Продукциялар

ДНК/РНК тизмеги - PacBio Sequencer

ДНК/РНК секвенциясы -PacBio Sequencer Featured Image

PacBio секвенирлөө платформасы - бул көптөн бери окулуучу секвенирлөө платформасы, ал Үчүнчү Муундагы Sequencing(TGS) технологияларынын бири катары да белгилүү.Негизги технология, бир молекулалык реалдуу убакыт (SMRT), узундугу ондогон кило-база менен окууларды жаратууга мүмкүнчүлүк берет."Синтез боюнча ырааттуулуктун" негизинде бир нуклеотиддик резолюция нөл режиминдеги толкун өткөргүч (ZMW) аркылуу жетишилет, мында түбүндө (молекула синтезинин жери) чектелген көлөм гана жарык кылынат.Мындан тышкары, SMRT ырааттуулугу NGS тутумундагы ырааттуулуктун өзгөчөлүгүн жокко чыгарат, анткени китепкананы куруу процессинде ПТР күчөтүү кадамдарынын көбү талап кылынбайт.

Платформа: уландысы II, Revio

Биз менен байланыш

Кызматтын чоо-жайы

Демо натыйжалары

Өзгөчөлүктөрү

PacBio секвенсеринде эки секвенирлөө режими: Үзгүлтүксүз узак окуу (CLR) жана Circular Consensus Read (CCS)

Секвенция режими

Китепкана өлчөмү

Теориялык маалыматтарТүшүмдүүлүк (ар бир клетка үчүн)

Жалгыз базалыкТактык

Тиркемелер

CLR

20Кб, 30Кб ж.б.

80 Гбдан 130 Гбга чейин

Болжол менен85%

De novo, SV чалуу, ж.б.

CCS

15-20 Kb

14 - 40 Гб/уяча (II уландысы)

70 – 110 Гб/уяча (Revio)

Үлгүлөргө жараша болот

Болжол менен99%

De novo, SNP/Indel/SV чалуу, Iso-Seq,

Revio жана Sequel IIнин аткаруусун жана өзгөчөлүктөрүн салыштыруу

Шарттары	Экинчи система	Revio системасы	Жогорулатуу
Жогорку тыгыздык	8 миллион ZMW	25 миллион ZMW	3x
Көз карандысыз этаптар	1	4	4x
Кыскараак иштөө убакыттары	30 саат	24 саат	1,25x
Жылына 30X HiFi адам геному	88	1300	1жалпысынан 5 эсе

Кызматтын артыкчылыктары

● 8 жылдан ашык PacBio секвенирлөө платформасында ар кандай түрдөгү миңдеген жабык долбоорлор менен тажрыйба.

● Толугу менен эң акыркы PacBio Sequencing платформалары менен жабдылган, Revio секвенирлөөнүн жетиштүү өтүмдүүлүгүн кепилдөө үчүн.

● Тезирээк кайтаруу убактысы, жогорку маалымат түшүмдүүлүгү жана так маалымат.

● PacBio негизиндеги жүздөгөн таасирдүү басылмаларга салым кошкон.

Үлгү талаптары

Үлгү түрү

Суммасы

Концентрация （Qubit®）

Көлөм

Тазалык

Башкалар

Геномдук ДНК

Маалыматтын талабына жараша

≥50 нг/мкл

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5；
260 нмде ачык чоку,булгануулар жок

Концентрацияны Qubit жана Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 менен өлчөө керек.

Жалпы РНК

≥1.2μg

≥120 нг/мкл

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5；булгануулар жок

RIN мааниси ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Кызматтын иш процесси

Үлгү даярдоо

Китепкананын курулушу

Секвенциялоо

Маалыматтарды талдоо

Долбоорду жеткирүү

Мурунку: OEM өндүрүүчүсү Mrna Sequencing Service - Узун коддолбогон секвенирлөө-Illumina - Biomarker

Кийинки: Illumina жана BGI

1.Үйдөгү маалыматтардын кирешелүүлүгү

63 CCS клеткасынан алынган маалыматтар (26 түрдөн)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	Орточо	Макс	Мин	Медиана
Киреше - кошумча окуулар (Гб)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS(Гб)	25.93	38.59	10.86	25.43
Полимераз N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Subreads N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Орточо узундук-Полимераз	67,995	89,379	49,664	66,433
Орточо узундук - Субреаддар	15,866	21,036	11,657	16,012
Орточо узундук-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

16 CLR клеткасынан алынган маалыматтар (76 түрдөн)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Орточо	Макс	Мин	Медиана
Киреше - кошумча окуулар (Гб)	142.20	291.40	50.55	142.49
Полимераз N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Subreads N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Орточо узундук-Полимераз	22,063	48,886	8,747	21,555
Орточо узундук - Субреаддар	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC – ДемоМаалыматтардын кирешелүүлүгү боюнча статистика

Үлгү	ccs Окуу саны	Жалпы ccs негиздери (bp)	ccs окуйт N50 (bp)	ccs Орточо узундук (bp)	ccs Эң узак окуу (bp)	кошумча окуулар Негиздер (bp)	ccs чен (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27