Прокариоттук РНКнын секвенирлениши
Өзгөчөлүктөрү
● РНК үлгүсүн иштетүү рРНКнын азайышын, андан кийин багыттуу РНК китепканасын даярдоону камтыган.
● Маалыматтык геномго шайкеш келтирүүгө негизделген биоинформатикалык анализ
● Анализ ген экспрессиясын жана ДЭГлерди, ошондой эле транскрипттин түзүлүшүн жана sRNA анализин камтыйт
Кызматтын артыкчылыктары
●Катуу сапатты көзөмөлдөөБиз үлгүлөрдү жана китепкананы даярдоодон баштап, ырааттуулукту аныктоого жана биоинформатикага чейинки бардык этаптарда негизги көзөмөл пункттарын ишке ашырабыз. Бул кылдат мониторинг дайыма жогорку сапаттагы натыйжаларды алууну камсыз кылат.
●Типке мүнөздүү ырааттуулук маалыматтары: РНК китепканасын даярдоо багыттуу болгондуктан, сезимге каршы транскрипттерди аныктоого мүмкүндүк берет.
●Прокариоттук транскриптомдорго ылайыкташтырылган толук анализ: биоинформатикалык түтүк ген экспрессиясын талдоону гана эмес, ошондой эле оперондорду, UTRлерди жана промоторлорду аныктоону камтыган транскрипттин түзүлүшүн талдоону камтыйт. Ал ошондой эле sRNAларды талдоону, атап айтканда, экинчилик түзүлүштү жана буталарды аннотациялоону жана алдын ала айтууну камтыйт.
●Сатуудан кийинки колдоо: биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктагандан тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтар | Сапатты көзөмөлдөө |
| рРНКнын азайып кеткен багыттуу китепканасы | Иллюминат PE150 | 1-2 Гб | Q30≥85% |
Үлгү талаптары:
| Конц. (нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | Бүтүндүк |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Гелде белоктун же ДНКнын булганышы чектелген же такыр жок экени көрсөтүлгөн. | RIN≥6.5 |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү белгилөө: Топ+көчүрмө, мисалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жөнөтүү:
1. Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2. РНК-туруктуу түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНК-турукташтыруу түтүгүндө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жеткирүүгө болот.
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Биоинформатикалык анализдин жумуш агымы
Төмөнкүлөрдү талдоону камтыйт:
● Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
● Маалымат геномуна дал келүү
● Китепкананын сапатын баалоо: РНКнын фрагментациясынын кокустук көрсөткүчү, киргизүүнүн өлчөмү жана ырааттуулуктун каныккандыгы
● Болжолдонгон коддоочу гендердин функционалдык аннотациясы
● Экспрессияны талдоо: корреляция жана негизги компонентти талдоо (PCA)
● Дифференциалдык ген экспрессиясы (ДЭГ)
● ДЭГлерди функционалдык аннотациялоо жана байытуу
● sRNA анализи: божомолдоо, аннотациялоо, максаттуу жана экинчилик түзүлүштү божомолдоо
● Транскрипттин түзүмүн талдоо: оперондор, баштапкы жана аяктоочу позициялар, которулбаган аймак (UTS), промотор жана SNP/InDel талдоосу
Каныккандыкты ырааттуулук менен аныктоо
Коддоочу гендердин функционалдык аннотациясы
Үлгүлөрдүн ортосундагы корреляция
Дифференциалдык экспрессияланган гендерди (ДЭГ) талдоо
Функционалдык байытууну талдоо
sRNA аннотациясы
Бул басылмада BMKGene компаниясынын Nanopore толук метраждуу мРНК секвенирлөө кызматтары аркылуу жетишилген жетишкендиктерди карап чыгыңыз.
Гуан, КП жана башкалар (2018) 'Sophorea alopecuroides жалпы алкалоиддерине жооп берген биофильм түзүүчү Staphylococcus epidermidisтин глобалдык транскриптомдук өзгөрүүлөрү',Поляк микробиология журналы, 67(2), б. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
