Метагеномикалык тизмектөө-Нанопур
Кызматтын артыкчылыктары
● Жогорку сапаттагы монтаж – Түрлөрдү аныктоонун жана функциялык генди болжолдоонун тактыгын жогорулатуу
● Жабык бактериялык геномду изоляциялоо
● Ар кандай чөйрөдө күчтүүрөөк жана ишенимдүү колдонуу, мисалы, патогендик микроорганизмдерди же антибиотиктерге туруктуулук менен байланышкан гендерди аныктоо
● Салыштырмалуу метагеномдук анализ
Кызмат спецификациялары
| Платформа | Секвенциялоо | Сунушталган маалыматтар | Айлануу убактысы |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 жумушчу күн |
Биоинформатика анализи
● чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
● Метагеном ассамблеясы
● Ашыкча эмес ген топтому жана аннотация
● Түрлөрдүн көп түрдүүлүгүн талдоо
● Генетикалык функциялардын көп түрдүүлүгүн талдоо
● Топтор аралык талдоо
● Эксперименттик факторлорго каршы ассоциациянын анализи
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
үчүнДНК экстракттары:
| Үлгү түрү | Суммасы | Концентрация | Тазалык |
| ДНК экстракттары | 1-1,5 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Экологиялык үлгүлөр үчүн:
| Үлгү түрү | Сунушталган үлгүлөрдү алуу процедурасы |
| Топурак | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Калган соолуп калган затты бетинен алып салуу керек;Чоң бөлүктөрүн майдалап, 2 мм фильтрден өткөрөт;Стерилдүү EP-түтүккө же циротүбгө резервациялоо үчүн үлгүлөр. |
| Feces | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн үлгүлөрдү чогултуңуз жана аликвот алыңыз. |
| Ичеги мазмуну | Үлгүлөрдү асептикалык шартта иштетүү керек.PBS менен чогултулган кыртыштарды жуу;PBS центрифугасы жана EP-түтүкчөлөрдөгү чөктүргүчтү чогултуу. |
| Ылай | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн ылай үлгүсүн чогултуңуз жана аликвот алыңыз |
| Суу дене | Чектелген сандагы микробдук үлгү үчүн, мисалы, түтүк суусу, кудуктун суусу, ж.б., кеминде 1 л суу чогултуп, мембранадагы микробду байытуу үчүн 0,22 мкм чыпкадан өткөрүңүз.Мембрананы стерилдүү түтүктө сактаңыз. |
| Тери | Теринин бетин стерилденген кебез же хирургиялык бычак менен кылдат кырып, стерилдүү түтүккө салыңыз. |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градуска чейин узак мөөнөткө сактаңыз.кургак муз менен үлгү жеткирүү талап кылынат.
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1.Жылуулук картасы: Түрлөрдүн байлыгын топтоо
2. KEGG метаболизм жолдоруна аннотацияланган функциялык гендер
3.Түрлөрдүн корреляция тармагы
CARD антибиотикке туруктуулук гендердин 4.Circos
BMK Case
Nanopore metagenomics бактериялык төмөнкү дем алуу органдарынын инфекциясынын тез клиникалык диагнозун берет
Жарыяланган:Жаратылыш биотехнологиясы, 2019
Техникалык өзгөчөлүктөр
Секвенция: Nanopore MinION
Клиникалык метагеномика биоинформатика: Хост ДНКсынын түгөнүп кетиши, WIMP жана ARMA анализи
Ыкчам аныктоо: 6 саат
Жогорку сезгичтик: 96,6%
Негизги жыйынтыктар
2006-жылы төмөнкү респиратордук инфекция (LR) дүйнө жүзү боюнча 3 миллион адамдын өлүмүнө алып келген.LR1 патогенин аныктоонун типтүү ыкмасы культивация болуп саналат, анын сезгичтиги начар, айлануу мезгили узак жана антибиотиктерди эрте дарылоодо жетекчиликтин жоктугу.Тез жана так микробдук диагностика көптөн бери шашылыш муктаждык болуп келген.Чыгыш Англия университетинен доктор Джастин жана анын өнөктөштөрү патогенди аныктоо үчүн Нанопорага негизделген метагеномдук методду ийгиликтүү иштеп чыгышты.Алардын иш процессине ылайык, кабыл алуучу ДНКнын 99,99% түгөнүп калышы мүмкүн.Патогендерди жана антибиотиктерге туруктуу гендерди аныктоо 6 саатта бүтүшү мүмкүн.
Шилтеме
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics бактериялык төмөнкү дем алуу органдарынын инфекциясынын тез клиникалык диагнозун берет.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
