10x Genomics Visium мейкиндик транскриптому
Техникалык схема
Өзгөчөлүктөрү
● Чечилиши: 100 µM
● Тактын диаметри: 55 µM
● Орундардын саны: 4992
● Тартуу аянты: 6,5 x 6,5 мм
● Ар бир штрих-код менен белгиленген жерге 4 бөлүктөн турган праймерлер жүктөлөт:
- мРНКны праймингдөө жана кДНК синтези үчүн поли(dT) куйрук
- Күчөтүү катасын оңдоо үчүн уникалдуу молекулярдык идентификатор (UMI)
- Мейкиндик штрих-коду
- Жарым-жартылай окуу 1 секвенирлөө праймеринин байланыштыруу ырааттуулугу
● Кесилген жерлерди H&E менен боёо
Артыкчылыктары
●Бирдиктүү кызмат: криокасекциялоо, боёо, ткандарды оптималдаштыруу, мейкиндик штрих-коддоо, китепкананы даярдоо, секвенирлөө жана биоинформатиканы камтыган бардык тажрыйбага жана көндүмгө негизделген кадамдарды бириктирет.
● Жогорку квалификациялуу техникалык топ: адамдарды, чычкандарды, сүт эмүүчүлөрдү, балыктарды жана өсүмдүктөрдү кошо алганда, 250дөн ашык ткандардын түрлөрүн жана 100дөн ашык түрлөрүн изилдөө тажрыйбасы менен.
●Бүтүндөй долбоор боюнча реалдуу убакыт режиминде жаңыртуу: эксперименталдык прогрессти толук көзөмөлдөө менен.
●Комплекстүү стандарттуу биоинформатика:Пакетке 29 анализ жана 100дөн ашык жогорку сапаттагы көрсөткүчтөр кирет.
●Ыңгайлаштырылган маалыматтарды талдоо жана визуализациялоо: ар кандай изилдөө суроо-талаптары үчүн жеткиликтүү.
●Бир клеткалуу мРНК секвенирлөөсү менен кошумча муун анализи
Техникалык мүнөздөмөлөрү
| Үлгү талаптары | Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтар | Сапатты көзөмөлдөө |
| OCT камтылган крио үлгүлөрү (Оптималдуу диаметри: болжол менен 6x6x6 мм³) Ар бир үлгүгө 2 блок | 10X Visium кДНК китепканасы | Иллюминат PE150 | Ар бир жерге 50 миң PE окуусу (60 Гб) | RIN > 7 |
Үлгү даярдоо боюнча көрсөтмө жана тейлөө процесси жөнүндө көбүрөөк маалымат алуу үчүн, сураныч, биз менен сүйлөшүүдөн тартынбаңызBMKGENE боюнча эксперт
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү даярдоо этабында жогорку сапаттагы РНКны алууга мүмкүндүк берүү үчүн баштапкы көлөмдөгү РНКны бөлүп алуу сыноосу жүргүзүлөт. Ткандарды оптималдаштыруу этабында кесилиштер боёлуп, визуализацияланат жана ткандардан мРНКнын бөлүнүп чыгышы үчүн өткөрүмдүүлүк шарттары оптималдаштырылат. Андан кийин оптималдаштырылган протокол китепкананы куруу учурунда колдонулат, андан кийин секвенирлөө жана маалыматтарды талдоо жүргүзүлөт.
Толук тейлөө жумуш агымы долбоордун үзгүлтүксүз аткарылышын камсыз кылуу үчүн реалдуу убакыттагы жаңыртууларды жана кардарлардын ырастоолорун камтыйт, бул жооп берүүчү пикир циклин сактоого мүмкүндүк берет.
Төмөнкү анализди камтыйт:
Маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө:
o Маалыматтарды чыгаруу жана сапат упайларын бөлүштүрүү
o Ар бир жерге генди аныктоо
o Ткандарды жабуу
Ички үлгүнү талдоо:
o Гендин байлыгы
o Тактарды кластерлөө, анын ичинде өлчөмүн кичирейтилген талдоо
o Кластерлердин ортосундагы дифференциалдык экспрессияны талдоо: маркер гендерди аныктоо
o Маркер гендерин функционалдык аннотациялоо жана байытуу
Топтор аралык талдоо
o Эки үлгүдөн (мисалы, оорулуу жана контролдук) жана кайрадан топтолгон тактарды кайра айкалыштыруу
o Ар бир кластер үчүн маркер гендерди аныктоо
o Маркер гендерин функционалдык аннотациялоо жана байытуу
o Бир эле кластердин топтордун ортосундагы дифференциалдык экспрессиясы
Ички үлгүнү талдоо
Тактарды топтоо
Маркер гендерин аныктоо жана мейкиндикте бөлүштүрүү
Топтор аралык талдоо
Эки топтун жана кайра кластердин маалыматтарын айкалыштыруу
Жаңы кластерлердин маркер гендери
BMKGene компаниясынын 10X Visium тарабынан мейкиндик транскриптомика кызматы тарабынан ишке ашырылган жетишкендиктерди изилдеңиз. Бул басылмаларда:
Чен, Д. жана башкалар (2023) 'сүт эмүүчүлөрдүн адгезия GPCRлеринин потенциалдуу дрозофила гомологу mthl1 чымындарга сайылган онкогендик клеткаларга каршы шишикке каршы реакцияларга катышат',Америка Кошмо Штаттарынын Улуттук Илимдер Академиясынын эмгектери, 120(30), б. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Й. жана башкалар (2023) 'БОЛОТ мейкиндик-убакыттык транскриптомикалык маалыматтарды жогорку чечилиште аныктоого мүмкүндүк берет',Биоинформатика боюнча брифингдер, 24(2), 1–10-беттер. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. жана башкалар (2022) 'Орхидея гүлдөрүнүн өнүгүшүндөгү органогенездин мейкиндик-убакыт атласы',Нуклеин кислоталарын изилдөө, 50(17), 9724–9737-бб. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Ван, Дж. жана башкалар (2023) 'Мейкиндик транскриптомикасын жана бир ядролуу РНК секвенирлөөсүн интеграциялоо жатын лейомиомасынын потенциалдуу терапиялык стратегияларын ачып берет',Биологиялык илимдердин эл аралык журналы, 19(8), 2515–2530-бб. doi: 10.7150/IJBS.83510.
