Метагеномикалык секвенирлөө-Нанопур
Кызматтын артыкчылыктары
ØЖогорку сапаттагы монтаждоо - түрлөрдү аныктоонун жана функциялык генди болжолдоонун тактыгын жогорулатуу
ØЖабык бактериялык геномду изоляциялоо
ØАр кандай чөйрөдө күчтүү жана ишенимдүү колдонуу, мисалы, патогендик микроорганизмдерди же антибиотиктерге туруктуулук менен байланышкан гендерди аныктоо
ØСалыштырмалуу метагеномдук анализ
Кызмат спецификациялары
| СеквенциялооПлатформа | Китепкана | Сунушталган маалымат кирешеси | Болжолдуу айлануу убактысы |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 күн |
Биоинформатика анализдери
üЧийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
üМетагеномдордун жыйындысы
üАртык эмес ген топтому жана аннотация
üТүрлөрдүн көп түрдүүлүгүн талдоо
üГенетикалык функциялардын көп түрдүүлүгүн талдоо
üТоп аралык талдоо
üЭксперименттик факторлорго каршы ассоциация анализи
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
үчүнДНК экстракттары:
| Үлгү түрү | Суммасы | Концентрация | Тазалык |
| ДНК экстракттары | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Экологиялык үлгүлөр үчүн:
| Үлгү түрү | Сунушталган үлгүлөрдү алуу процедурасы |
| Топурак | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Калган соолуп калган затты бетинен алып салуу керек;Чоң бөлүктөрүн майдалап, 2 мм фильтрден өткөрөт;Стерилдүү EP-түтүктөгү же резервациялоо үчүн киротүбдөгү аликвот үлгүлөрү. |
| заң | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн үлгүлөрдү чогултуу жана аликвот. |
| Ичеги мазмуну | Үлгүлөрдү асептикалык шартта иштетүү керек.PBS менен чогултулган кыртыштарды жуу;PBS центрифугасы жана EP-түтүкчөлөрдөгү чөктүргүчтү чогултуу. |
| Ылай | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн ылай үлгүсүн чогултуңуз жана аликвот алыңыз |
| Суу дене | Чектелген сандагы микробдук үлгү үчүн, мисалы, суу түтүгү, кудуктун суусу, ж.б., кеминде 1 л суу чогултуп, мембранадагы микробду байытуу үчүн 0,22 мкм чыпкадан өткөрүңүз.Мембрананы стерилдүү түтүктө сактаңыз. |
| Тери | Теринин бетин стерилденген кебез же хирургиялык бычак менен кылдат кырып, аны стерилдүү түтүккө салыңыз. |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градуска чейин узак мөөнөткө сактаңыз.кургак муз менен үлгү жеткирүү талап кылынат.
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1.Жылуулук картасы: Түрлөрдүн байлыгын топтоо
2. KEGG метаболизм жолдоруна аннотацияланган функциялык гендер
3.Түрлөрдүн корреляция тармагы
CARD антибиотикке туруктуулук гендердин 4.Circos
BMK Case
Nanopore metagenomics бактериялык төмөнкү дем алуу органдарынын инфекциясын тез клиникалык диагностикалоого мүмкүндүк берет
Жарыяланган:Жаратылыш биотехнологиясы, 2019
Техникалык өзгөчөлүктөр
Секвенция: Nanopore MinION
Клиникалык метагеномика биоинформатика: Хост ДНКсынын түгөнүп кетиши, WIMP жана ARMA анализи
Ыкчам аныктоо: 6 саат
Жогорку сезгичтик: 96,6%
Негизги жыйынтыктар
2006-жылы төмөнкү респиратордук инфекция (LR) дүйнө жүзү боюнча 3 миллион адамдын өлүмүнө алып келген.LR1 патогенин аныктоонун типтүү ыкмасы культивация болуп саналат, анын сезгичтиги начар, айлануу мөөнөтү узак жана антибиотиктерди эрте дарылоодо жетекчиликтин жоктугу.Тез жана так микробдук диагностика көптөн бери шашылыш муктаждык болуп келген.Чыгыш Англия университетинин доктору Джастин жана анын өнөктөштөрү патогенди аныктоо үчүн Нанопорага негизделген метагеномдук ыкманы ийгиликтүү иштеп чыгышты.Алардын иш процессине ылайык, кабыл алуучу ДНКнын 99,99% түгөнүп калышы мүмкүн.Патогендерди жана антибиотиктерге туруктуу гендерди аныктоо 6 саатта бүтүшү мүмкүн.
Шилтеме
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics бактериялык төмөнкү дем алуу органдарынын инфекциясын тез клиникалык диагностикалоого мүмкүндүк берет.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
