Өсүмдүк/жаныбар De Novo геномунун тизилиши
Де НовоСеквенирлөө - бул түрдүн бүтүндөй геномун шилтеме геному жок болгон учурда секвенирлөө технологияларын колдонуу менен түзүү. Узунураак окууларды камтыган үчүнчү муундагы секвенирлөөнүн киргизилиши жана кеңири колдонулушу окуулардын ортосундагы кайталанууну көбөйтүү менен геномдун жыйындысын бир топ жакшыртты. Бул жакшыртуу, айрыкча, жогорку гетерозиготалуулукту, кайталануучу аймактардын жогорку катышын, полиплоиддерди жана кайталануучу элементтери бар, анормалдуу GC мазмуну же жогорку татаалдыгы бар аймактар сыяктуу татаал геномдор менен иштөөдө өзгөчө актуалдуу, алар көбүнчө кыска окуу секвенирлөөсүн колдонуу менен начар чогултулат.
Биздин бирдиктүү чечимибиз жогорку сапаттагы жаңы чогултулган геномду камсыз кылган интеграцияланган секвенирлөө кызматтарын жана биоинформатикалык анализди камсыз кылат. Illumina менен жүргүзүлгөн алгачкы геномдук изилдөө геномдун өлчөмүн жана татаалдыгын баалоону камсыз кылат жана бул маалымат PacBio HiFi менен узак окуу секвенирлөөнүн кийинки кадамын жетектөө үчүн колдонулат, андан кийинжаңыконтигдерди чогултуу. HiC чогултуусун андан ары колдонуу контигдерди геномго бекитүүгө мүмкүндүк берет, бул хромосома деңгээлиндеги чогултууну алат. Акырында, геном генди алдын ала айтуу жана экспрессияланган гендерди ырааттуулукка келтирүү, кыска жана узак окуулары бар транскриптомдорго кайрылуу менен белгиленет.
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
● Бирдиктүү чечимге бир нече секвенирлөө жана биоинформатикалык кызматтарды интеграциялоо:
Геномдун өлчөмүн баалоо жана андан аркы кадамдарды багыттоо үчүн Illumina менен геномду изилдөө;
Узак окуу ырааттуулугужаңытуташтыргычтарды чогултуу;
Хромосомаларды бекитүү үчүн Hi-C секвенирлөө;
гендерди аннотациялоо үчүн мРНК секвенирлөө;
Чогулуштун валидациясы.
● Кызыкчылык жараткан түрлөр үчүн жаңы геномдорду түзүүгө же бар болгон эталондук геномдорду жакшыртууга ылайыктуу кызмат.
Кызматтын артыкчылыктары
Секвенирлөө платформаларын жана биоинформатиканы иштеп чыгуужаңыгеномдун жыйындысы
(Амарасингхе С.Л. жана башкалар,Геномдун биологиясы, 2020)
●Кеңири экспертиза жана жарыялоо жазуусуBMKGene диплоиддик геномдорду жана полиплоиддик жана аллополиплоиддик түрлөрдүн өтө татаал геномдорун кошо алганда, ар кандай түрлөрдүн геномдорун жогорку сапатта чогултуу боюнча чоң тажрыйба топтогон. 2018-жылдан бери биз...300дөн ашык таасирдүү басылмалар, алардын 20дан ашыгы Nature Genetics журналында жарыяланган..
● Бирдиктүү чечимБиздин интеграцияланган ыкмабыз бир нече секвенирлөө технологияларын жана биоинформатикалык анализдерди бирдиктүү жумуш агымына айкалыштырып, жогорку сапаттагы чогултулган геномду камсыз кылат.
●Сиздин муктаждыктарыңызга ылайыкташтырылганБиздин кызматтын жумуш агымы ыңгайлаштырылуучу, бул ар кандай өзгөчөлүктөргө жана белгилүү бир изилдөө муктаждыктарына ээ геномдорго ылайыкташууга мүмкүндүк берет. Буга гиганттык геномдорду, полиплоиддик геномдорду, жогорку гетерозиготалуу геномдорду жана башкаларды жайгаштыруу кирет.
●Жогорку квалификациялуу биоинформатика жана лабораториялык топтатаал геномдук чогулуштардын эксперименталдык жана биоинформатикалык жаатында чоң тажрыйбага жана бир катар патенттерге жана программалык камсыздоонун автордук укуктарына ээ.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктоодон тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Геномдук изилдөө | Геномдун жыйындысы | Хромосома деңгээлинде | Геномдун аннотациясы |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi окуулары | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (милдеттүү эмес) Толук узундуктагы РНК-seq PacBio 40 Гб же Nanopore 12 Гб |
Кызмат көрсөтүү талаптары
Геномду изилдөө, геномду чогултуу жана жогорку деңгээлдеги чогултуу үчүн:
| Ткань же экстракцияланган нуклеин кислоталары | Геномдук изилдөө | PacBio менен геномду чогултуу | Hi-C чогултуу |
| Жаныбарлардын ички органдары | 0,5-1 г
| ≥ 3,5 г | ≥2 г |
| Жаныбардын булчуңу | ≥ 5 г | ||
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | 1,5 мл
| ≥ 5 мл | ≥2 мл |
| Канаттуулардын/Балыктардын каны | ≥ 0,5 мл | ||
| Өсүмдүк - жаңы жалбырак | 1-2 г | ≥ 5 г | ≥ 4 г |
| Өстүрүлгөн клеткалар |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Курт-кумурска | 0,5-1 г | ≥ 3 г | ≥ 2 г |
| Алынган ДНК | Концентрациясы: ≥1 нг/мкл Суммасы ≥ 30 нг Деградация же булгануу чектелген же такыр жок | Концентрациясы: ≥ 50 нг/мкл Көлөмү: 10 мкг/агым клеткасы/үлгү OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Деградация же булгануу чектелген же такыр жок |
-
|
Транскриптомика менен геномду аннотациялоо үчүн:
| Ткань же экстракцияланган нуклеин кислоталары | Иллюминанын транскрипциясы | PacBio транскриптому | Нанопора транскриптому |
| Өсүмдүк - тамыр/сабагы/жылма гүлчамбары | 450 мг | 600 мг | |
| Өсүмдүк – Жалбырак/Урук | 300 мг | 300 мг | |
| Өсүмдүк - Мөмө | 1,2 г | 1,2 г | |
| Жаныбардын жүрөгү/ичегиси | 300 мг | 300 мг | |
| Жаныбарлардын ички органдары/мээси | 240 мг | 240 мг | |
| Жаныбардын булчуңу | 450 мг | 450 мг | |
| Жаныбарлардын сөөктөрү/жүнү/териси | 1 г | 1 г | |
| Муун буттуу - курт-кумурска | 6 | 6 | |
| Муунак буттуулар - Рак сымалдуулар | 300 мг | 300 мг | |
| Бүтүн кан | 1 түтүк | 1 түтүк | |
| Алынган РНК | Концентрациясы: ≥ 20 нг/мкл Суммасы ≥ 0,3 мкг OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Концентрация: ≥ 100 нг/мкл Суммасы ≥ 0,75 мкг OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Концентрация: ≥ 100 нг/мкл Суммасы ≥ 0,75 мкг OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
(Көпчүлүк үлгүлөр үчүн этанолдо сактабоону сунуштайбыз.)
Үлгүлөрдү белгилөө: Үлгүлөр так белгиленип, берилген үлгү маалымат формасы менен бирдей болушу керек.
Жөнөтүү: Кургак муз: Үлгүлөрдү алгач баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
Жумуш агымы
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Эксперименттик дизайн
Үлгү жеткирүү
ДНКны бөлүп алуу
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Толук биоинформатикалык анализ, 4 кадамга бөлүнгөн:
1) NGS менен k-mer анализине негизделген геномдук изилдөө төмөнкүдөй окулат:
Геномдун өлчөмүн баалоо
Гетерозиготалуулукту баалоо
Кайталануучу аймактарды баалоо
2) PacBio HiFi менен геномду чогултуу:
Жаңыданчогултуу
Ассемблердик баалоо: геномдун толуктугун BUSCO анализин жана NGS жана PacBio HiFi окууларынын арткы бетин картага түшүрүүнү камтыйт
3) Hi-C чогултуу:
Hi-C китепканасынын сапатты көзөмөлдөөсү: жарактуу Hi-C өз ара аракеттенүүлөрүн баалоо
Hi-C чогултуу: топторго контигдерди топтоо, андан кийин ар бир топтун ичинде контигдик тартипти сактоо жана контигдик багытты дайындоо
Жогорку сапаттагы баалоо
4) Геномдун аннотациясы:
Коддолбогон РНКны алдын ала айтуу
Кайталануучу ырааттуулуктарды аныктоо (транспозондор жана тандем кайталоолору)
Гендерди алдын ала айтуу
§Жаңыдан: ab initio алгоритмдери
§ Гомологияга негизделген
§ Транскриптомго негизделген, узун жана кыска окуулар менен: окуулар төмөнкүлөр:жаңыдолбоордук геномго чогултулган же картага түшүрүлгөн
§ Бир нече маалымат базалары менен болжолдонгон гендердин аннотациясы
1) Геномдук изилдөө - k-mer анализи
2) Геномдун жыйындысы
2) Геномдун жыйындысы – PacBio HiFi долбоор жыйындысына картаны окуйт
2) Hi-C Ассамблеясы – Hi-C жарактуу өз ара аракеттешүү жуптарын баалоо
3) Жогорку сапаттагы чогултуудан кийинки баалоо
4) Геномдун аннотациясы – болжолдонгон гендердин интеграциясы
4) Геномдун аннотациясы – алдын ала айтылган гендердин аннотациясы
BMKGene компаниясынын de novo геном чогултуу кызматтары тарабынан ишке ашырылган жетишкендиктерди тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз:
Ли, К. жана башкалар (2021) 'Геномдун ырааттуулугу глобалдык таралуу жолдорун ачып берет жана деңиз аттарынын эволюциясындагы конвергенттик генетикалык адаптацияларды сунуштайт', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Ли, Й. жана башкалар. (2023) 'Ири масштабдуу хромосомалык өзгөрүүлөр гаялда (Bos frontalis) геном деңгээлиндеги экспрессиянын өзгөрүшүнө, айлана-чөйрөгө адаптацияланууга жана түрлөрдүн пайда болушуна алып келет', Молекулярдык биология жана эволюция, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. жана башкалар (2023) 'Кургакчылыкка туруктуу жүгөрүнүн белгилүү бир гермоплазмасынын геномдук жыйындысы жана генетикалык диссекциясы', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496–506-беттер. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae тукумундагы эки геномду талдоо аркылуу тропан алкалоиддеринин биосинтезинин эволюциясын ачуу', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1–18-беттер. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Татаал учурларды изилдөө:
Теломерден теломерге чейинки жыйынды:Фу, А. жана башкалар (2023) 'Ачуу коондун (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) теломерден теломерге геномунун жыйындысы мөмөнүн өнүгүшүн, курамын жана бышып жетилүүнүн генетикалык мүнөздөмөлөрүн ачып берет', Бакчачылыкты изилдөө, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Гаплотиптин жыйындысы:Ху, В. жана башкалар (2021) 'Аллель менен аныкталган геном кассава эволюциясы учурунда биаллельдик дифференциацияны ачып берет', Molecular Plant, 14(6), 851–854-беттер. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Гигант геномдун жыйындысы:Юань, Ж. жана башкалар (2022) 'Paeonia ostii дарак пионунун гига-хромосомаларынын жана гига-геномунун геномдук негиздери', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), 1–16-беттер. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Полиплоиддик геномдун жыйындысы:Zhang, Q. жана башкалар (2022) 'Saccharum spontaneum аттуу автополиплоиддик кант камышынын хромосомаларынын акыркы редукциясы боюнча геномдук түшүнүктөр', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), 885–896-беттер. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
