BMKCloud Log in
banner-03

Products

Plena longitudinem variant -PacBio . sequencing

De novoplena longitudo transcriptome sequencing, also known asDe novoIso-Seq commoda PacBio sequencer in lectione longitudinis accipit, quae efficit ut sequelam plenam longitudinis cDNA moleculas sine ulla frangat.Haec prorsus vitat errores quosvis in transcripto conventus graduum generatos et unigene ponit cum resolutione campestri isoformi.Haec unigene copiae potentes informationes geneticae praebet sicut "genome referentia" in gradu transcripto.Praeterea, iungendo cum generationes sequentes notitias, hoc officium efficit ut accuratam quantitatem expressionis plani isoformes.

Platform: PacBio Sequel II
Library: SMRT bell library

  • :
  • Service Details

    Demo Results

    Causa Study

    Servitium Commoda

    2

    ● Direct read-e plenae longitudinis cDNA moleculo a 3'- fine usque ad 5'- finem

    Iso-forma gradu resolutio in ordine structure

    Transcripta magna diligentia et integritate

    Valde compatible cum vaours speciebus

    Large sequencing facultatem cum 4 PacBio Sequel II platforms sequendi instructus

    Magnopere periti cum supra 700 Pacbio-RNA substructio incepta sequencia

    ● BMKCloud-substructio proventuum partus: Customized data-mining available on platform.

    Post-venditionis officia valet pro III mensibus in project completionem

    Service Specifications

    Rosci: PacBio Sequel II

    Sequentia bibliothecae: Poly A- ditate varianti bibliothecae

    Commendatur data cede: XX Mb / sample (Prout species)

    FLNC(%): ≥75%

    * FLNC: plena longitudo transcipts non-chimeric

    Bioinformatics analyses

    Rudis MGE
     
    Transumptum identificatio
     
    Sequentia structure
     
    elocutio quantitatis
     
    Function Annotation

    porrectus pacbio

    Sample Requisita et Delivery

    Sample Requisita:

    Nucleotides:

    Conc.

    Moles (μg)

    Puritas

    Integritas

    ≥ 120

    ≥ 0.6

    OD260/280=1.7-2.5

    OD260/230=0.5-2.5

    Nullam dapibus vel dapibus vel DNA contagione gel ostensum est.

    Pro plantis: RIN≥7.5;

    Pro animalibus: RIN≥8.0;

    5.0≥ 28S/18S≥1.0;

    limitata vel non collocantur elevatione

    TEXTUS: pondus (siccum);≥1 g
    *Pro texti minore quam 5 mg, commendamus ut mico congelato (in liquido nitrogen) texti specimen mittat.

    Cellula suspensio:Cellula comitem = 3×106- 1×107
    * Commendamus navem gelidam cellam lysatam.In casu autem cellula minor quam V × 105mico constringitur in liquido nitrogenio commendatur, quod extractione microform potior est.

    Sanguinis exempla:Volume≥1 mL

    Microorganismus:Missa ≥ 1 g

    Sample Delivery commendatur

    Continens:
    2 ml tubum centrifugium (foil plumbi non commendatur)
    Sample labeling: Group+replicata eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...

    Shipment:

    1. Siccum-glacies: Exemplaria in saccis referta necesse est et in glacie siccitate defossa.
    2. RNAstable tube: RNA specimina in RNA stabilizationis tubo exsiccata possunt (eg RNAstable®) et in cella temperie conscendunt.

    Service Opus O

    Sample QC

    Experimentum design

    Sample partus

    Sample traditio

    Gubernator experimentum

    RNA extractionem

    Bibliotheca Praeparatio

    Library construction

    Sequencing

    Sequencing

    Analysis

    Analysis

    Post venditionis Services

    Post-venditionis officia


  • Previous:
  • Deinde:

  • 1.FLNC longitudinem distribution

    Longitudo plenae longitudinis non-chimaericae lectionis (FLNC) indicat longitudinem cDNA in constructione bibliothecae.FLNC longitudo distributio signum crucialum est in aestimandis constructionis bibliothecae qualitate.

    variant FLNC

    FLNC legit longitudinem distribution

    2.Complete ORF regionem longitudinem distribution

    TransDecoder utimur ad praedicere regiones interdum coding et sequentes amino acidi correspondentes ad occasum unigenum generandum, quod informationes plenas non redundantes in omnibus exemplis continet.

    variant omnimodam ORF longitudinem distribuendi

    Complete ORF regionem longitudinem distribution

    3.KEGG via locupletatio analysis

    Differentia expressa transcripta (DETs) cognosci possunt per aligning NGS fundatum RNA sequentem datam in plena longitudo transcriptum ponit generatum ex data PacBio sequencing.Hae DETs ulterius progredi possunt ad varias analysin operandas, eg KEGG analysi ditior via.

    variant

    DET KEGG iter locupletationis -Dot insidias

    BMK Case

    dynamica progressionis populi populi derivantur transcriptome

    Published: Planta Biotechnology Journal, 2019

    De consilio sequendo:
    Exemplar collectio:caulis regionum: apex, internodium primum(IN1), internodium alterum(IN2), internodium tertium(IN3), internodium(IN4) et internodium(IN5) ex Nanlin895
    NGS-sequentia:RNA de 15 singulis hominibus sicut unum specimen biologicum fundunt.Tres replicationes biologicae singulorum punctorum pro serie NGS processi sunt
    TGS-sequentia:Caulis regiones in tres regiones divisae sunt, id est apex, IN1-IN3 et IN4-IN5.Quaelibet regio processit pro PacBio sequendo cum quattuor generibus bibliothecarum: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb et 3-10 kb.

    Eventus key

    1. A summa 87150 transcriptorum plenae longitudinis identificabantur, in quibus, 2081 novae isoformae et 62058 novae isoformae divisae notatae sunt.
    2.1187 lncRNA and 356 fusion genes were identified.
    3. Ab incremento primario ad incrementum secundarium 15838 transcripta differentialiter expressa ab 995 gena differentialiter expressa notata sunt.In omnibus DEGs, 1216 factae sunt transcriptionis res, quarum pleraeque nondum allatae sunt.
    4.GO analysis locupletatio revelata momentum divisionis cellae et oxidatio-reductionis processus in incremento primario et secundario.

    • PB-plena longitudo-RNA-Sequencing-casu-studio

      Alternative splicing events and different isoforms

    • PB plena longitudo RNA alterna plicatio

      WGCNA analysis on transcription factors

    Reference

    Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Encyclica dynamica populorum populorum derivantur transcriptoma.Plant Biotechnol J. 2019; 17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958

    a Quote

    Epistulam tuam hic scribe et mitte nobis

    Epistulam tuam nobis mitte;