Rêzkirina Parçeyên Zêdekirî yên Cihê Taybet (SLAF-Seq)
Herikîna Kar
Xizmet xwedî hin pêş-sêwirana di silico de ye da ku hilbijartina enzîmê ya çêtirîn di amadekirina pirtûkxaneyê de garantî bike.
Nexşeya Teknîkî
Taybetmendiyên Xizmetê
● Rêzkirin li ser NovaSeq bi PE150.
● Amadekirina pirtûkxaneyê bi barkodkirina ducarî, ku dihêle ku zêdetirî 1000 nimûne werin kom kirin.
● Serbixwe ji genoma referansê:
Bi genoma referansê: kifşkirina SNP û InDel
Bêyî genoma referansê: komkirina nimûneyan û kifşkirina SNP
● Didi-silico deQonaxa berî sêwirandinê, gelek kombînasyonên enzîmên sînorkirinê têne lêkolînkirin da ku yên ku belavbûnek yekreng a etîketên SLAF li seranserê genomê çêdikin werin dîtin.
● Di dema pêş-ceribandinê de, sê kombînasyonên enzîman di 3 nimûneyan de têne ceribandin da ku 9 pirtûkxaneyên SLAF werin çêkirin, û ev agahî ji bo hilbijartina kombînasyona enzîma sînorkirinê ya çêtirîn ji bo projeyê tê bikar anîn.
Avantajên Xizmetê
●Vedîtina Nîşankerên Genetîkî yên BilindEm sîstemeke barkodê ya ducarî ya bi berhemdariya bilind entegre dikin ku rê dide rêzkirina hevdem a nifûsên mezin, û zêdekirina cîhê taybetî bandorê zêde dike, û piştrast dike ku hejmarên etîketan hewcedariyên cihêreng ên pirsên lêkolînê yên cûrbecûr bicîh tînin.
● Girêdana Kêm li ser GenomêEw dikare li ser cureyên bi genoma referansê an bêyî wê were sepandin.
●Sêwirana Nerm a NermHeriskirina yek-enzîm, du-enzîm, pir-enzîm, û celebên cûrbecûr ên enzîman hemî dikarin werin hilbijartin da ku li gorî armancên lêkolînê an cureyên cûda bin.
● Karîgeriya Bilind di Heriskirina Enzîmatîk de: Rêvebirinadi-silico depêş-sêwirandin û pêş-ceribandin bi belavkirina wekhev a etîketên SLAF li ser kromozomê (1 etîketa SLAF/4Kb) û rêzkirina dubarekirî ya kêmkirî (<5%) sêwirana çêtirîn misoger dike.
●Pisporiya BerfirehEm gelek ezmûnê tînin her projeyekê, bi tomarên serkeftinê yên girtina zêdetirî 5000 projeyên SLAF-Seq li ser bi sedan cureyan, di nav de nebat, memik, çûk, kêzik û organîzmayên avî.
● Herikîna Kar a Biyoenformatîkî ya Xwe-PêşkeftîMe ji bo SLAF-Seq herikek xebatê ya biyoenformatîk a yekgirtî pêşxist da ku pêbawerî û rastbûna encama dawîn misoger bike.
Taybetmendiyên Xizmetê
| Cureyê analîzê | Pîvana nifûsê ya pêşniyarkirî | Stratejiya rêzkirinê | |
| Kûrahiya rêzkirina tagan | Hejmara etîketê | ||
| Nexşeyên Genetîkî | 2 dê û bav û zêdetirî 150 zarok | Dê û bav: 20x WGS Zêdebûn: 10 caran | Mezinahiya genoma: <400 Mb: WGS tê pêşniyarkirin <1Gb: 100K etîket 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K etîket Herî zêde 500 hezar etîket |
| Lêkolînên Komeleya Tevahiya Genomê (GWAS) | ≥200 nimûne | 10x | |
| Pêşveçûna Genetîkî | ≥30 nimûne, bi >10 nimûneyan ji her binkomê | 10x | |
Pêdiviyên Xizmetê
Têkelbûn ≥ 5 ng/µL
Tevahî mîqdar ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Jela Agarozê: hilweşîn an gemarîbûn tune ye an jî bi sînor e
Radestkirina Nimûneya Pêşniyarkirî
Konteyner: Lûleya santrifûjê ya 2 ml
(Ji bo piraniya nimûneyan, em pêşniyar dikin ku di etanolê de neyê parastin)
Etîketkirina Nimûneyan: Divê nimûne bi zelalî werin etîketkirin û bi forma agahdariya nimûneya pêşkêşkirî re wekhev bin.
Şandin: Qeşaya hişk: Pêwîst e nimûne pêşî di kîsikan de werin pak kirin û di nav qeşaya hişk de werin veşartin.
Herikîna Karê Xizmetê
Nimûneya QC
Ceribandina pîlot
SLAF-ceribandin
Amadekariya Pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza Daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Analîza me ya biyoenformatîkî ev tiştan pêk tîne:
QC û jêkirina daneyan ji bo rakirina xwendinên dewlemend bi N, xwendinên adaptorê, an xwendinên bi kalîteya nizm.
Kontroleke duyemîn a kalîteya xwendinên paqij ji bo kontrolkirina belavbûna bingehê, kalîteya rêzê û nirxandina daneyan, lê di heman demê de ji bo kontrolkirina karîgeriya helandinê û pêvekên bidestxistî jî.
Piştî ku xwendin hatin kontrol kirin, du vebijark hene:
- Nexşerêkirina li ser genoma referansê
- Bêyî genomek referansê: komkirin
Piştî wê, analîza etîketên SLAF tê bikar anîn da ku hin bangên guhertoyî bike da ku di kifşkirina nîşankeran de bibe alîkar: SNP, InDel, SNV, gazîkirina CV û anotasyon.
Belavbûna etîketên SLAF li ser kromozoman:
Belavbûna SNP-yan li ser kromozoman:
Têbînîkirina SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X û Shi C (2023) Nexşerêya QTL û analîza transkrîptomê ya naveroka şekir di dema gihîştina fêkiyan dePyrus pyrifolia.Pêş. Zanista Nebatan.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Nasîna st1 hilbijartinek nîşan dide ku di dema kedîkirina soyayê de morfolojiya tov û naveroka rûnê bi otostopê ve girêdayî ye.Kovara Biyoteknolojiya Nebatan, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.û yên dinRêzeya genom û cihêrengiya genetîkî ya masiyê qermiçî yê asayî,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.û yên dinGenomê fistiqên çandî têgihiştinekê li ser karyotîpên nîsk, pêşveçûna polîploîd û kedîkirina berheman peyda dike.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Sal | Rojname | IF | Nav | Serlêdan |
| 2022 | Ragihandina xwezayê | 17.694 | Bingeha genomîk a gîga-kromozoman û gîga-genoma peoniya daran Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fîtologê Nû | 7.433 | Şopên domandinê herêmên genomîk ên girîngiya agronomîk di fasûliyên soyayê | SLAF-GWAS |
| 2022 | Kovara Lêkolînên Pêşketî | 12.822 | Têkelkirinên sûnî yên Gossypium barbadense yên li seranserê genomê nav G. hirsutum cihên bilindtir ji bo başkirina hevdem a qalîteya û berhemdariya fîbera pembû eşkere dikin taybetmendî | SLAF-Genetîka Pêşketinî |
| 2019 | Nebata Molekulî | 10.81 | Analîza Genomîk a Gelheyê û Komkirina De Novo Eslê Weedy Eşkere Dike Rice wekî Lîstikek Pêşketinî | SLAF-Genetîka Pêşketinî |
| 2019 | Genetîka Xwezayê | 31.616 | Rêzeya genom û cihêrengiya genetîkî ya masiyê krapê asayî, Cyprinus carpio | Nexşeya Girêdana SLAF |
| 2014 | Genetîka Xwezayê | 25.455 | Genomê fistiqê çandî têgihiştinê li ser karyotîpên nîsk û polîploîd peyda dike. pêşveçûn û kişkirina çandiniyê. | Nexşeya Girêdana SLAF |
| 2022 | Kovara Biyoteknolojiya Nebatan | 9.803 | Nasîna ST1 hilbijartinek nîşan dide ku tê de morfolojiya tovê bi awayekî otostopî heye. û naveroka rûnê di dema çandina soyayê de | Pêşxistina SLAF-Nîşanker |
| 2022 | Kovara Navneteweyî ya Zanistên Molekulî | 6.208 | Nasname û Pêşxistina Nîşankera DNAyê ji bo Genim-Leymus mollis 2Ns (2D) Guhertina Kromozomê ya Disomî | Pêşxistina SLAF-Nîşanker |
| Sal | Rojname | IF | Nav | Serlêdan |
| 2023 | Sînorên di zanista nebatan de | 6.735 | Nexşeya QTL û analîza transkrîptomê ya naveroka şekir di dema gihîştina fêkiyên Pyrus pyrifolia de | Nexşeya Genetîkî |
| 2022 | Kovara Biyoteknolojiya Nebatan | 8.154 | Nasîna ST1 hilbijartinek nîşan dide ku di dema çandina soyayê de morfolojiya tov û naveroka rûnê bi otostopê ve girêdayî ye.
| Banga SNP |
| 2022 | Sînorên di zanista nebatan de | 6.623 | Nexşerêya Komeleya Tevahiya Genomê ya Fenotîpên Bêqalik ên Hema bêje di Jîngeha Hişkesaliyê de.
| GWAS |
