-
Rêzkirina RNA-ya yek-nukleî
Pêşxistina teknîkên girtina şaneyên yekane û avakirina pirtûkxaneyên xwerû, digel rêzkirina bi rêjeya bilind, lêkolînên îfadeya genan di asta şaneyan de şoreşek çêkiriye. Ev pêşketin rê dide analîzek kûrtir û berfirehtir a nifûsên şaneyên tevlihev, derbaskirina sînorkirinên têkildarî navînîkirina îfadeya genan li ser hemî şaneyan û parastina nehevsengiya rastîn di nav van nifûsan de. Her çend rêzkirina RNA ya şaneyên yekane (scRNA-seq) xwedî avantajên nayên înkarkirin be jî, ew di hin tevnên ku çêkirina rawestandina şaneyên yekane dijwar dibe û hewceyê nimûneyên nû ye, rastî dijwarîyan tê. Li BMKGene, em vê astengiyê bi pêşkêşkirina rêzkirina RNA ya navokî ya yekane (snRNA-seq) bi karanîna teknolojiya Chromium a 10X Genomics ya herî pêşkeftî çareser dikin. Ev nêzîkatî spektruma nimûneyên ku ji bo analîza transkrîptomê di asta şaneyên yekane de maqûl in fireh dike.
Veqetandina navokan bi rêya çîpa nûjen a 10X Genomics Chromium tê kirin, ku pergaleke mîkrofluîdîk a heşt-kanal bi xaçkirinên ducarî vedihewîne. Di vê pergalê de, morîkên jel ên ku barkod, primer, enzîm û navokek yekane dihewînin, di dilopên rûnê yên bi qasî nanolîtreyan de têne kapsul kirin, û Morîkên Gel-di-Emulsiyonê (GEM) de çêdikin. Piştî avakirina GEM, di her GEM de lîza şaneyê û berdana barkodê çêdibe. Piştre, molekulên mRNA ji bo cDNAyan transkrîpsiyona berevajî derbas dibin, ku barkodên 10X û Nasnameyên Molekulî yên Bêhempa (UMI) dihewînin. Dûv re ev cDNA ji bo avakirina pirtûkxaneya rêzkirina standard têne derbas kirin, ku lêkolînek xurt û berfireh a profîlên îfadeya genan di asta şaneya yekane de hêsan dike.
Platform: 10× Genomics Chromium û Platforma Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Transkriptomîka cîhî teknolojiyeke pêşketî ye ku rê dide lêkolîneran ku şêwazên îfadeya genan di nav tevnvîsan de lêkolîn bikin di heman demê de çarçoveya wan a cîhî biparêzin. Platformeke bihêz di vê qadê de 10x Genomics Visium e ku bi rêzkirina Illumina ve girêdayî ye. Prensîba 10X Visium li ser çîpeke taybetî ye ku deverek girtinê ya diyarkirî heye ku beşên tevnvîsan lê têne danîn. Ev dever xalên barkodkirî dihewîne, her yek bi cihekî cîhî yê bêhempa di nav tevnvîsê de re têkildar e. Molekulên RNA yên ji tevnvîsê hatine girtin dûv re di dema pêvajoya transkrîpsiyona berevajî de bi nasnameyên molekulî yên bêhempa (UMI) têne nîşankirin. Ev xalên barkodkirî û UMI nexşeya cîhî ya rast û hejmartina îfadeya genan di çareseriyek yek-hucreyî de gengaz dikin. Têkeliya nimûneyên barkodkirî yên cîhî û UMI rastbûn û taybetmendiya daneyên çêkirî misoger dike. Bi karanîna vê teknolojiya Transcriptomîkên Cîhanî, lêkolîner dikarin têgihîştineke kûrtir a rêxistina cîhî ya şaneyan û têkiliyên molekulî yên tevlihev ên ku di nav tevnvîsan de çêdibin bi dest bixin, û têgihiştinên bêqîmet li ser mekanîzmayên bingehîn ên pêvajoyên biyolojîkî di gelek waran de, di nav de onkolojî, neurozanistî, biyolojiya pêşkeftinê, îmmunolojî û lêkolînên botanîkî pêşkêş dikin.
Platform: 10X Genomics Visium û Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina mRNA ya Dirêjahiya Tevahî - Nanopore
Her çend rêzkirina mRNA ya li ser bingeha NGS amûrek piralî ye ji bo hejmartina îfadeya genan, lê girêdayîbûna wê bi xwendinên kurt bandora wê di analîzên transkrîptomîk ên tevlihev de sînordar dike. Ji aliyekî din ve, rêzkirina nanopore teknolojiya xwendina dirêj bikar tîne, ku rêzkirina transkrîptên mRNA yên bi dirêjahiya tevahî gengaz dike. Ev rêbaz lêkolînek berfireh a splicing alternatîf, hevgirtina genan, polî-adenîlasyon, û hejmartina îzoformên mRNA hêsan dike.
Rêzkirina nanopore, rêbazek e ku xwe dispêre sînyalên elektrîkî yên demrast ên molekulên yekane yên nanopore, di demrast de encaman peyda dike. Bi rêberiya proteînên motorê, DNAya du-tebeqeyî bi proteînên nanopore yên di nav biyofîlmekê de ve girêdide, dema ku di kanala nanopore re di bin cûdahiya voltaja de derbas dibe vedibe. Sînyalên elektrîkî yên cihêreng ên ku ji hêla bingehên cûda yên li ser tebeqeya DNA ve têne çêkirin di demrast de têne tespît kirin û dabeş kirin, ku rêzkirina nukleotîdên rast û domdar hêsan dike. Ev nêzîkatiya nûjen sînorkirinên xwendina kurt derbas dike û platformek dînamîk ji bo analîza genomîk a tevlihev, di nav de lêkolînên transkrîptomîk ên tevlihev, bi encamên tavilê peyda dike.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Rêzkirina mRNA ya tevahî-dirêj -PacBio
Her çiqas rêzkirina mRNA ya li ser bingeha NGS amûrek piralî ye ji bo hejmartina îfadeya genan, lê girêdayîbûna wê bi xwendinên kurt karanîna wê di analîzên transkrîptomîk ên tevlihev de sînordar dike. Ji aliyekî din ve, rêzkirina PacBio (Iso-Seq) teknolojiya xwendina dirêj bikar tîne, ku rêzkirina transkrîptên mRNA yên tevahî-dirêj gengaz dike. Ev rêbaz lêkolînek berfireh a splicing alternatîf, fusionên genan, û poly-adenylation hêsan dike. Lêbelê, ji ber mîqdara zêde ya daneyên pêwîst, vebijarkên din ji bo hejmartina îfadeya genan hene. Teknolojiya rêzkirina PacBio xwe dispêre rêzkirina yek-molekulî, rast-dem (SMRT), ku di girtina transkrîptên mRNA yên tevahî-dirêj de avantajek berbiçav peyda dike. Ev rêbaza nûjen karanîna rêberên pêlên moda sifir (ZMW) û bîrên mîkrofabrîkkirî vedihewîne ku çavdêriya rast-dem a çalakiya DNA polîmerazê di dema rêzkirina de gengaz dike. Di nav van ZMW-yan de, DNA polîmeraza PacBio zincîrek DNA ya temamker sentez dike, xwendinên dirêj çêdike ku tevahiya transkrîptên mRNA digire nav xwe. Xebata PacBio di moda rêzkirina Circular Consensus (CCS) de bi rêzkirina dubarekirî ya heman molekulê rastbûnê zêde dike. Xwendinên HiFi yên çêkirî xwedî rastbûnek berawirdî bi NGS re ne, ku bêtir beşdarî analîzek berfireh û pêbawer a taybetmendiyên tevlihev ên transkrîptomîk dibin.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Rêzkirina mRNA ya Eukaryotîk-NGS
Rêzkirina mRNA teknîkek e ku rêzkirina nifşê din bikar tîne da ku hebûn û mîqdara molekulên RNA di nimûneyek biyolojîkî de eşkere bike, û wêneyek ji îfadeya genê di nimûneyê de peyda dike.
Bi sepanên xwe yên fireh-alî, ev amûra pêşkeftî profîlên derbirîna genê ya tevlihev, avahiyên genê, û mekanîzmayên molekulî yên bi pêvajoyên biyolojîkî yên cihêreng ve girêdayî eşkere dike.
Ev teknîk bi berfirehî di lêkolîn, teşhîsa klînîkî û pêşkeftina dermanan de tê bikar anîn, ji ber ku ew têgihiştinê li ser tevliheviyên dînamîkên hucreyî û rêziknameya genetîkî pêşkêş dike, bingehek zexm peyda dike da ku meraqê li ser potansiyela wê di warên cûda de bişewitîne.
Platformên berdest: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Rêzkirina mRNA ya Bê-Referansê-NGS
Rêzkirina mRNA profîlkirina berfireh a hemî transkrîptên mRNA di nav hucreyan de di bin şert û mercên taybetî de hêzdar dike. Ev teknolojiya pêşkeftî wekî amûrek bihêz kar dike, profîlên derbirîna genan a tevlihev, avahiyên genan, û mekanîzmayên molekulî yên bi pêvajoyên biyolojîkî yên cihêreng ve girêdayî eşkere dike. Rêzkirina mRNA, ku bi berfirehî di lêkolînên bingehîn, teşhîsa klînîkî, û pêşkeftina dermanan de tê bikar anîn, têgihîştinê li ser tevliheviyên dînamîkên hucreyî û rêziknameya genetîkî pêşkêş dike.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Rêzkirina Dirêj a Bêkodkirinê-Illumina
RNAyên dirêj ên ne-kodker (lncRNA) ji 200 nukleotîdan dirêjtir in ku xwedî potansiyela kodkirinê ya herî kêm in û di nav RNAya ne-kodker de hêmanên girîng in. Ev RNA, ku di navik û sîtoplazmayê de têne dîtin, di rêziknameya epîgenetîk, transkrîpsiyon û piştî-transkrîpsiyonê de rolên girîng dilîzin, û girîngiya wan di şekildana pêvajoyên şaneyî û molekulî de destnîşan dikin. Rêzkirina LncRNA amûrek bihêz e di cûdakirina şaneyan, Ontogenezê û nexweşiyên Mirovan de.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Rêzkirina RNA-ya Biçûk-Illumina
RNAya biçûk komek ji molekulên RNAyê ye ku mîkroRNA (miRNA), RNAyên destwerdanê yên biçûk (siRNA), û RNAyên bi piwi re têkilîdar (piRNA) dihewîne. Di nav van de, miRNA, ku bi qasî 18-25 nukleotîd dirêj in, bi taybetî ji bo rolên xwe yên girîng ên rêkûpêk di pêvajoyên cûrbecûr ên hucreyî de têne zanîn. Bi şêwazên îfadeyê yên taybetî yên tevnê û qonaxê, miRNA di nav cureyên cûda de parastinek bilind nîşan didin.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina CircRNA-Illumina
Rêzkirina RNAya dorhêlî (circRNA-seq) RNAyên dorhêlî, ku komek molekulên RNA ne ku ji ber bûyerên splicing ên ne-kanonîk xelekên girtî çêdikin, profîl dike û analîz dike, û ji vê RNAyê re aramiya zêdetir peyda dike. Her çend hin circRNA wekî sifincên mîkroRNA tevdigerin, mîkroRNAyan vediqetînin û nahêlin ku ew mRNAyên hedef ên xwe rêk bixin, circRNAyên din dikarin bi proteînan re têkilî daynin, îfadeya genan modûl bikin, an jî di pêvajoyên hucreyî de rol bigirin. Analîza îfadeya circRNA têgihîştinê li ser rolên rêkûpêk ên van molekulan û girîngiya wan di pêvajoyên hucreyî yên cûrbecûr, qonaxên pêşkeftinê û şert û mercên nexweşiyê de peyda dike, û beşdarî têgihîştinek kûrtir a tevliheviya rêziknameya RNAyê di çarçoveya îfadeya genan de dibe.
Platform: Illumina Novaseq X
-
Rêzkirina Tevahiya Transkrîptomê - Illumina
Rêzkirina transkrîptomê ya Wole rêbazek berfireh pêşkêş dike ji bo profîlkirina molekulên RNA yên cihêreng, ku RNAyên kodker (mRNA) û ne-kodker (lncRNA, circRNA, û miRNA) vedihewîne. Ev teknîk tevahiya transkrîptomê ya şaneyên taybetî di demek diyarkirî de digire, û rê dide têgihîştinek holîstîk a pêvajoyên şaneyê.
Platformên berdest: Illumina Novaseq X
