Толук узундуктагы мРНК секвенирлөө-Нанопор
Өзгөчөлүктөрү
● Поли-А мРНКсын кармоо, андан кийин кДНК синтези жана китепкана даярдоо
● Толук метраждуу транскрипттердин ырааттуулугун аныктоо
● Маалыматтык геномго шайкеш келтирүүгө негизделген биоинформатикалык анализ
● Биоинформатикалык анализ ген жана изоформа деңгээлиндеги экспрессияны гана эмес, ошондой эле lncRNAны, гендердин биригүүсүн, полиаденилдөөнү жана гендин түзүлүшүн анализдөөнү камтыйт.
Кызматтын артыкчылыктары
●Изоформа деңгээлиндеги экспрессияны сандык жактан аныктоо: ген экспрессиясын толугу менен анализдөөдө жашырылышы мүмкүн болгон өзгөрүүлөрдү ачып, деталдуу жана так экспрессия анализин жүргүзүүгө мүмкүндүк берет
●Маалыматтарга болгон талаптардын азайышы:Кийинки муундагы секвенирлөө (NGS) менен салыштырганда, нанопора секвенирлөөсү маалыматтарга төмөнкү талаптарды көрсөтөт, бул кичирээк маалыматтар менен ген экспрессиясынын сандык каныккандыгынын эквиваленттүү деңгээлдерине мүмкүндүк берет.
●Экспрессияны сандык жактан аныктоонун жогорку тактыгыген жана изоформа деңгээлинде
●Кошумча транскриптомдук маалыматты аныктооальтернативдүү полиаденилдөө, биригүү гендери жана lcnRNA жана алардын максаттуу гендери
●Кеңири экспертизаБиздин команда ар бир долбоорго бай тажрыйба алып келет, 850дөн ашык Nanopore толук метраждуу транскриптом долбоорлорун аяктап, 8000ден ашык үлгүлөрдү иштеткен.
●Сатуудан кийинки колдоо: биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктагандан тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтар | Сапатты көзөмөлдөө |
| Поли А менен байытылган | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Гб | Орточо сапаттык балл: Q10 |
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
| Конц. (нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | Бүтүндүк |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гелде белоктун же ДНКнын булганышы чектелген же такыр жок экени көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥7.0; Жаныбарлар үчүн: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; базалык бийиктиги чектелген же такыр жок |
● Өсүмдүктөр:
Тамыр, сабак же желекче: 450 мг
Жалбырак же урук: 300 мг
Мөмө-жемиш: 1,2 г
● Жаныбар:
ЖҮРӨК же ИЧЕГИ: 300 мг
Ички органдар же мээ: 240 мг
Булчуң: 450 мг
Сөөктөр, чач же тери: 1 г
● Муун буттуулар:
Курт-кумурскалар: 6 г
Рак сымалдары: 300 мг
● Бүтүн кан: 1 түтүк
● Уячалар: 106 клеткалар
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү белгилөө: Топ+көчүрмө, мисалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жөнөтүү:
1. Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2. РНК-туруктуу түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНК-турукташтыруу түтүгүндө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жеткирүүгө болот.
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Нуклеотиддер:
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Ткань:
Эксперименттик дизайн
Үлгү жеткирүү
РНКны бөлүп алуу
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
● Чийки маалыматтарды иштетүү
● Транскриптти аныктоо
● Альтернативдик сплайсинг
● Ген деңгээлинде жана изоформа деңгээлинде экспрессиянын сандык аныктамасы
● Дифференциалдык экспрессияны талдоо
● Функцияны аннотациялоо жана байытуу (DEG жана DET)
Альтернативдик сплайсинг анализи
Альтернативдик полиаденилдөө анализи (APA)
lncRNA божомолу
Жаңы гендердин аннотациясы
DETтерди кластерлөө
DEGдеги белок-белок тармактары
BMKGene компаниясынын Nanopore толук метраждуу мРНК секвенирлөө кызматтары аркылуу жетишилген жетишкендиктерди атайын тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Гонг, Б. жана башкалар (2023) 'Глиомадагы онкоген катары FAM20C секретордук киназанын эпигенетикалык жана транскрипциялык активдешүүсү', Genetics and Genomics журналы, 50(6), 422–433-беттер. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. жана башкалар (2023) 'IFN-γге жооп берген лимфоциттердин толук узундуктагы транскриптомдук секвенирлөөсү камбала балыгында (Paralichthys olivaceus) Th1 боюнча кыйшайган иммундук жоопту көрсөтөт', Fish & Mollyfish Immunology, 134, б. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ма, Й. жана башкалар. (2023) 'Немопилема Номурайдын уусун аныктоо үчүн PacBio жана ONT РНК секвенирлөө ыкмаларын салыштырмалуу талдоо', Genomics, 115(6), б. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ю, Д. жана башкалар (2023) 'Нано-секвенциялык анализ hUMSCден алынган экзосомалар менен микровесикулалар ортосундагы ар кандай функционалдык тенденцияны көрсөтөт', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), 1–13-беттер. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
