Узун эмес коддолгон секвенирлөө-Illumina
Кызматтын артыкчылыктары
● Кызматтын артыкчылыктары
● Клетка жана кыртыштарга тиешелүү
● Конкреттүү этап динамикалык туюнтма өзгөрүүлөрүн билдирет жана көрсөтөт
● Убакытты жана мейкиндикти туюнтуунун так үлгүлөрү
● mRNA маалыматтары менен биргелешкен анализ.
● BMKCloud негизинде жыйынтык жеткирүү: платформада жеткиликтүү жекелештирилген маалыматтарды казып алуу.
● Долбоор аяктагандан кийин 3 айга жарактуу сатуудан кийинки кызматтар
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Платформа | Сунушталган маалыматтар | Маалымат QC |
| рРНКнын азайышы | Illumina PE150 | 10 Гб | Q30≥85% |
| Конц.(нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | актык |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥6,5; Жаныбарлар үчүн: RIN≥7,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; чектелген же негизги бийиктиги жок |
Нуклеотиддер:
Кыртыш: Салмагы (кургак): ≥1 г
*5 мг аз кыртыш үчүн, биз жарк-тоңдурулган (суюк азотто) кыртыш үлгүсүн жөнөтүүнү сунуштайбыз.
Клетка суспензиясы: Клеткалардын саны = 3×107
*Биз тоңдурулган клетка лизатын жөнөтүүнү сунуштайбыз.Бул клетка 5×10дон азыраак эсептелген учурда5, суюк азотто тоңдурулган флеш сунушталат.
Кан үлгүлөрү:
PA×geneBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол жана 2 мл кан (ТРИзол: Кан = 3: 1)
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү этикеткалоо: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Жөнөтүү:
1.Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2.RNAstable түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНК стабилдештирүү түтүкчөсүндө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтүүгө болот.
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
РНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Биоинформатика
1.LncRNA классификациясы
Жогорудагы төрт программа тарабынан болжолдонгон LncRNA 4 категорияга бөлүндү: lincRNA, анти-сезим-LncRNA, intronic-LncRNA;сезүү-LncRNA.LncRNA классификациясы төмөндөгү гистограммада көрсөтүлгөн.
LncRNA классификациясы
DE-lncRNA байытуу анализинин 2.Cis-максаттуу гендери
ClusterProfiler биологиялык процесстер, молекулярдык функциялар жана клеткалык компоненттер боюнча дифференциалдуу экспрессияланган lncRNAнын (DE-lncRNA) cis-максаттуу гендеринде GO байытуу анализинде колдонулган.GO байытуу анализи бүт геномго салыштырмалуу DEG багытталган олуттуу байытылган GO терминдерин аныктоо процесси.Байытылган терминдер төмөндө көрсөтүлгөндөй гистограммада, көбүк диаграммасында ж.б. берилген.
DE-lncRNA байытуу анализинин Cis-максаттуу гендери -Bubble диаграммасы
3. mRNA менен lncRNAнын узундугун, экзон санын, ORF жана экспрессия көлөмүн салыштырып, биз алардын ортосундагы структурадагы, ырааттуулуктагы жана башка айырмачылыктарды түшүнө алабыз, ошондой эле биз алдын ала айткан lncRNA романынын жалпы мүнөздөмөлөргө ылайык келер-келбесин текшере алабыз.
BMK Case
KRAS-G12D мутациясы жана P53 нокауту бар чычкандын өпкө аденокарциномаларында жөнгө салынбаган lncRNA экспрессия профили
Жарыяланган:Уюлдук жана молекулярдык медицина журналы,2019
Секвенирлөө стратегиясы
Illumina
Үлгү чогултуу
NONMMUT015812-кыйратуучу КП (shRNA-2) клеткалары жана терс контролдоочу (sh-Scr) клеткалары белгилүү бир вирустук инфекциянын 6-күнү алынган.
Негизги жыйынтыктар
Бул изилдөө P53 нокауту жана KrasG12D мутациясы менен чычкандын өпкө аденокарциномасында аберрантты экспрессияланган lncRNAларды изилдейт.
1.6424 lncRNAs дифференциалдуу түрдө көрсөтүлгөн (≥ 2 эсе өзгөрүү, P <0.05).
2. Бардык 210 lncRNAs(FC≥8) арасында 11 lncRNAs' экспрессиясы тиешелүүлүгүнө жараша P53, 33 lncRNAs KRAS жана 13 lncRNAs негизги КП клеткаларында гипоксия менен жөнгө салынган.
3.NONMMUT015812, чычкан өпкө adenocarcinoma укмуштуудай чейин жөнгө салынган жана терс P53 кайра билдирүү менен жөнгө салынды, анын уюлдук милдетин талдоо үчүн аныкталган.
4.NONMMUT015812 нын shRNAs тарабынан кулашы КП клеткаларынын пролиферациясын жана миграциялык жөндөмдүүлүктөрүн төмөндөттү.NONMMUT015812 потенциалдуу онкоген болгон.
 NONMMUT015812-нокдаун КП клеткаларындагы дифференциалдуу экспрессияланган гендердин KEGG жол анализи |  NONMMUT015812-нокдаун КП клеткаларындагы дифференциалдуу экспрессияланган гендердин ген онтологиясынын анализи |
Шилтеме
KRAS-G12D мутациясы жана P53 нокауту [J] менен чычкандын өпкө аденокарциномаларында жөнгө салынган lncRNA экспрессия профили.Уюлдук жана молекулярдык медицина журналы, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
