Products

Hi-C fundatur Genome Conventus

Hi-C substructio Genome Conventus Featured Image

Hi-C methodus destinata est ad chromosomatum conformationem capiendam coniungendo perscrutando interationes propinquitatis fundatae et per modum sequendi.Intensio harum interactionum negatione cum distantia physica in chromosomatum connecti creditur.Ideo Hi-C notitias racemosorum, ordinandorum et ordinandorum sequentium conglobatorum in genome haustu dirigere potuit et ad certos chromosomata ancoras ancoras.Haec technologia praestat conventum genome chromosomatum in absentia hominum tabulae geneticae innixae.Omne unum genome indiget Hi-C.

Platform：Illumina NovaSeq Rostra / DNBSEQ

Nobis loquere

Service Details

Demo Results

Causa Study

Servitium Commoda

Overview of Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.Scientia, 2009)

Nihil opus est multitudinem geneticam construere ad ancoras contigua;
● densitas superior in titulum ducens ad rationem contiguum ancorarum superiorum supra 90%;
Dat aestimationem et correctiones in ecclesiis genome existentibus;
● Breviori vice cum superiori accuratione in conventu genome;
● Abundans experientia bibliothecae supra 1000 Hi-C constructae per 500 species;
Plus 100 casus prosperos cum accumulative edito ictum factor of super 760;
● Hi-C synagoga genome subnixa pro genome polyploide, C% rate ancoras consecuta est in priori consilio;
In-domus diplomata ac programmata programmata pro experimentis Hi-C et analysi notatis;
● Subjicitur notitia auto-evoluta programmatis tuning, scandalum manuale dat movens, retrocedens, revocatio et partus.

Service Specifications

Type Library

Platform

Read Longitudo

Suadeo Strategy

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 100X

Bioinformatics analyses

Rudis notitia qualis imperium

Hi-C bibliotheca qualis imperium

Hi-C substructio genome congregationis

Post-ecclesia iudicium

Sample Requisita et Delivery

Sample Requisita:

Animal	Fungus	Plantae
Congelatum textus: 1-2g per bibliothecam Cellulae: 1x 10^7 cellulae per bibliothecam	Gelida TEXTUS: 1g per bibliothecam	Congelatum textus: 1-2g per bibliothecam
* Valde commendamus mittens saltem 2 aliquots (1 g singulas) pro experimento Hi-C.

Sample Delivery commendatur

Continens: 2 ml tubum centrifugium (foil plumbi non commendatur)
Pleraque enim exempla in ethanolo conservare non praecipimus.
Sample labeling: Exemplaria clare intitulata et identificari debent cum forma sample informationis subicienda.
Shipment: siccum-glacies: Exemplaria primum in saccis referta necesse est, et in siccitate glaciei condita.

Service Opus O

Experimentum design

Sample traditio

DNA extractionem

Library construction

Sequencing

Analysis

Post-venditionis officia

Previous: Plant/Animal De Novo Genome Sequencing

Deinde: Genetics Evolutionis

*Demo eventus hic ostensi sunt omnes e genomes editis apud Biomarker Technologies

1.Hi-C commercium calor tabulaCamptotheca acuminatagenome.Sicut in charta ostenditur, vehementia interactionum negatione cum distantia lineari connectit, quae conventum chromosomatum valde accuratum indicat.(Anoram ratio: 96.03%)

3Hi-C commercium heatmap ostensio contiguum ancoram in contione

Kang M et al.Natura Communications, 2021

2.Hi-C convalidandum inversiones inter faciliorem redditGossypium hirsutumL. TM-1 A06 andG. arboreumChr06

4Hi-C heatmap-facilitatem-of-inversiones patefacio-inter genomes

Yang Z et al.Natura Communicationum, 2019

3. Conventus et differentiatio biallelicarum genome cassavae SC205.Hi-C heatmap manifestae scissurae in chromosomatum homologorum ostenduntur.

5Hi-C-heatmap ostensio homologo-chromosomata

Hu W et al.Planta hypothetica, 2021

4.Hi-C heatmap in duabus Ficus speciebus genome collectum;F.microcarpaancorandi ratio: 99.3%) andF.hispida (anorationis ratio: 99,7%).
6Hi-C.

Zhang X et al.Cellula, 2020

BMK Case

Genomes of the banyan tree and Pollinator wasp Provide Insights into fig-vesp Coevolution

Published: Cellula, 2020

De consilio sequendo:

F. microcarpa genome: Proxime.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

F. hispidagenome: Proxime.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

Eupristina verticillatagenome: Proxime.170 X PacBio RSII (65 Gb)

Eventus key

1. Duae genomes ligni banyan et unus pollinator genome vespae constructae sunt utens PacBio sequencing, Hi-C et map iunctio.
(1)F. microcarpagenome: Coetus 426 Mb (97.7% mensurae genome aestimatae) cum contiguis N50 908 Kb, BUSCO sexaginta 95.6% erecta est.In summa 423 Mb sequentia in 13 chromosomata ab Hi-C ancoris erant.Genome annotationem emisit 29,416 interdum-coding genes.
(2)F. Hispidagenome: Coetus 360 Mb (97.3% magnitudine genome aestimandi) erat cedit cum contig N50 of 492 Kb et BUSCO sexaginta 97.4%.Summa 359 Mb sequentium in 14 chromosomatum Hi-C ancoris erant et valde idem cum tabula alta densitatis seriei.
(3)Eupristina verticillatagenome: Conventus 387 Mb (Aestimata genome size: 382 Mb) cum contig N50 of 3.1 Mb et BUSCO score of 97.7% instituta est.

2. Comparative genomica analysin detegitur ingentem numerum structurarum variationum inter duoFicusgenomes, quae auxilium geneticae inaestimabile praebebat ad studia evolutionis adaptiva.Hoc studium primum perspectionibus in fig-vesp covolutionis genomic-gradu providit.

PB-plena longitudo-RNA-Sequencing-casu-studio

Circos tabula in genomic lineamentis duorumFicusgenomes, inter chromosomata, duplicationes segmentales (SDs), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), gene dictio et syntenia.