-
Жогорку-С негизиндеги хроматин өз ара аракеттешүүсү
Hi-C - бул жакындыкка негизделген өз ара аракеттенүүлөрдү жана жогорку өндүрүмдүүлүктөгү секвенирлөөнү айкалыштыруу менен геномдук конфигурацияны аныктоо үчүн иштелип чыккан ыкма. Бул ыкма хроматиндин формальдегид менен кайчылаш байланышына, андан кийин коваленттик байланышта болгон фрагменттер гана лигация продуктуларын пайда кыла тургандай кылып сиңирүүгө жана кайра лигациялоого негизделген. Бул лигация продуктуларын секвенирлөө менен геномдун 3D уюмун изилдөөгө болот. Hi-C геномдун жеңил тыгыздалган (А бөлүмдөрү, эвроматин) жана транскрипциялык жактан активдүү болушу ыктымалдуураак бөлүктөрүнүн жана тыгызыраак тыгыздалган аймактарынын (В бөлүмдөрү, Гетерохроматин) таралышын изилдөөгө мүмкүндүк берет. Hi-C ошондой эле Топологиялык жактан байланышкан домендер (ТАД), геномдун бүктөлгөн түзүлүштөргө ээ жана окшош экспрессия үлгүлөрүнө ээ болушу мүмкүн болгон аймактарын аныктоо жана белоктор менен бириктирилген жана көбүнчө жөнгө салуучу элементтерге бай ДНК аймактарын, хроматин илмектерин аныктоо үчүн колдонулушу мүмкүн. BMKGene компаниясынын Hi-C секвенирлөө кызматы изилдөөчүлөргө геномиканын мейкиндик өлчөмдөрүн изилдөөгө мүмкүнчүлүк берип, геномдун жөнгө салынышын жана анын ден соолукка жана ооруларга тийгизген таасирин түшүнүү үчүн жаңы жолдорду ачат.
-
Хроматиндин иммунопреципитациясын ырааттуулукка келтирүү (ChIP-seq)
Хроматиндик иммунопреципитация (CHIP) - бул антителолорду ДНК менен байланыштыруучу белокторду жана аларга тиешелүү геномдук буталарды тандап байытуу үчүн колдонгон ыкма. Анын NGS менен интеграциясы гистонду модификациялоо, транскрипция факторлору жана башка ДНК менен байланыштыруучу белоктор менен байланышкан ДНК буталарынын геном боюнча профилин түзүүгө мүмкүндүк берет. Бул динамикалык ыкма ар кандай клетка түрлөрү, ткандар же шарттар боюнча байланыш жерлерин салыштырууга мүмкүндүк берет. ChIP-Seqтин колдонулушу транскрипциялык жөнгө салууну жана өнүгүү жолдорун изилдөөдөн баштап, оору механизмдерин аныктоого чейин камтыйт, бул аны геномдук жөнгө салуу ландшафттарын түшүнүү жана терапиялык түшүнүктөрдү өркүндөтүү үчүн алмаштыргыс куралга айлантат.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Бүтүндөй геномдун бисульфиттик секвенирлөөсү (WGBS)
Бул ыкма метилденбеген цитозиндерди урацилге (Cден Uга) айландырууну стимулдаштыруу үчүн ДНКны бисульфит менен иштетүүгө негизделген, ошол эле учурда метилденген цитозиндерди өзгөрүүсүз калтырып, ДНКнын метилденүүсүн, атап айтканда, цитозиндеги бешинчи позицияны (5-мК), ген экспрессиясынын жана клеткалык активдүүлүктүн негизги жөнгө салуучусун терең изилдөө үчүн алтын стандарттуу методология болуп саналат.
Бул ыкма бир базалык чечилишти камсыз кылат, бул изилдөөчүлөргө метиломду комплекстүү изилдөөгө жана үлгүлөрдөгү анормалдуу метилдөө үлгүлөрүн аныктоого мүмкүндүк берет. WGBSти колдонуу менен окумуштуулар геномдун кеңири метилдөө ландшафттары жөнүндө теңдешсиз түшүнүктөргө ээ болуп, ар кандай биологиялык процесстердин жана оорулардын негизинде жаткан эпигенетикалык механизмдерди кылдат түшүнүүгө мүмкүндүк берет.
-
Жогорку өткөрүмдүүлүктөгү секвенирлөө (ATAC-seq) менен транспозазага жеткиликтүү хроматин үчүн анализ
ATAC-seq – бул геном боюнча хроматиндин жеткиликтүүлүгүн талдоо үчүн колдонулган жогорку өндүрүмдүүлүктөгү секвенирлөө ыкмасы. Анын колдонулушу ген экспрессиясын глобалдык эпигенетикалык көзөмөлдөөнүн татаал механизмдерин тереңирээк түшүнүүгө мүмкүндүк берет. Бул ыкма секвенирлөө адаптерлерин киргизүү менен ачык хроматин аймактарын бир эле учурда фрагменттөө жана белгилөө үчүн гиперактивдүү Tn5 транспозазасын колдонот. Кийинки ПЦР амплификациясы секвенирлөө китепканасын түзүүгө алып келет, бул белгилүү бир мейкиндик-убакыт шарттарында ачык хроматин аймактарын комплекстүү аныктоого мүмкүндүк берет. ATAC-seq транскрипция факторунун байланыштыруучу жерлерине же гистон менен модификацияланган белгилүү бир аймактарга гана багытталган ыкмалардан айырмаланып, жеткиликтүү хроматин ландшафттарынын комплекстүү көрүнүшүн камсыз кылат. Бул ачык хроматин аймактарын секвенирлөө менен, ATAC-seq активдүү жөнгө салуучу ырааттуулуктарга жана потенциалдуу транскрипция факторунун байланыштыруучу жерлерине көбүрөөк ыктымалдуу аймактарды ачып, геном боюнча ген экспрессиясынын динамикалык модуляциясы жөнүндө баалуу түшүнүктөрдү берет.
-
Азайтылган көрсөтүлүүчү бисульфиттик ырааттуулук (RRBS)
Азайтылган көрсөтүлүүчү бисульфиттик секвенирлөө (RRBS) CpG аралдарына бай аймактарды MspI бөлүнүшү менен байытууга, андан кийин 200-500/600 б/с фрагменттердин өлчөмүн тандоого негизделген. Натыйжада, CpG аралдарына жакын жайгашкан аймактар гана секвенирленет, ал эми алыскы CpG аралдары бар аймактар анализден чыгарылат. Бул процесс, бисульфиттик секвенирлөө менен айкалышып, ДНК метилденүүсүн жогорку чечилиште аныктоого мүмкүндүк берет, ал эми секвенирлөө ыкмасы, PE150, ортосуна эмес, кошумчалардын учтарына өзгөчө көңүл буруп, метилденүү профилин түзүүнүн натыйжалуулугун жогорулатат.
Бул ыкма ДНК метилдөөсүн изилдөөдө бүтүндөй геномдун бисульфиттик секвенирлөөсүнө (WGBS) үнөмдүү жана натыйжалуу альтернатива катары пайда болду. WGBS бүтүндөй геномду бир базалык резолюцияда изилдөө менен ар тараптуу түшүнүктөрдү берсе да, анын жогорку баасы чектөөчү фактор болушу мүмкүн, бул RRBS геномдун репрезентативдик бөлүгүн тандап талдоо менен бул кыйынчылыкты стратегиялык жактан жеңилдетет. Бул методология ДНК метилдөөсүн үнөмдүү изилдөөгө мүмкүндүк берген жана эпигенетикалык механизмдер жөнүндө билимди өркүндөткөн баа жеткис курал болуп саналат.
