Жогорку өткөрүмдүүлүктөгү секвенирлөө (ATAC-seq) менен транспозазага жеткиликтүү хроматин үчүн анализ
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
● Кызмат көрсөтүү ДНК менен белоктун өз ара аракеттенүүсүн сактоо үчүн алынган нуклеин кислоталарынын ордуна ткандардын үлгүлөрүн талап кылат.
● ATAC ыкмасы ткандардын диссоциациясын, андан кийин ядролорду бөлүп алууну, Tn5 менен дарылоону жана тазалоону, ПЦР амплификациясын, өлчөмдөрдү тандоону жана секвенирлөөнү камтыйт.
● Illumina NovaSeq программасында секвенирлөө
Кызматтын артыкчылыктары
●Жогорку сезгичтик:Китепкананы даярдоо жана ырааттуулукту сактоо үчүн баштапкы клетканын аз саны жетиштүү.
●Жогорку маалыматтуу ыкма: бир эле учурда ачык хроматиндин геномдук жайгашуусун жана транскрипция факторунун байланыш сайттары сыяктуу активдүү жөнгө салуучу элементтерди ачып берет.
●Жакшы эксперименталдык кайталануучулугу: техникалык кайталоолор эң сонун кайталануучулукту көрсөтөт.
●Кеңири экспертизаЖүздөгөн ATAC секвенирлөө долбоорлору ийгиликтүү аяктагандан кийин, BMKGENE он жылдан ашык тажрыйбага, жогорку квалификациялуу талдоо тобуна, ар тараптуу мазмунга жана эң сонун сатуудан кийинки колдоого ээ.
●Транскриптомика анализине кошулуу мүмкүнчүлүгү: ATAC seqди РНК-seq сыяктуу башка омика маалыматтары менен интеграцияланган талдоо жүргүзүүгө мүмкүндүк берет.
● Комплекстүү биоинформатикалык анализ: хроматиндин ачык аймактарын жана аларга тиешелүү функцияларды (промоторлор, UTлар, экзондор, интрондор) аныктоого гана эмес, ошондой эле үлгүлөрдүн арасындагы хроматиндин ачык аймактарынын ортосундагы айырмачылыктарды талдоого мүмкүндүк берет.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтарды чыгаруу | Сапатты көзөмөлдөө |
| ATAC-секвенциясы | Иллюминат PE150 | > 20 миллион окуу Геномдун көлөмүнө жараша (Адам: 50 миллион окуу) | Q30≥85% |
Үлгү талаптары
Үлгүлөрдүн түрү: Ткандар, тирүү же тоңдурулган клеткалар, кан
● Уюлдук телефондун номери: ≥ 106клеткалар
● Ткандын салмагы: ≥ 200 мг жаңы ткань
● Кан: ≥ 4 мл
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Эксперименттик дизайн
Үлгү жеткирүү
ДНКны бөлүп алуу
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкүлөрдү талдоону камтыйт:
● Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө;
● Маалымат геномуна карта түзүүгө негизделген чоку чалуу;
● Чоку жайгашкан жер боюнча гендин аннотациясы;
● Мотивдик анализ: транскрипция факторунун байланыш сайттарын (ТФБС) аныктоо;
● Дифференциалдык чокуларды талдоо жана аннотациялоо.
1. TSS жана ага жакын аймактардагы ATAC окууларынын бөлүштүрүлүшү боюнча жылуулук картасы (±3 кб)
2. Ачык хроматин аймагынын ар кандай геном компоненттеринде жайылышы
3. Топтордун ортосундагы дифференциалдык чоку чакыруусу
BMKGene компаниясынын ATAC секвенирлөө кызматтары тарабынан ишке ашырылган изилдөө жетишкендиктерин тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Фу, А.ж.б.(2023) 'Ачуу коондун (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) теломерден теломерге геномунун жыйындысы мөмөнүн өнүгүшүн, курамын жана бышып жетилишинин генетикалык мүнөздөмөлөрүн ачып берет',Бакчачылыкты изилдөө, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Гонг, Б.ж.б.(2023) «Глиомадагы онкоген катары FAM20C секретордук киназанын эпигенетикалык жана транскрипциялык активдешүүсү»,Генетика жана геномика журналы, 50(6), 422–433-бб. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ал, Й.ж.б.(2023) «Бутират c-Fos көз каранды xCT басууну индукциялоо менен жоон ичеги рагындагы ферроптозго туруктуулукту калыбына келтирет»,Кычкылдануу-калыбына келүү биологиясы, 65, б. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
