Чоң сегреганттык анализ
Кызматтын артыкчылыктары
Такаги ж.б., Өсүмдүк журналы, 2013-ж
● Так локализация: Фондук ызы-чууну азайтуу үчүн 30+30дан 200+200гө чейин массаларды аралаштыруу;синонимдик эмес мутанттарга негизделген талапкер аймакты болжолдоо.
● Комплекстүү талдоо: тереңдетилген талапкер ген функциясынын аннотациясы, анын ичинде NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG ж.б.
● Тезирээк айлануу убактысы: 45 жумушчу күндүн ичинде генди тез локалдаштыруу.
● Чоң тажрыйба: BMK өсүмдүктөрдүн, суу азыктарынын, токойлордун, гүлдөрдүн, мөмө-жемиштердин ж.
Кызмат спецификациялары
Калкы:
Ата-энелердин тукумун карама-каршы фенотиптерге бөлүү.
мисалы, F2 тукуму, Бэккроссинг (BC), Рекомбинантты инбреддик линия (RIL)
Аралаштыруу бассейни
Сапаттуу сапаттар үчүн: 30дан 50гө чейин (кеминде 20)/ жапырт
Сандык мүнөздөмөлөр үчүн: бүткүл популяциядагы экстремалдык фенотиптерге ээ болгон 5%дан 10%га чейинки индивиддер (минималдуу 30+30).
Сунушталган секвенирлөө тереңдиги
Кеминде 20X/ата-эне жана 1X/тукум индивидуалдуу (мисалы, 30+30 индивидуалдуу тукумдарды аралаштыруу бассейни үчүн, секвенирлөө тереңдиги бир массага 30X болот)
Биоинформатика анализи
● Бүтүндөй геномдун секвенциясы
● Маалыматтарды иштетүү
● SNP/Indel чалуу
● Талапкердин аймагын текшерүү
● Талапкердин ген функциясынын аннотациясы
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
| гДНК үлгүсү | Ткань үлгүсү |
| Концентрация: ≥30 нг/мкл | Өсүмдүктөр: 1-2 г |
| Суммасы: ≥2 мкг (Көлөм ≥15 мкл) | Жаныбарлар: 0,5-1 г |
| Тазалыгы: OD260/280= 1,6-2,5 | Толук кан: 1,5 мл |
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
РНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1.Талапкер аймакты аныктоо үчүн Евклиддик аралыкта (ED) ассоциация талдоо базасы.Төмөнкү сүрөттө
X огу: хромосома саны;Ар бир чекит SNPдин ED маанисин билдирет.Кара сызык орнотулган ED маанисине туура келет.Жогорку ED мааниси сайт менен фенотиптин ортосундагы олуттуу байланышты көрсөтөт.Кызыл сызык маанилүү бирикменин босогосун билдирет.
2.Association талдоо эч кандай SNP-индекс негизделген
X огу: хромосома саны;Ар бир чекит SNP индексинин маанисин билдирет.Кара сызык орнотулган SNP индексинин маанисин билдирет.Маани канчалык чоң болсо, бирикме ошончолук маанилүү болот.
BMK Case
Fnl7.1 негизги эффективдүү сандык өзгөчөлүк локусу бадыраңдагы жемиш мойнун узундугу менен байланышкан кеч эмбриогенездин мол протеинди коддойт.
Жарыяланган: Өсүмдүк биотехнологиясы журналы, 2020
Тартиптештирүү стратегиясы:
Ата-энелер (Jin5-508, YN): 34 × жана 20 × үчүн бүт геномдун секвенциясы.
ДНК бассейндери (50 Узун моюндуу жана 50 кыска моюндуу): 61× жана 52× үчүн секвенирлөө
Негизги жыйынтыктар
Бул изилдөөдө популяцияны бөлүү (F2 жана F2:3) Jin5-508 узун моюндуу бадыраң линиясын жана кыска моюндуу YN линиясын кесип өтүү аркылуу түзүлгөн.Эки ДНК бассейни 50 өтө узун моюндуу адамдар жана 50 өтө кыска моюн адамдар тарабынан курулган.Негизги эффект QTL Chr07де BSA анализи жана салттуу QTL картасы аркылуу аныкталган.Талапкер чөлкөм дагы майда-карта түзүү, ген экспрессиясын сандык аныктоо жана трансгендик эксперименттер аркылуу кыскартылган, бул мойнун узундугун көзөмөлдөөдө негизги генди ачып берген, CsFnl7.1.Мындан тышкары, CsFnl7.1 промоутер аймагындагы полиморфизм тиешелүү туюнтма менен байланыштуу экени аныкталган.Андан ары филогенетикалык талдоо Fnl7.1 локусу Индиядан келип чыгышы мүмкүн экенин көрсөттү.
 Бадыраң моюн узундугу менен байланышкан талапкер аймакты аныктоо үчүн BSA талдоо QTL-карталоо |  Chr07де аныкталган бадыраңдын мойнуна чейинки QTL профилдери |
Сю, X. жана башкалар."Fnl7.1 негизги эффективдүү сандык белги локусу бадыраңдагы жемиш мойнун узундугу менен байланышкан кеч эмбриогенездин көп протеинди коддойт."Өсүмдүк биотехнологиясы журналы 18.7(2020).
