-
Rêzkirina mRNA ya tev-dirêj-Nanopore
Rêzkirina ARN-ê ji bo analîza transkrîptomê ya berfireh amûrek bêhempa ye.Bê guman, rêzikên kevneşopî yên kurt-xwendina li vir gelek pêşkeftinên girîng bi dest xistin.Digel vê yekê, ew bi gelemperî di nasnameyên îsoformê yên tev-dirêj, jimarekirin, biasiya PCR de bi tixûban re rû bi rû dimîne.
Rêzkirina nanoporê xwe ji platformên din ên rêzgirtinê vediqetîne, ji ber vê yekê ku nukleotîd rasterast bêyî senteza DNA têne xwendin û xwendina dirêj bi dehan kîlobazan çêdike.Ev hêz dide xwendina rasterast a ku ji transkrîptên tev-dirêj derbas dibe û di lêkolînên asta isoformê de kêşeyan çareser dike.
Rawesta axaftevan：Nanopore PromethION
Pirtûkxane:cDNA-PCR
-
Rêzkirina Transcriptome ya Tev-dirêj -PacBio
De novorêziknameya transkriptome ya tev-dirêj, ku jê re tê zanîn jîDe novoIso-Seq di dirêjahiya xwendinê de avantajên rêzkerê PacBio digire, ku rêzikandina molekulên cDNA-ya tev-dirêj bêyî ti şikestî dihêle.Ev bi tevahî ji xeletiyên ku di gavên berhevkirina transkriptê de têne hilberandin dûr disekine û bi çareseriya asta isoformê komên unigene ava dike.Ev komikên unigene di asta transkriptome de agahdariya genetîkî ya hêzdar wekî "genoma referansê" peyda dike.Digel vê yekê, bi danehevkirina rêzikên nifşê paşîn re hevber dike, ev karûbar pîvanek rast a îfadeya asta isoformê hêz dike.
Platform: PacBio Sequel IIPirtûkxane: Pirtûkxaneya zengila SMRT -
Rêzkirina mRNA ya Eukaryotî-Illumina
Rêzkirina mRNA rê dide profîla hemî mRNAyên ku di bin şert û mercên taybetî de ji hucreyan hatine transkript kirin.Ew teknolojiyek hêzdar e ku ji bo eşkerekirina profîla vegotina genê, strukturên genê û mekanîzmayên molekulî yên hin pêvajoyên biyolojîkî ye.Heya nuha, rêzgirtina mRNA bi berfirehî di lêkolîna bingehîn, tespîtkirina klînîkî, pêşkeftina dermanan, hwd de tê bikar anîn.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Rêzkirina mRNA-ya ne-referansê-Illumina
Rêzkirina mRNA teknîka rêzgirtinê ya nifşê din (NGS) dipejirîne da ku RNA-ya peyamber (mRNA) ji Eukaryote di heyamek taybetî de bigire ku hin fonksiyonên taybetî çalak dikin.Veguhastina herî dirêj a ku jê re tê gotin 'Unigene' bû û wekî rêzika referansê ji bo analîza paşîn hate bikar anîn, ku ev navgînek bi bandor e ji bo lêkolîna mekanîzmaya molekulî û tora rêziknameyê ya celebê bêyî referans.
Piştî kombûna daneya transkrîptomê û annotasyona fonksiyonel a yekbûyî
(1) Analîzkirina SNP, analîza SSR, pêşbîniya CDS û strukturên genê dê pêşde werin çêkirin.
(2) Di her nimûneyê de hêjmarkirina îfadeya yekgene dê were kirin.
(3) Di navbera nimûneyan (an koman) de yekjenên bi rengek cûda têne diyar kirin dê li ser bingeha îfadeya yekjenî bêne kifş kirin
(4) Kombûn, annotasyona fonksiyonel û analîza dewlemendkirina yekjenên cûda yên ku têne diyar kirin dê bêne kirin
-
Rêzkirina ne-kodkirina dirêj-Illumina
ARN-yên ne-kodkirî yên dirêj (lncRNA) celebek molekulên ARN-ê yên bi dirêjahiya 200 nt zêdetir in, ku ji hêla potansiyela kodkirina pir kêm ve têne diyar kirin.LncRNA, wekî endamek sereke di ARN-yên ne-kodker de, bi giranî di navok û plazmayê de tê dîtin.Pêşveçûn di teknolojiya rêzgirtinê û biyoinformtîkê de destnîşan dike ku gelek lncRNA-yên nû têne nas kirin û wan bi fonksiyonên biyolojîkî re têkildar dike.Delîlên berhevkirî destnîşan dikin ku lncRNA bi berfirehî di rêziknameya epigenetîk, rêziknameya veguheztinê û rêziknameya post-veguheztinê de têkildar e.
-
Rêzkirina RNA ya piçûk-Illumina
RNA-ya piçûk çînek molekulên ARN-ê yên ne-kodkirî vedibêje ku bi gelemperî dirêjahiya wan ji 200nt kêmtir e, di nav de RNA mîkro (miRNA), RNA-ya destwerdana piçûk (siRNA), û ARN-ya ku bi piwi-têkilî (piRNA) ve girêdayî ye.
MicroRNA (miRNA) çînek ARN-ya piçûk a endojen e ku dirêjahiya wê bi qasî 20-24nt e, ku di şaneyan de cîhêreng ên rêziknameyên girîng dilîze.miRNA di gelek pêvajoyên jiyanê de ku tevnek - taybetî û qonax - îfadeya taybetî vedibêje û di celebên cûda de pir têne parastin, beşdar dibe.
-
Rêzkirina circRNA-Illumina
Rêzkirina tevaya transkrîptomê ji bo profîlkirina hemî celeb molekulên RNA-yê, di nav de RNA-yên kodker (mRNA) û ne-kodker (di nav de lncRNA, circRNA û miRNA) ku di demek diyar de ji hêla şaneyên taybetî ve têne veguheztin, têne çêkirin.Rêzkirina tevaya transkrîptomê, ku wekî "rêveberkirina ARN-ya tevahî" jî tê zanîn, armanc dike ku di asta transkrîptomê de torên rêkûpêk ên berfireh eşkere bike.Bi sûdwergirtina ji teknolojiya NGS, rêzikên tevahî hilberên transkrîptomê ji bo analîza ceRNA û analîza RNA ya hevbeş peyda dibin, ku gava yekem berbi taybetmendiya fonksiyonel peyda dike.Aşkerekirina tora birêkûpêk a ceRNA-ya bingeha circRNA-miRNA-mRNA.
-
Rêzkirina tevaya transkrîptomê - Illumina
Rêzkirina tevaya transkrîptomê ji bo profîlkirina hemî celeb molekulên RNA-yê, di nav de RNA-yên kodker (mRNA) û ne-kodker (di nav de lncRNA, circRNA û miRNA) ku di demek diyar de ji hêla şaneyên taybetî ve têne veguheztin, têne çêkirin.Rêzkirina tevaya transkrîptomê, ku wekî "rêveberkirina ARN-ya tevahî" jî tê zanîn, armanc dike ku di asta transkrîptomê de torên rêkûpêk ên berfireh eşkere bike.Bi sûdwergirtina ji teknolojiya NGS, rêzikên tevahî hilberên transkrîptomê ji bo analîza ceRNA û analîza RNA ya hevbeş peyda dibin, ku gava yekem berbi taybetmendiya fonksiyonel peyda dike.Aşkerekirina tora birêkûpêk a ceRNA-ya bingeha circRNA-miRNA-mRNA.
-
Rêzkirina RNAya prokaryotî
Rêzkirina RNA ya prokaryotî rêziknameya nifşê din (NGS) bikar tîne da ku hebûna û mîqdara RNA di demek diyarkirî de, bi analîzkirina guheztina transkriptoma şaneyê eşkere bike.Rêzkirina RNA ya prokaryotî ya pargîdaniya me, bi taybetî prokaryotên bi genomên referansê re armanc dike, ji we re profîla transkrîptomê, analîza strukturên genê, hwd peyda dike. Ew bi berfirehî ji bo lêkolîna zanistiya bingehîn, lêkolîn û pêşkeftina dermanan, û hwd.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Rêzkirina Metatranscriptome
Rêzkirina metatranscriptome diyardeya genê ya mîkroban (hem eukaryot û prokaryotes) di nav hawîrdorên xwezayî de (ango ax, av, derya, fec û rûvî.) destnîşan dike. Bi taybetî, ev karûbar rê dide we ku hûn profîlên vegotina genê ya tevahî civakên mîkrobîkî yên tevlihev, analîza taksonomî bistînin. ji cureyan, analîza dewlemendkirina fonksiyonel a genên bi rengek cûda, û bêtir.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
