De novo Fungal геномунун Ассамблеясы
BMKGENE ар кандай изилдөө муктаждыктарын жана каалаган геномдун толуктугун канааттандыруу үчүн козу карындардын геномдору үчүн ар тараптуу чечимдерди сунуштайт. Кыска окуулуу Illumina секвенирлөөсүн колдонуу гана долбоордук геномду түзүүгө мүмкүндүк берет. Nanopore же Pacbio колдонуу менен кыска окуулуу жана узак окуулуу секвенирлөө узунураак контингенттери бар өркүндөтүлгөн козу карын геному үчүн айкалыштырылат. Андан тышкары, Hi-C секвенирлөөсүн интеграциялоо мүмкүнчүлүктөрдү андан ары жогорулатат, бул толук хромосома деңгээлиндеги геномго жетүүгө мүмкүндүк берет.
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
Геномдун толуктугунун каалаган даражасына жараша үч мүмкүн болгон варианттын ичинен тандоого болот:
● Геномдун долбоордук варианты: Illumina NovaSeq PE150 менен кыска окуу секвенирлөөсү.
● Грибоктун майда геномунун варианты:
Геномдук изилдөө: Illumina NovaSeq PE150.
Геномдун жыйындысы: PacBio Revio (HiFi окуйт) же Nanopore PromethION 48.
● Хромосома деңгээлиндеги грибоктук геном:
Геномдук изилдөө: Illumina NovaSeq PE150.
Геномдун жыйындысы: PacBio Revio (HiFi окуйт) же Nanopore PromethION 48.
Hi-C чогултуусу менен Contig анкерин бекитүү.
Кызматтын артыкчылыктары
●Бир нече секвенирлөө стратегиялары бар: Геномдун толуктугунун ар кандай изилдөө максаттары жана талаптары үчүн
●Толук биоинформатика жумуш агымы:Буга геномду чогултуу жана бир нече геномдук элементтерди алдын ала айтуу, гендин функционалдык аннотациясы жана контигдик бекитүү кирет.
●Кеңири экспертиза12 000ден ашык микробдук геномдор чогултулгандыктан, биз он жылдан ашык тажрыйбага, жогорку квалификациялуу анализ тобуна, ар тараптуу мазмунга жана сатуудан кийинки эң сонун колдоого ээбиз.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктоодон тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Кызмат | Ырааттуулук стратегиясы | Сапатты көзөмөлдөө |
| Геномдун долбоору | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Майда геном | Геномдук изилдөө: Illumina PE150 50 x Чогултуу: PacBio HiFi 30x же Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT бир клеткалуу) contig N50 ≥500kb (Башкалар) |
| Хромосома деңгээлиндеги геном | Геномдук изилдөө: Illumina PE150 50 x Чогултуу: PacBio HiFi 30x же Nanopore 100x Hi-C чогултуу 100x | Байланыштык бекитүү катышы>90%
|
Тейлөө талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы көлөмү (мкг) | Көлөмү (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| ПакБио | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Нанопора | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Иллюмина | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Бир клеткалуу козу карын: ≥3.5x1010 клеткалар
Макро Грибок: ≥10 г
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкүлөрдү талдоону камтыйт:
Геномдук изилдөө:
- Маалыматтардын сапатын көзөмөлдөөнү ырааттуулук менен жүргүзүү
- Геномду баалоо: өлчөмү, гетерозиготалуулугу, кайталануучу элементтер
Геномдун майда жыйындысы:
- Маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө ырааттуулугу
- ЖаңыданЖыйын
- Геномдун компоненттерин талдоо: CDS жана бир нече геномдук элементтерди божомолдоо
- Бир нече жалпы маалымат базалары (GO, KEGG ж.б.) жана кеңейтилген маалымат базалары (CARD, VFDB ж.б.) менен функционалдык аннотация.
Hi-C чогултуу:
- Жогорку сапаттагы китепкананы баалоо.
- Байланыштар, бекитүү, кластерлөө, иреттөө жана багыттоо
- HI-C жыйындысын баалоо: шилтеме геномуна жана жылуулук картасына негизделген
Геномду изилдөө: k-мердин бөлүштүрүлүшү
Геномдун жыйындысы: гендин гомологиялык аннотациясы (NR маалымат базасы)
Геномдун жыйындысы: функционалдык гендин аннотациясы (GO)
BMKGene компаниясынын грибоктук геномду чогултуу кызматтары аркылуу жетишилген жетишкендиктерди атайын тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Хао, Ж. жана башкалар (2023) 'Суу астында дарылык козу карын Inonotus obliquusтун интеграцияланган омика профилин түзүү',BMC Геномика, 24(1), 1–12-беттер. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Лу, Л. жана башкалар (2023) 'Геномдук ырааттуулук буудайдын курч көз тактарынын козгогучу Rhizoctonia cerealisin эволюциясын жана патогендик механизмдерин ачып берет',Өсүмдүк журналы, 11(2), 405–416-бб. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Чжан, Х. жана башкалар (2023) 'Ар кандай чөп чөптөрүндө долларлык тактарды пайда кылган төрт Клариди түрүнүн геномдук ресурстары',Өсүмдүк оорусу, 107(3), 929–934-беттер. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Чжан, С.С. жана башкалар (2023) 'Grifola frondosa жегенге жарамдуу козу карынындагы тетраполярдык жупташуу системасынын генетикалык жана молекулярдык далилдери',Козу карындар журналы, 9(10), 959-бет. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
