Өсүмдүк/жаныбар De Novo геномунун тизилиши
Кызматтын артыкчылыктары
секвенирлөө платформаларын жана биоинформатиканы өнүктүрүүde novoгеномдук жыйын
(Amarasinghe SL et al.,Геном биологиясы, 2020)
● Жаңы геномдорду түзүү жана кызыктырган түрлөр үчүн учурдагы шилтеме геномдорун жакшыртуу.
● Чогултууда жогорку тактык, үзгүлтүксүздүк жана толуктук
● Резервдик полиморфизм, QTL, генди редакциялоо, селекция ж.б. изилдөөлөр үчүн фундаменталдык ресурсту түзүү.
● Үчүнчү муундагы секвенирлөө платформаларынын толук спектри менен жабдылган: бирдиктүү геномду чогултуу чечими
● Ийкемдүү секвенирлөө жана чогултуу стратегиялары ар кандай өзгөчөлүктөргө ээ ар түрдүү геномдорду аткарат
● Татаал геномдук жыйындарда, анын ичинде полиплоиддерди, гигант геномдорду ж.
● 900дөн ашык аккумулятордук жарыяланган импакт-фактор менен 100дөн ашык ийгиликтүү учурлар
● Хромосома деңгээлиндеги геномду чогултуу үчүн 3 айга чейин тез айлануу убактысы.
● Эксперименталдык жана биоинформатика боюнча бир катар патенттер жана программалык камсыздоонун автордук укуктары менен катуу техникалык колдоо.
Кызмат спецификациялары
|
Мазмун
|
Платформа
|
Окуу узундугу
|
Камтуу
|
| Геном изилдөө
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Геномдун ырааттуулугу
| PacBio Revio
| 15 кб HiFi окуулары
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Иш агымы
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
| Түрлөр | Ткань | PacBio үчүн | Nanopore үчүн |
| Жаныбарлар | Висцералдык органдар (боор, көк боор ж. | ≥ 1,0 г | ≥ 3,5 г |
| Muscle | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г | |
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | ≥ 1,5 мл | ≥ 5,0 мл | |
| Балыктын же канаттуулардын каны | ≥ 0,2 мл | ≥ 0,5 мл | |
| Өсүмдүктөр | Жаңы жалбырактар | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г |
| Жапчагы же сабагы | ≥ 3,5 г | ≥ 10,0 г | |
| Тамыр же уруктар | ≥ 7,0 г | ≥ 20,0 г | |
| Клеткалар | Клетка маданияты | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Көпчүлүк үлгүлөр үчүн этанолдо сактабоо сунушталат.
Үлгүлөрдү белгилөө: Үлгүлөр так белгилениши жана берилген үлгү маалымат формасына окшош болушу керек.
Жеткирүү: Кургак муз: Үлгүлөрдү алгач баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
ДНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
*Бул жерде көрсөтүлгөн демо натыйжалардын бардыгы Biomarker Technologies менен жарыяланган геномдордон алынган
1.Хромосома деңгээлиндеги геномдун жыйындысы боюнча циркосG. rotundifoliumNanopore секвенирлөө платформасы тарабынан
Wang M et al.,Молекулярдык биология жана эволюция, 2021
2. Weining кара буудай геномунун жыйындысы жана аннотациясынын статистикасы
Ли Г жана башкалар,Жаратылыш генетикасы, 2021
3. ген божомолуSechium eduleгеном, үч болжолдоо ыкмаларынан алынган:De novoболжолдоо, Гомологияга негизделген болжолдоо жана РНК-Seq маалыматтарына негизделген болжолдоо
Фу А жана башкалар,Багбанчылык изилдөө, 2021
Үч пахта геномунда бузулбаган узун терминалдык кайталоолордун 4.Identification
Wang M et al.,Молекулярдык биология жана эволюция, 2021
5.Hi-C жылуулук картасыC. acuminataгеномдун кеңири өз ара аракеттенүүсүн көрсөткөн геном.Hi-C өз ара аракеттенишүүсүнүн интенсивдүүлүгү контигдердин ортосундагы сызыктуу аралыкка пропорционалдуу.Бул жылуулук картасындагы таза түз сызык хромосомадагы контигдердин абдан так анкерленгендигин көрсөтүп турат.(Contig анкердик катышы: 96,03%)
канг М жана башкалар,Жаратылыш байланыштары,2021
BMK Case
Жогорку сапаттагы геномдук жыйын кара буудайдын геномдук мүнөздөмөлөрүн жана агрономиялык жактан маанилүү гендерди баса белгилейт
Жарыяланган: Жаратылыш генетикасы, 2021
Тартиптештирүү стратегиясы:
Геном жыйындысы: 20 кб китепканасы бар PacBio CLR режими (497 Гб, болжол менен 63×)
Ырааттуулукту оңдоо: Illumina платформасында 270 бит ДНК китепканасы (430 Гб, болжол менен 54×) менен NGS
Contigs анкери: Illumina платформасында Hi-C китепканасы (560 Гб, болжол менен 71×)
Оптикалык карта: (779,55 Гб, болжол менен 99×) Bionano Irysте
Негизги жыйынтыктар
1.Weining кара буудай геномунун жыйындысы жалпы геномунун көлөмү 7,74 Гб (агымдын цитометриясы боюнча болжолдуу геномдун көлөмүнүн 98,74%) менен басылып чыкты.Бул жыйындын Scaffold N50 1,04 Гб жеткен.Контигдердин 93,67% 7 псевдо-хромосомага ийгиликтүү орнотулган.Бул ассамблея байланыш картасы, LAI жана BUSCO тарабынан бааланып, бардык баалоодо жогорку упайларга ээ болду.
2. Бул геномдун негизинде салыштырмалуу геномика, генетикалык байланыш картасы, транскриптомикалык изилдөөлөр боюнча кийинки изилдөөлөр жүргүзүлдү.Бир катар белгилерге байланыштуу геномдук өзгөчөлүктөр ачылды, анын ичинде геномдук гендин кайталанышы жана алардын крахмал биосинтезинин гендерине тийгизген таасири;татаал проламиндик локустун физикалык түзүлүшү, гендин экспрессиясынын өзгөчөлүктөрү жана кара буудайдагы болжолдуу үй чарбачылыгы менен байланышкан хромосомалык аймактар жана локустар.
 Weining кара буудай геномунун геномдук өзгөчөлүктөрү боюнча Circos диаграммасы |  Кара буудайдын геномунун эволюциялык жана хромосомалык синтениздик анализдери |
Ли, Г., Ван, Л., Янг, Дж.жана башкалар.Жогорку сапаттагы геномдук жыйын кара буудайдын геномдук мүнөздөмөлөрүн жана агрономиялык жактан маанилүү гендерди баса белгилейт.Нат Женет 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
