-
Өсүмдүк/жаныбар De novo геномунун тизилиши
De novoсеквенирлөө секвенирлөө технологияларын, мисалы, PacBio, Nanopore, NGS ж.б. колдонуу менен түрдүн бүт геномунун түзүлүшүн билдирет.Үчүнчү муундагы секвенирлөө технологияларынын окуу узундугунун укмуштуудай жакшырышы татаал геномдорду чогултууда жаңы мүмкүнчүлүктөрдү алып келди, мисалы, гетерозиготалуулугу жогору, кайталануучу аймактардын жогорку катышы, полиплоиддер ж.б. кайталануучу элементтерди, анормалдуу GC мазмуну бар аймактарды жана башка өтө татаал аймактарды чечүү.
Платформа: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C негизделген Геном Ассамблеясы
Hi-C - жакындыкка негизделген өз ара аракеттешүүнү жана жогорку өтүмдүүлүк секвенирлөөсүн айкалыштыруу аркылуу хромосома конфигурациясын алуу үчүн иштелип чыккан ыкма.Бул өз ара аракеттешүүлөрдүн интенсивдүүлүгү хромосомалардагы физикалык аралыкка терс таасирин тийгизет деп эсептелет.Ошондуктан, Hi-C маалыматтары чогулган ырааттуулуктарды геномдун долбоорунда топтоого, иретке келтирүүгө жана багыттоого жана аларды белгилүү сандагы хромосомаларга бекитүүгө жардам бере алат.Бул технология популяцияга негизделген генетикалык карта жок болгон учурда хромосома деңгээлиндеги геномду түзүүгө мүмкүнчүлүк берет.Ар бир геномго Hi-C керек.
Платформа: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Эволюциялык генетика
Эволюциялык генетика – бул SNPs, InDels, SVs жана CNVs сыяктуу генетикалык вариациялардын негизинде берилген материалдардын эволюциялык маалыматына толук чечмелөө берүү үчүн иштелип чыккан жыйылган секвенирлөө кызматы.Ал эволюциялык өзгөрүүлөрдү жана популяциялардын генетикалык өзгөчөлүктөрүн, мисалы, популяциянын структурасы, генетикалык көп түрдүүлүк, филогениялык мамилелер ж.б.б. сүрөттөө үчүн зарыл болгон бардык фундаменталдык анализди камтыйт. Ошондой эле гендердин агымы боюнча изилдөөлөрдү камтыйт, бул популяциянын эффективдүү санын, дивергенция убактысын баалоого мүмкүнчүлүк берет.
-
Салыштырмалуу геномика
Салыштырмалуу геномика түзмө-түз ар кандай түрлөрдүн толук геном тизмегин жана структураларын салыштырууну билдирет.Бул дисциплина түрлөрдүн эволюциясын, гендин функциясын, гендик жөнгө салуу механизмин геномдун деңгээлинде ар кандай түрлөр боюнча сакталган же дифференциацияланган ырааттуулук структураларын жана элементтерин аныктоого багытталган.Салыштырмалуу геномиканын типтүү изилдөөсү гендердин үй-бүлөсүндө, эволюциялык өнүгүүдө, бүт геномдун кайталанышында, тандалма басымда ж.б.
-
Чоң сегреганттык анализ
Көптөгөн сегреганттык анализ (BSA) фенотип менен байланышкан генетикалык маркерлерди тез аныктоо үчүн колдонулган ыкма.BSAнын негизги иш процесси өтө карама-каршы фенотиптери бар адамдардын эки тобун тандоону, ДНКнын эки негизги бөлүгүн түзүү үчүн бардык адамдардын ДНКсын бириктирүүнү, эки бассейндин ортосундагы дифференциалдык ырааттуулукту аныктоону камтыйт.Бул ыкма өсүмдүк/жаныбар геномдорундагы максаттуу гендер менен тыгыз байланышкан генетикалык маркерлерди аныктоодо кеңири колдонулат.
