Чакан РНК секвенциясы - Иллюмин
Кызматтын артыкчылыктары
Ø5 ' аягындагы биринчи база U үчүн белгилүү РНКларды алуу үчүн күчтүү артыкчылыкка ээ
ØmiRNA максаттуу ген болжолдоо
ØМаалыматтар мРНК менен биргелешип талдоо жүргүзүү үчүн колдонулат
ØmiRNA дифференциалдык экспрессиясы
ØmiRNA максаттуу ген болжолдоо
ØBMKCloud негизинде жыйынтык жеткирүү: платформада жеткиликтүү жекелештирилген маалыматтарды казып алуу.
ØДолбоор аяктагандан кийин 3 айга жарактуу сатуудан кийинки кызматтар
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
| Тазалык | бүтүндүк | Контаминация | Суммасы |
| OD260/280≥1,7-2,5； OD260/230≥0,5-2,5； | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥6,5;Жаныбарлар үчүн: RIN≥7;28S/18S≥1.0;чектелген же негизги бийиктиги жок | Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Конц.≥300 нг/мкл;Көлөмү ≥ 10 мкл;Жалпысынан ≥ 3 мкг |
Кыртыш: Салмагы (кургак): ≥1 г
*5 мг аз кыртыш үчүн, биз жарк-тоңдурулган (суюк азотто) кыртыш үлгүсүн жөнөтүүнү сунуштайбыз.
Клетка суспензиясы: Клеткалардын саны = 3×107
*Биз тоңдурулган клетка лизатын жөнөтүүнү сунуштайбыз.Бул клетка 5×10 азыраак эсептелген учурда5, суюк азотто тоңдурулган флеш сунушталат.
Кан үлгүлөрү:
PA×geneBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол жана 2 мл кан (ТРИзол: Кан = 3: 1)
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер:
2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү энбелгиси: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Жөнөтүү:
1.Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2.RNAstable түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНКны турукташтыруучу түтүктө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтүүгө болот.
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
РНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Биоинформатика
 |
1.miRNA идентификациясы
miRDeep2 тарабынан болжолдонгон жаңы miRNAлардын ар бир талапкер прекурсорунда анын түзүмүн жана секвенирлөө тереңдигин көрсөткөн pdf фигурасы бар.
miRNA прекурсорунун түзүлүшү жана секвенирлөө тереңдиги
2.KEGG DE-miRNA максаттуу гендерди байытуу
Бул сессияда, Biomarker биринчи жолу DE-miRNA максаттуу гендер менен ашыкча презентация экенин текшерди.Жолдун байылуу даражасын жана маанисин аныктоодо байытуу факторлору жана фишердик тест колдонулган.Байытууну эсептөө теңдемеси төмөндө көрсөтүлгөн.
DE-miRNA максаттуу гендер боюнча KEGG жолун байытуу
DE-miRNA максаттуу гендер боюнча 3.GO байытуу талдоо
clusterProfiler DE-miRNA максаттуу гендер боюнча GO байытуу анализинде колдонулган.Терминдердин иерархиялык түзүлүшүн көрсөтүү үчүн байытылган терминдердин багытталган ациклдик графиги түзүлдү.Сүрөттө жебелердин багыты терминдердин ортосундагы инклюзия мамилелерин билдирет, башкача айтканда түйүндөр алардын үстүнкү түйүндөрүнө караганда өзгөчө.DE-miRNA максаттуу гендердин багытталган acylic графиги төмөндөгү сүрөттө көрсөтүлгөн.
TopGO багытталган DE-miRNA гендердин ациклдик графиги
BMK Case
МиРНКнын жана эттин сапаты менен байланышкан гендердин интегралдык анализи Gga-MiR-140-5p тооктун булчуң ичине майдын түшүшүнө таасирин тийгизет.
Жарыяланган:Клетка физиологиясы жана биохимиясы,2018
Негизги жыйынтыктар
Кеч жумурткалоо мезгилиндеги тооктор жаш тоокторго караганда миРНКнын глобалдык экспрессиясынын төмөн деңгээлин көрсөтүшкөн.
Эттин сапатына таасирин тийгизе турган мирНА-мрнанын регулятивдик тармагы тузулду
gga-miR-140-5p RXRG ылдый жөнгө салуу менен адипоциттердин дифференциациясына өбөлгө түзөт.
 gga-miR-140-5p RXRGнин 3'UTRин бутага алуу менен тооктун булчуң ичиндеги преадипоциттеринин дифференциациясына өбөлгө түзөт |
Шилтеме
Чжан М, Ли ДХ, Ли Ф, ж.б.МиРНКнын жана эттин сапаты менен байланышкан гендердин интегралдык анализи Gga-MiR-140-5p тооктун булчуң ичине майдын түшүшүнө таасир этээрин аныктайт[J].Клеткалык физиология жана биохимия, 2018: 2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
