CircRNA Sequencing-Illumina
Өзгөчөлүктөрү
● рРНКнын азайышы, андан кийин багыттуу китепкананы даярдоо, бул тизмекке мүнөздүү маалыматтарды секвенирлөөгө мүмкүндүк берет.
● Биоинформатикалык жумуш агымы циркРНКны алдын ала айтууга жана экспрессияны сандык жактан аныктоого мүмкүндүк берет.
Кызматтын артыкчылыктары
●Кеңири экспертизаБиз ар кандай үлгү түрлөрүн камтыган 20 000ден ашык үлгүлөрдү иштеттик, ар бир долбоорго тажрыйбабыздын байлыгын алып келебиз.
●Катуу сапатты көзөмөлдөөБиз үлгүлөрдү даярдоодон баштап, китепканага даярдоого, ырааттуулукту аныктоого жана биоинформатикага чейинки бардык этаптарда негизги көзөмөл пункттарын ишке ашырабыз. Биздин кылдат мониторингибиз дайыма жогорку сапаттагы натыйжаларды алууну камсыз кылат.
●Кененирээк РНК китепканалары:Китепканага чейинки даярдыкта биз сызыктуу РНКнын азайышынын ордуна рРНКнын азайышын колдонобуз, бул секвенирлөө маалыматтары циркРНКны гана эмес, мРНКны жана lncРНКны да камтышын камсыздайт, бул маалыматтар топтомун биргелешип талдоону камсыздайт.
●Атаандаштыкка жөндөмдүү эндогендик РНК (ceRNA) тармактарын кошумча талдооКлеткалык жөнгө салуу механизмдери жөнүндө тереңирээк түшүнүк берүү.
● Сатуудан кийинки колдооБиз катышуунун канчалык маанилүү экенин түшүнөбүз, ошондуктан биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктоодон тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Платформа | Сунушталган маалыматтар | Маалыматтардын сапатын көзөмөлдөөчү |
| рРНКнын азайып кеткен багыттуу китепканасы | Иллюминат PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
| Конц. (нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | Бүтүндүк |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гелде белоктун же ДНКнын булганышы чектелген же такыр жок экени көрсөтүлгөн. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; базалык бийиктиги чектелген же такыр жок |
● Өсүмдүктөр:
Тамыр, сабак же желекче: 450 мг
Жалбырак же урук: 300 мг
Мөмө-жемиш: 1,2 г
● Жаныбар:
Жүрөк же ичеги: 450 мг
Ички органдар же мээ: 240 мг
Булчуң: 600 мг
Сөөктөр, чач же тери: 1,5 г
● Муун буттуулар:
Курт-кумурскалар: 9 г
Рак сымалдары: 450 мг
● Кандын таза түрү:2 түтүк
● Уячалар: 106 клеткалар
● Кан сары суусу жана плазма: 6 мл
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү белгилөө: Топ+көчүрмө, мисалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жөнөтүү:
1. Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2. РНК-туруктуу түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНК-турукташтыруу түтүгүндө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтсө болот.
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Эксперименттик дизайн
Үлгү жеткирүү
РНКны бөлүп алуу
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Биоинформатика
- Маалыматтардын сапатын көзөмөлдөөчү
- Геномдун тегизделиши
- ЦиркРНКны идентификациялоо
- ЦиркРНК экспрессиясы
- Дифференциалдык экспрессияны талдоо
циркРНК божомолу: хромосомалык бөлүштүрүү
Дифференциалдык экспрессияланган циркРНКлар – Вулкандын графиги
Дифференциалдык экспрессияланган циркРНКлар – иерархиялык кластерлөө
ЦиркРНКнын кожоюн гендеринин функционалдык жактан байышы
BMKGene'нин circRNA секвенирлөө кызматтары тарабынан ишке ашырылган изилдөө жетишкендиктерин тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Ван, Х. жана башкалар (2021) 'CPSF4 боор клеткалык карциномасында циркРНКнын пайда болушун жана микроРНК аркылуу гендин үнсүздөнүшүн жөнгө салат',Онкоген2021 40:25, 40(25), 4338–4351-беттер. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Ся, К. жана башкалар (2023) 'X oo-жооп берүүчү транскриптом күрүчтөгү OARAB экспрессиясын жөнгө салуу менен ооруларга туруктуулуктагы тегерек RNA133түн ролун ачып берет',Фитопатологиялык изилдөө, 5(1), 1–14-беттер. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/СҮРӨТТӨР/6.
Y, H. жана башкалар. (2023) 'CPSF3 боордун рак оорусундагы тегерек жана сызыктуу транскрипттердин балансын модуляциялайт'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Чжан, Ю. жана башкалар (2023) 'Боорду трансплантациялоого чейин жана андан кийин цирроздук кардиомиопатиядагы циркРНКларды комплекстүү баалоо',Эл аралык иммунофармакология, 114, стр. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
