10x Genomics Visium Spatial Transkriptom
Eegeschaften
● Resolutioun: 100 µM
● Punkt Duerchmiesser: 55 µM
● Zuel vun de Plazen: 4992
● Capture Beräich: 6,5 x 6,5 mm
● All Barcode Fleck ass mat Primer gelueden, déi aus 4 Sektiounen komponéiert sinn:
- Poly(dT) Schwanz fir mRNA Priming an cDNA Synthese
- Eenzegaarteg Molekulare Identifizéierer (UMI) fir d'Verstäerkungsbias ze korrigéieren
- Raumbarcode
- Bindungssequenz vun partiell liesen 1 sequencing primer
● H & E staining vun Rubriken
Virdeeler
●One-Stop Service: integréiert all Erfahrung a Fäegkeet-baséiert Schrëtt, dorënner Cryo-Sektioun, staining, Tissue Optimisatioun, raimlech Barcoding, Bibliothéik Virbereedung, Sequencing a Bioinformatik.
● Héichqualifizéiert technesch Equipe: mat Erfahrung an iwwer 250 Tissuetypen an 100+ Arten inklusiv Mënsch, Maus, Mamendéieren, Fësch a Planzen.
●Echtzäit Update iwwer de ganze Projet: mat voller Kontroll vum experimentellen Fortschrëtt.
●Iwwergräifend Standard Bioinformatik:Package enthält 29 Analysen an 100+ héichwäerteg Figuren.
●Personnaliséiert Datenanalyse a Visualiséierung: verfügbar fir verschidde Fuerschungsufroen.
●Optional gemeinsame Analyse mat Single-Zell mRNA Sequencing
Spezifikatioune
| Prouf Ufuerderunge | Bibliothéik | Sequenzéierungsstrategie | Daten recommandéiert | Qualitéitskontroll |
| OCT-embedded Cryo Echantillon, FFPE Echantillon (Optimal Duerchmiesser: ca. 6x6x6 mm3) 3 Blöcke pro Probe | 10X Visium cDNA Bibliothéik | Illumina PE150 | 50K PE liest pro Plaz (60Gb) | RIN>7 |
Fir méi Detailer iwwer Probevirbereedungsleitung a Service Workflow, fillt Iech gratis mat engem ze schwätzenBMKGENE Expert
Service Workflow
An der Probepräparatiounsphase gëtt en initialen Bulk RNA Extraktiounsversuch ausgefouert fir sécherzestellen datt eng héichqualitativ RNA ka kritt ginn.An der Tissueoptimiséierungsstadium ginn d'Sektioune gefärbt a visualiséiert an d'Permeabiliséierungsbedéngungen fir mRNA Verëffentlechung aus Tissue ginn optimiséiert.Den optimiséierte Protokoll gëtt dann wärend der Bibliothéikskonstruktioun applizéiert, gefollegt vu Sequenzéierung an Datenanalyse.
De komplette Service Workflow beinhalt Echtzäit Updates a Client Bestätegunge fir eng reaktiounsfäeger Feedback Loop z'erhalen, fir eng glat Projet Ausféierung ze garantéieren.
Ëmfaasst déi folgend Analyse:
Daten Qualitéitskontroll:
o Datenausgang a Qualitéitsscore Verdeelung
o Gendetektioun pro Plaz
o Tissue Ofdeckung
Innere-Probe Analyse:
o Gene Räichtum
o Spot Clustering, abegraff reduzéiert Dimensiounsanalyse
o Differenziell Ausdrock Analyse tëscht Stärekéip: Identifikatioun vun Marker Genen
o Funktionell Annotatioun a Beräicherung vu Markergenen
Inter-Grupp Analyse
o Re-Kombinatioun vu Flecken aus béide Proben (zB krank a Kontroll) a Re-Cluster
o Identifikatioun vun Markergenen fir all Cluster
o Funktionell Annotatioun a Beräicherung vu Markergenen
o Differenziell Ausdrock vum selwechte Stärekoup tëscht Gruppen
Innere-Probe Analyse
Plaz Clustering
Marker Genen Identifikatioun a raimlech Verdeelung
Inter-Grupp Analyse
Datekombinatioun vu béide Gruppen a nei Cluster
Markergenen vun neie Stärekéip
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene säi raimleche Transkriptomik Service vum 10X Visium An dëse Feature Publikatiounen:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, e potenziellen Drosophila Homolog vu Mamendéieren Adhäsioun GPCRs, ass an Antitumorreaktiounen op injizéiert onkogene Zellen a Fléien involvéiert', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data', Briefings in Bioinformatics, 24(2), S. 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'A spatiotemporal Atlas of Organogenesis in the Development of Orchid flowers', Nucleic Acids Research, 50(17), S. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integratioun Spatial Transcriptomics an Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomyoma', International Journal of Biological Sciences, 19(8), S. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
