Өсүмдүктөрдүн/жаныбарлардын бүтүндөй геномунун ырааттуулугун аныктоо
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
Жаңыдан
Бул ыкма өзгөчө гетерозиготалуулуктун жогорку деңгээлине ээ, кайталануучу аймактарга, полиполоиддик геномдорго, анормалдуу CG курамына ээ болгон татаал геномдордо пайдалуу.
Биздин бирдиктүү чечимибиз жогорку сапаттагы жаңы чогултулган геномду камсыз кылган интеграцияланган секвенирлөө кызматтарын жана биоинформатикалык анализди камсыз кылат. Illumina менен жүргүзүлгөн алгачкы геномдук изилдөө геномдун өлчөмүн жана татаалдыгын баалоону камсыз кылат жана бул маалымат PacBio HiFi менен узак окуу секвенирлөөнүн кийинки кадамын жетектөө үчүн колдонулат, андан кийинжаңыконтигдерди чогултуу. HiC чогултуусун андан ары колдонуу контигдерди геномго бекитүүгө мүмкүндүк берет, бул хромосома деңгээлиндеги чогултууну алат. Акырында, геном генди алдын ала айтуу жана экспрессияланган гендерди ырааттуулукка келтирүү, кыска жана узак окуулары бар транскриптомдорго кайрылуу менен белгиленет.
-- Бирдиктүү чечимге бир нече секвенирлөө жана биоинформатикалык кызматтарды интеграциялооКурулуш романына ылайыктуу кызмат
-- кызыкчылык жараткан түрлөр үчүн геномдор же бар болгон эталондук геномдорду жакшыртуу.
Ресеквенирлөө
-- Китепкананы даярдоо стандарттуу же ПЦРсиз болушу мүмкүн
-- 4 секвенирлөө платформасында жеткиликтүү: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 же PacBio Revio.
-- SNP, InDel, SV жана CNV варианттарын чакырууга багытталган биоинформатикалык анализ
Кызматтын артыкчылыктары
●Кеңири экспертиза жана жарыялоо жазуусу: ҮчүнжаңыКызмат көрсөтүүлөр менен биз ар кандай түрлөрдүн, анын ичинде диплоиддик геномдордун жана полиплоиддик жана аллополиплоиддик түрлөрдүн өтө татаал геномдорунун жогорку сапаттагы геномдорун чогултуу боюнча чоң тажрыйба топтодук. 2018-жылдан бери биз 300дөн ашык таасирдүү басылмаларга салым коштук, алардын 20дан ашыгы Nature Genetics журналында жарыяланган. Геномду кайра секвенирлөөдө биз 1000ден ашык түрдү чогулттук, натыйжада 5000ден ашык жалпы таасир этүүчү фактору менен 1000ден ашык жарыяланган учурлар пайда болду.
●Бирдиктүү чечим: Күйүкжаңысеквенирлөө, биздин интеграцияланган ыкмабыз бир нече секвенирлөө технологияларын жана биоинформатикалык анализдерди бирдиктүү жумуш агымына айкалыштырып, жогорку сапаттагы чогултулган геномду камсыз кылат.
●Сиздин муктаждыктарыңызга ылайыкташтырылганБиздин кызматтын жумуш агымы ыңгайлаштырылуучу, бул ар кандай өзгөчөлүктөрү жана белгилүү бир изилдөө муктаждыктары бар геномдорго ылайыкташууга мүмкүндүк берет.
●Жогорку квалификациялуу биоинформатика жана лабораториялык топ: Бул үчүнбүжаңыырааттуулукту же кайра ырааттуулукту сактоо менен, биздин команда долбоордун ийгилигин кепилдөө үчүн тажрыйбалуу куралдар жана билим топтомуна ээ. Муну алар иштеп чыккан бир катар патенттер жана программалык камсыздоонун автордук укуктары менен тастыктаса болот.
● Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктоодон тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
●Комплекстүү биоинформатикалык анализВариацияны чакыруу жана функциянын аннотациясын камтыйт.
●Ырааттуулукту аныктоо үчүн комплекстүү аннотацияБиз аныкталган вариациялары бар гендерди функционалдык жактан аннотациялоо жана тиешелүү байытуу анализин жүргүзүү үчүн бир нече маалымат базаларын колдонобуз, бул сиздин изилдөө долбоорлоруңуз боюнча түшүнүк берет.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Аныкталышы керек болгон варианттар | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган тереңдик |
| SNP жана InDel | Illumina NovaSeq PE150 же MGI T7 | 10x |
| SV жана CNV (анча так эмес) | 30x | |
| SV жана CNV (такыраак) | Nanopore бүтүрүү кечеси P48 | 20x |
| SNPлер, Indels, SV жана CNV | PacBio Revio | 10x |
Үлгү талаптары
| Ткань же экстракцияланган нуклеин кислоталары | Иллюмина/MGI | Нанопора | ПакБио
| ||
| Жаныбарлардын ички органдары | 0,5-1 г | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
| Жаныбардын булчуңу | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | 1,5 мл | ≥ 0,5 мл
| ≥ 5 мл
| ||
| Канаттуулардын/Балыктардын каны | ≥ 0,1 мл
| ≥ 0,5 мл
| |||
| Өсүмдүк - жаңы жалбырак | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
| Өстүрүлгөн клеткалар |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Курт-кумурскалардын жумшак ткандары/жеке адам | 0,5-1 г | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
| Алынган ДНК
| Концентрациясы: ≥ 1 нг/мкл Суммасы: ≥ 30 нг Деградация же булгануу чектелген же такыр жок
| Концентрация Сумма
OD260/280
OD260/230
Деградация же булгануу чектелген же такыр жок
| ≥ 40 нг/мкл 4 мкг/агым клеткасы/үлгү
1.7-2.2
≥1.5 | Концентрация Сумма
OD260/280
OD260/230
Деградация же булгануу чектелген же такыр жок | ≥ 50 нг/мкл 10 мкг/агым клеткасы/үлгү
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| ПЦРсиз китепкананы даярдоо: Концентрациясы≥ 40 нг/мкл Сумма≥ 500 нг | |||||
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү жеткирүү
ДНКны бөлүп алуу
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Маалыматтарды жеткирүү
Жаңыданбиоинформатика түтүгү
Эгерде сиз биздин чогултуу үчүн ар кандай түтүктөрүбүздүн жалпы көрүнүшүн көргүңүз келсе:
Толук биоинформатикалык анализ, 4 кадамга бөлүнгөн:
1. NGS көрсөткүчтөрү менен k-mer анализине негизделген геномдук изилдөө.Ал бизге төмөнкүлөр жөнүндө маалымат берет:
- Геномдун өлчөмүн баалоо
- Гетерозиготалуулукту баалоо
- Кайталануучу аймактарды баалоо
2. PacBio HiFi менен геномду чогултуу.Узун окууларды колдонуу бизге төмөнкүлөрдү берет:
- Жаңыданчогултуу
- Ассемблердик баалоо: геномдун толуктугун BUSCO анализин жана NGS жана PacBio HiFi окууларынын арткы бетин картага түшүрүүнү камтыйт
3. Hi-C чогултуусу.Бизде чогултуу болгондон кийин, геномдун 3D түзүлүшү жөнүндө маалыматка ээ болуу биз куруп жаткан шилтеме геномду тереңдетип, байытат.
- Жарактуу Hi-C өз ара аракеттенүүлөрүн баалоо үчүн Hi-C китепканасынын QC функциясы.
- Hi-C чогултуу. Биз топторго контигдерди топтоп, андан кийин ар бир топтун ичинде контигдерди иретке келтирип, контиг багытын дайындайбыз.
- Жогорку сапаттагы баалоо
4. Геномдун аннотациясы:
- Коддолбогон РНКны алдын ала айтуу
- Кайталануучу ырааттуулуктарды аныктоо (транспозондор жана тандем кайталоолору)
- Гендерди алдын ала айтуу
- Жаңыдан: ab initio алгоритмдери
- Гомологияга негизделген
- Транскриптомго негизделген, узун жана кыска окуулар менен: окуулар төмөнкүлөр:жаңыдолбоордук геномго чогултулган же картага түшүрүлгөн
- Бир нече маалымат базалары менен болжолдонгон гендердин аннотациясы
Кайра ырааттуулукбиоинформатика түтүгү
Төмөнкү анализди камтыйт:
- Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
- Шилтеме геномуна тегиздөө статистикасы
- Вариантты аныктоо: SNP, InDel, SV жана CNV
- Варианттардын функционалдык аннотациясы
Шилтеме геномуна тегиздөө статистикасы – секвенирлөө тереңдигинин бөлүштүрүлүшү
Бир нече үлгүлөрдүн арасында SNP чалуу
InDel идентификациясы – CDS аймагындагы жана геном боюнча аймактагы InDel узундугунун статистикасы
Геном боюнча варианттардын таралышы – Циркос графиги
Аныкталган варианттары бар гендердин функционалдык аннотациясы – Ген онтологиясы
Чай, К. жана башкалар (2023) 'Глутатион S-трансфераза GhTT19 пахтада антоцианиндин топтолушун жөнгө салуу аркылуу гүлдүн желекчесинин пигментациясын аныктайт',Өсүмдүктөр биотехнологиясы журналы, 21(2), б. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Ченг, Х. жана башкалар (2023) 'Хромосома деңгээлиндеги жапайы Hevea brasiliensis геному геномдук жардам менен көбөйтүү үчүн жаңы куралдарды жана каучук түшүмүн жогорулатуу үчүн баалуу локустарды камсыз кылат',Өсүмдүктөр биотехнологиясы журналы, 21(5), 1058–1072-беттер. doi: 10.1111/PBI.14018.
Ли, К. жана башкалар (2021) «Геномдун ырааттуулугу глобалдык таралуу жолдорун ачып берет жана деңиз аттарынын эволюциясындагы конвергенттик генетикалык адаптацияларды сунуштайт»,Жаратылыш коммуникациялары, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Ли, Й. жана башкалар (2023) 'Ири масштабдуу хромосомалык өзгөрүүлөр гаялда (Bos frontalis) геном деңгээлиндеги экспрессиянын өзгөрүшүнө, айлана-чөйрөгө адаптацияланууга жана түрлөрдүн пайда болушуна алып келет',Молекулярдык биология жана эволюция, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Тянь, Т. жана башкалар (2023) 'Кургакчылыкка туруктуу жүгөрүнүн гермоплазмасынын геномдук жыйындысы жана генетикалык анализи',Жаратылыш генетикасы 202355:3, 55(3), 496–506-бб. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Чжан, Ф. жана башкалар (2023) 'Solanaceae тукумундагы эки геномду талдоо аркылуу тропан алкалоиддеринин биосинтезинин эволюциясын ачуу',Жаратылыш коммуникациялары2023 14:1, 14(1), 1–18-беттер. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Зенг, Т. жана башкалар (2022) 'Кытайдын жергиликтүү тоокторунун геномунун жана метилденүүсүнүн убакыттын өтүшү менен өзгөрүшүн талдоо түрлөрдү сактоо жөнүндө түшүнүк берет',Байланыш биологиясы, 5(1), 1–12-беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Татаал учурларды изилдөө:
Теломерден теломерге чейинки жыйынды:Фу, А. жана башкалар (2023) 'Ачуу коондун (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) теломерден теломерге геномунун жыйындысы мөмөнүн өнүгүшүн, курамын жана бышып жетилишинин генетикалык мүнөздөмөлөрүн ачып берет',Бакчачылыкты изилдөө, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Гаплотиптин жыйындысы:Ху, В. жана башкалар (2021) 'Аллель менен аныкталган геном кассава эволюциясы учурунда биаллельдик дифференциацияны ачып берет',Молекулярдык өсүмдүк, 14(6), 851–854-бб. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Гигант геномдун жыйындысы:Юань, Ж. жана башкалар (2022) 'Paeonia ostii дарак пионунун гига-хромосомаларынын жана гига-геномунун геномдук негиздери',Жаратылыш коммуникациялары2022 13:1, 13(1), 1–16-беттер. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Полиплоиддик геномдун жыйындысы:Чжан, К. жана башкалар (2022) 'Саччарум спонтанумундай автополиплоиддик кант камышынын хромосомаларынын акыркы редукциясы боюнча геномдук түшүнүктөр',Жаратылыш генетикасы 202254:6, 54(6), 885–896-бб. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
