Sequentiatio mRNA Integrae Longitudinis - Nanoporum
Proprietates
● Captatio mRNA poly-A deinde synthesis cDNA et praeparatio bibliothecae
● Ordo transcriptionum integrarum
● Analysis bioinformatica secundum congruentiam cum genoma referentiali
● Analysis bioinformatica non solum expressionem in gradu genorum et isoformarum, sed etiam analysin lncRNA, fusionum genorum, polyadenylationis et structurae genorum comprehendit.
Commoda Servitii
●Quantificatio expressionis ad gradum isoformae: permittens accuratam et accuratam analysin expressionis, detegens mutationem quae fortasse occultatur cum tota expressio genica analyzatur
●Postulationes Datorum Reductae:Comparata cum Sequentiatione Novae Generationis (NGS), sequentiatio Nanoporeorum requisita minora datorum exhibet, permittens aequivalentes gradus saturationis quantificationis expressionis genicae cum minoribus datis.
●Maior accuratio quantificationis expressioniset in gradu genico et isoformae
●Identificatio informationis transcriptomicae additaePolyadenylatio alternativa, gena fusionis et lcnRNA et gena eorum destinata
●Peritia AmplaTurma nostra, cum plus quam 850 proiecta transcriptomica integra Nanopore perfecta et plus quam 8000 exempla tractata sit, copiosam experientiam ad omne proiectum adfert.
●Auxilium Post-VenditionisNostra obligatio ultra completionem operis extenditur, cum spatio trium mensium post venditionem servitii. Per hoc tempus, offerimus subsequentia operis, auxilium in remediis difficultatum, et sessiones interrogationum et responsionum ad quaslibet quaestiones de eventibus tractandas.
Requisita Exemplorum et Traditio
| Bibliotheca | Strategia Sequentiationis | Data commendata | Qualitatis Moderatio |
| Poly A locupletatus | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gigabytes | Qualitas media: Q10 |
Requisita Exemplorum:
Nucleotida:
| Concentratio (ng/μl) | Quantitas (μg) | Puritas | Integritas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Contaminatio proteinorum vel DNA limitata vel nulla in gel ostenditur. | Plantis: RIN ≥ 7.0; Animalibus: RIN ≥ 7.5; 5.0 ≥28S/18S ≥1.0; elevatio lineae basalis limitata vel nulla |
● Plantae:
Radix, Caulis vel Petala: 450 mg
Folium vel Semen: 300 mg
Fructus: 1.2 g
● Animal:
Cor vel Intestinum: 300 mg
Viscera vel Cerebrum: 240 mg
Musculus: 450 mg
Ossa, Capilli vel Cutis: 1g
● Arthropoda:
Insecta: 6g
Crustacea: 300 mg
● Sanguis totus1 tubus
● Cellulae: 106 cellulae
Traditio Exemplaris Commendata
Vas: Tubus centrifugae 2 ml (charta stannea non commendatur)
Exemplum designationis: Coetus + replicatio, e.g. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Naviculatio:
1. Glacies sicca: Exempla in saccis conficienda et in glacie sicca sepelienda sunt.
2. Tubi RNAstabilia: Exempla RNA in tubo stabilizationis RNA (e.g. RNAstable®) siccari et temperatura ambiente transportari possunt.
Fluxus Operis Servitii
Nucleotida:
Traditio speciminis
Constructio bibliothecae
Sequentiatio
Analysis datorum
Officia post-venditionis
Fluxus Operis Servitii
Textus:
Designatio experimenti
Traditio speciminis
Extractio ARN
Constructio bibliothecae
Sequentiatio
Analysis datorum
Officia post-venditionis
● Processus datorum crudorum
● Identificatio transcriptionis
● Splicing alternativum
● Quantificatio expressionis in gradu geni et gradu isoformae
● Analysis expressionis differentialis
● Annotatio et locupletatio functionum (DEGs et DETs)
Analysis splicing alternativi
Analysis Polyadenylationis Alternativa (APA)
Praedictio lncRNA
Annotatio novorum genorum
DETorum coacervatio
Retia Proteinorum-Proteinorum in DEGs
Explora progressus a Nanopore, servitiis BMKGene ad mRNA sequendum, per collectionem curatam publicationum.
Gong, B. et al. (2023) 'Activatio epigenetica et transcriptionalis kinasis secretoriae FAM20C ut oncogeni in gliomate', Acta Genetica et Genomica, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Sequentia transcriptomica plenae longitudinis lymphocytorum respondentium ad IFN-γ responsionem immunologicam Th1-distortam in *Paralichthys olivaceus* revelat', *Fish & Shellfish Immunology*, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analysis comparativa methodorum PacBio et ONT RNA sequentiationis ad identificationem veneni Nemopilemae Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Analysis Nano-seq diversam inclinationem functionalem inter exosomas et microvesiculas ex hUMSC derivatas revelat', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
