng a tagên SLAF (400-500 bps herêmên genomê yên ku têne rêz kirin) ku bi yekrengî li ser genomê têne belav kirin dema ku bi bandor ji herêmên dubarekirî dûr dikevin, bi vî rengî vedîtina nîşankera genetîkî ya çêtirîn piştrast dike.
