Толук метраждуу мРНК секвенирлөө -PacBio
Өзгөчөлүктөрү
● поли-А мРНКсынан кДНК синтези, андан кийин китепкана даярдоо
● CCS режиминде секвенирлөө, HiFi окууларын түзүү
● Толук метраждуу транскрипттердин ырааттуулугун аныктоо
● Анализ үчүн шилтеме геному талап кылынбайт; бирок, ал колдонулушу мүмкүн
● Биоинформатикалык анализ транскрипттердин изоформасын, lncRNAны, гендердин биригүүсүн, полиаденилдөөнү жана гендин түзүлүшүн талдоого мүмкүндүк берет
Кызматтын артыкчылыктары
●Жогорку тактыкHiFi тактыгы >99.9% (Q30) менен окуйт, NGS менен салыштырууга болот
● Альтернативдик сплайсинг анализи: бүтүндөй транскрипттерди ырааттуулук менен аныктоо изоформаларды аныктоого жана мүнөздөөгө мүмкүндүк берет
●Кеңири экспертиза1100дөн ашык PacBio толук метраждуу транскриптом долбоорлорун аяктоо жана 2300дөн ашык үлгүлөрдү иштетүү боюнча тажрыйбасы менен биздин команда ар бир долбоорго бай тажрыйба алып келет.
●Сатуудан кийинки колдоо: биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктагандан тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтар | Сапатты көзөмөлдөө |
| PolyA менен байытылган мРНК CCS китепканасы | PacBio уландысы II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
● Өсүмдүктөр:
Тамыр, сабак же желекче: 450 мг
Жалбырак же урук: 300 мг
Мөмө-жемиш: 1,2 г
● Жаныбар:
ЖҮРӨК же ИЧЕГИ: 300 мг
Ички органдар же мээ: 240 мг
Булчуң: 450 мг
Сөөктөр, чач же тери: 1 г
● Муун буттуулар:
Курт-кумурскалар: 6 г
Рак сымалдары: 300 мг
● Бүтүн кан: 1 түтүк
● Уячалар: 106 клеткалар
| Конц. (нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | Бүтүндүк |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гелде белоктун же ДНКнын булганышы чектелген же такыр жок экени көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥7.5; Жаныбарлар үчүн: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; базалык бийиктиги чектелген же такыр жок |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү белгилөө: Топ+көчүрмө, мисалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жөнөтүү:
1. Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2. РНК-туруктуу түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНК-турукташтыруу түтүгүндө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жеткирүүгө болот.
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Эксперименттик дизайн
Үлгү жеткирүү
РНКны бөлүп алуу
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
● Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
● Альтернативдүү полиаденилдөө анализи (APA)
● Биригүү транскриптин талдоо
● Альтернативдик сплайсинг анализи
● Универсалдуу бир нускалуу ортологдордун (BUSCO) бенчмаркингдик анализи
● Жаңы транскриптти талдоо: коддоо ырааттуулугун (CDS) алдын ала айтуу жана функционалдык аннотация
● lncRNA анализи: lncRNAны жана буталарды алдын ала айтуу
● МикроСателит идентификациясы (SSR)
BUSCO анализи
Альтернативдик сплайсинг анализи
Альтернативдик полиаденилдөө анализи (APA)
Роман транскрипцияларынын функционалдык аннотациясы
Бул басылмада BMKGene компаниясынын Nanopore толук метраждуу мРНК секвенирлөө кызматтары аркылуу жетишилген жетишкендиктерди карап чыгыңыз.
Ма, Й. жана башкалар. (2023) 'Немопилема Номурайдын уусун аныктоо үчүн PacBio жана ONT РНК секвенирлөө ыкмаларын салыштырмалуу талдоо', Genomics, 115(6), б. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Чао, К. жана башкалар (2019) 'Populus сабагынын транскриптомунун өнүгүү динамикасы', Өсүмдүктөрдүн биотехнологиясы журналы, 17(1), 206–219-беттер. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. жана башкалар (2022) 'Actinidia latifolia (аскорбатка бай мөмө өсүмдүгү) мөмөсүнүн өнүгүшү жана бышып жетилүү учурундагы аскорбин кислотасынын курамындагы динамикалык өзгөрүүлөр жана ага байланыштуу молекулярдык механизмдер', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, Х. жана башкалар (2022) 'Париж полифилласындагы биоактивдүү полифиллиндерге катышкан биосинтетикалык жол гендерин натыйжалуу алдын ала айтуу', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1–10-беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. жана башкалар. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) транскриптомунун жана цитохром P450 гендеринин PacBio Iso-Seq жана Illumina РНК-Seq айкалышкан анализи', Курт-кумурскалар, 14(4), б. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Лижун ж.б. (2019) 'Ricinus communisтеги рицинол кислотасынын биосинтезин жакшыраак түшүнүү үчүн PacBio бир молекулалуу реалдуу убакыттагы анализин Illumina РНК секвенирлөөсү менен айкалыштырган транскриптомдун татаалдыгын изилдөө', BMC Genomics, 20(1), 1–17-беттер. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
