16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Service Virdeeler
● Isolatioun-gratis a séier Identifikatioun vun microbial Zesummesetzung an Ëmwelt Echantillon
● Héich Opléisung an niddereg-reichend Komponenten an Ëmweltproben
● Déi lescht QIIME2 analyséiert Flow mat diversen Analysen a punkto Datebank, Annotatioun, OTU / ASV.
● High-Throughput, méi héich Genauegkeet
● Uwendbar fir verschidde mikrobielle Gemeinschaftsstudien
● BMK besëtzt extensiv Erfahrung mat iwwer 100.000 Echantillon / Joer, deckt Buedem, Waasser, Gas, Schlamm, feces, intestines, Haut, Fermentatioun Bouillon, Insekten, Planzen, etc.
● BMKCloud erliichtert Dateninterpretatioun mat 45 personaliséierten Analyseinstrumenter
Service Spezifikatioune
| SequenzéierenPlattform | Bibliothéik | Recommandéiert Donnéeën nozeginn | Geschätzte Wendung Zäit |
| Illumina NovaSeq Plattform | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 Deeg |
Bioinformatik Analysen
● Raw Daten Qualitéitskontroll
● OTU Clustering/De-Noise (ASV)
● OTU Annotatioun
● Alpha Diversitéit
● Beta Diversitéit
● Inter-Grupp Analyse
● Associatiounsanalyse géint experimentell Faktoren
● Fonktioun Gen Prediction
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
Sample Ufuerderunge:
FirDNA Extrakten:
| Beispill Typ | Betrag | Konzentratioun | Rengheet |
| DNA Extrakten | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Fir Ëmweltproblemer:
| Prouf Typ | Recommandéiert Proufprozedur |
| Buedem | Sampling Betrag: ca.5 g ;.Rescht verwinnte Substanz muss vun der Uewerfläch geläscht ginn;Grind grouss Stécker a passéiert duerch 2 mm Filter;Aliquot Proben a sterilem EP-Tube oder Cyrotube fir Reservatioun. |
| Feeën | Sample Betrag: ca.5 g ;.Sammelt an aliquot Proben an steril EP-Tube oder cryotube fir Reservatioun. |
| Intestinal Inhalt | Echantillon mussen ënner asepteschen Zoustand veraarbecht ginn.Wäscht gesammelt Tissue mat PBS;Zentrifuge de PBS a sammelt de Nidderschlag an EP-Réier. |
| Schlamm | Sampling Betrag: ca.5 g ;.Sammelt an aliquot Schlammprobe an engem sterile EP-Tube oder Cryotube fir Reservatioun |
| Waasserkierper | Fir Probe mat enger limitéierter Quantitéit vu Mikrobiellen, sou wéi Krunnewaasser, Brunnwasser, asw., Sammelt op d'mannst 1 L Waasser a passéiert duerch 0,22 μm Filter fir Mikrobial op der Membran ze beräicheren.Späichert d'Membran an engem sterile Rouer. |
| Haut | Virsiichteg d'Hautoberfläche mat engem sterile Kotteng oder enger chirurgescher Blade schrauwen a se an engem sterile Rouer setzen. |
Recommandéiert Sample Liwwerung
Afréiere d'Proben a flëssege Stickstoff fir 3-4 Stonnen a späicheren a flëssege Stickstoff oder -80 Grad bis laangfristeg Reservatioun.Probe Versand mat Trockenis ass erfuerderlech.
Service Work Flow
Echantillon Liwwerung
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
1.Spezies Verdeelung
2.Hëtzt Kaart: Arten Räichtum clustering
3.Rare Fraktiounskurve
4.NMDS Analyse
5.Lefse Analyse
BMK Fall
Obese Individuen mat an ouni Typ 2 Diabetis weisen ënnerschiddlech Darmmikrobial funktionell Kapazitéit a Kompositioun
Verëffentlecht:Cell Host & Microbe, 2019
Sequenzéierungsstrategie:
Mager Net-Diabetis (n=633);Obese Net-Diabetis (n=494);Obese-Typ 2 Diabetis (n=153);
Zilregioun: 16S rDNA V1-V2
Plattform: Illumina Miseq (NGS-baséiert Amplicon Sequencing)
Ënnerdeelung vun DNA-Extrakter goufe metagenomesch Sequenzéierung op Illumina Hiseq ënnerworf
Schlëssel Resultater
Mikrobial Profiler vun dëse metabolesche Krankheeten goufen erfollegräich differenzéiert.
Duerch d'Vergläiche vun mikrobiellen Features, déi duerch 16S Sequenzéierung generéiert goufen, gouf Adipositas fonnt mat Verännerungen an der mikrobieller Zesummesetzung, individuell Features, besonnesch bedeitend Ofsenkung vun Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. .
Referenz
Thingholm, LB, et al."Obesse Individuen mat an ouni Typ 2 Diabetis weisen verschidden Darmmikrobial Funktionell Kapazitéit a Kompositioun."Zell Host & Mikrobe26.2 (2019).
