Rêzkirina bisulfîtê ya tevahiya genomê (WGBS)
Ev teknîk, ku li ser dermankirina DNAyê bi bisulfîtê hatiye avakirin da ku veguherîna sîtozînên nemetîlekirî bo uracil (C bo U) were teşwîqkirin, di heman demê de sîtozînên metîlekirî bêguherîn dihêle, wekî rêbaza standarda zêrîn ji bo lêkolîna kûr a metîlasyona DNAyê, bi taybetî pozîsyona pêncemîn di sîtozînê de (5-mC), ku rêkxerê sereke yê îfadeya genan û çalakiya hucreyî ye, radiweste.
Ev teknîk çareseriyek yek-bingehî pêşkêş dike, ku dihêle lêkolîner bi berfirehî methylome lêkolîn bikin û qalibên metîlasyonê yên anormal di nav nimûneyan de kifş bikin. Bi karanîna WGBS, zanyar dikarin têgihiştinên bêhempa li ser peyzajên metîlasyonê yên li seranserê genomê bi dest bixin, û têgihîştinek nuwaze ya mekanîzmayên epigenetîk ên ku bingeha pêvajoyên biyolojîkî û nexweşiyên cihêreng in peyda bikin.
Taybetmendiyên Xizmetê
● Rêzkirin li ser Illumina NovaSeq.
● Pêwîstî bi genomek referansê heye.
● Ji bo şopandina karîgeriya veguherîna bisulfîtê, DNAya Lambda tê zêdekirin.
Avantajên Xizmetê
●Standarda Zêrîn ji bo Lêkolîna Metîlasyona DNAyêEv teknolojiya gihîştî xwedî rastbûnek bilind û dubarekirinek baş e.
●Berfirehiya Berfireh û Çareseriya Yek-bingeh:Tesbîtkirina cihên methylasyonê di asta genom-tevahî de ye.
●Platforma Temam:Em ji pêvajoya nimûneyan bigire heya avakirina pirtûkxaneyê, rêzkirina rêzan bigire heya analîza biyoenformatîkê xizmetek yek-rawestî peyda dikin.
●Pisporiya BerfirehMe gelek projeyên berfireh li seranserê cûrbecûr cureyan temam kirine. BMKGENE zêdetirî deh sal ezmûn, tîmek analîzê ya pir jêhatî, naveroka berfireh û piştgiriya piştî firotanê ya hêja tîne.
●Îmkana tevlêbûna bi Analîza Transcriptomics re: Destûrê dide analîzkirina yekgirtî ya WGBS bi daneyên din ên omîk ên wekî RNA-seq.
Taybetmendiyên Nimûne
| Pirtûkxane | Stratejiya Rêzkirinê | Derana daneyên pêşniyarkirî | Kontrola kalîteyê |
| Bi bîsulfîtê hatiye dermankirin | Illumina PE150 | Kûrahiya 30x | Q30 ≥ 85% Veguherîna bisulfîtê > 99% |
Pêdiviyên Nimûneyê
| Têkelbûn (ng/µL) | Tevahî mîqdar (µg) | Pêdiviyên zêde | |
| DNAya genomîk | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Hilweşîn an gemarbûna bi sînor |
Herikîna Karê Xizmetê
Radestkirina nimûneyê
Derxistina DNAyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Radestkirina daneyan
Ev xizmet analîzên jêrîn pêk tîne:
● Kontrolkirina kalîteya rêzkirina xav;
● Nexşerêkirin bo genoma referansê;
● Tesbîtkirina bingehên metîlkirî yên 5mC;
● Analîzkirina belavbûna metîlasyonê û şîrovekirin;
● Analîza Herêmên Cûda yên Metîlkirî (DMR);
● Têbînîkirina fonksiyonel a genên ku bi DMR-an ve girêdayî ne.
Tesbîtkirina metîlasyonê ya 5mC: celebên cihên metîlkirî
Nexşeya metîlasyonê. Belavbûna metîlasyona 5mC li seranserê genomê
Têbînîkirina herêmên pir metîlkirî
Herêmên Cûda yên Metîlkirî: genên têkildar
Herêmên Cûda yên Metîlkirî: şîrovekirina genên têkildar (Ontolojiya Genan)
Bi rêya berhevokeke weşanên bijartî, pêşketinên lêkolînê yên ku ji hêla karûbarên rêzkirina bîsulfîtê ya tevahiya genomê ya BMKGene ve têne hêsankirin, vekolin.
Fan, Y. û yên din (2020) 'Analîzkirina profîlên metîlasyona DNAyê di dema pêşveçûna masûlkeyên îskeletî yên miyan de bi karanîna rêzkirina bisulfîtê ya tevahiya genomê',BMC Genomics, 21 (1), rûp 1–15. doi: 10.1186 / S12864-020-6751-5.
Zhao, X. û yên din (2022) 'Tehrîbeyên metîlasyona asîda deoksîrîbonukleîk ên nû di karkerên ku rastî klorîda vînîl tên de',Toksîkolojî û Tenduristiya Pîşesaziyê, 38(7), rûpel 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. û yên din (2020) 'Têkiliyên di navbera metîlasyona genomê, asta RNA-yên ne-kodker, mRNA û metabolîtan de di fêkiyên tomato yên gihîştî de',Kovara Nebatan, 103 (3), rûpel 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
