16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

D'Ënnerunitéit op 16S an 18S rRNA déi souwuel héich konservéiert wéi och hypervariabel Regiounen enthält ass e perfekte molekulare Fangerofdrock fir prokaryotesch an eukaryot Organismen Identifikatioun.Profitéiert vun der Sequenzéierung, kënnen dës Amplikone gezielt ginn op Basis vun de konservéierten Deeler an déi hypervariabel Regioune kënne voll charakteriséiert ginn fir mikrobiell Identifikatioun, déi zu Studien bäidroen, déi mikrobiell Diversitéitsanalyse, Taxonomie, Phylogenie, etc. Single-Molekül Echtzäit (SMRT) ) Sequenzéierung vun der PacBio Plattform erméiglecht et héich präzis laang Liesungen ze kréien, déi voll Längt Amplikonen (ongeféier 1,5 Kb) decken kënnen.Déi erweidert Vue vum genetesche Feld huet d'Resolutioun an der Speziesannotatioun an der Bakterien oder der Pilzegemeinschaft staark verbessert.

Plattform:PacBio Sequel II

Kontaktéiert eis

Service Detailer

Demo Resultater

Fall Studie

Service Virdeeler

● Laang Liesungen déi voll Längt Sequenz vun 16S / 18S / ITS verroden

● Héich präzis Basis Uruff mat PacBio CCS Modus Sequencing

● Spezies-Niveau Resolutioun an OTU / ASV Annotatioun

● Déi lescht QIIME2 analyséiert Flow mat diversen Analysen a punkto Datebank, Annotatioun, OTU / ASV.

● Uwendbar fir verschidde mikrobielle Gemeinschaftsstudien

● BMK besëtzt extensiv Erfahrung mat iwwer 100.000 Echantillon / Joer, deckt Buedem, Waasser, Gas, Schlamm, feces, intestines, Haut, Fermentatioun Bouillon, Insekten, Planzen, etc.

● BMKCloud erliichtert Dateninterpretatioun mat 45 personaliséierten Analyseinstrumenter

Service Spezifikatioune

SequenzéierenPlattform	Bibliothéik	Recommandéiert Donnéeën	Ëmlafzäit
PacBio Sequel II	SMRT-Bell	5K/10K/20K Tags	44 Aarbechtsdeeg

Bioinformatik Analysen

● Raw Daten Qualitéitskontroll

● OTU Clustering/De-Noise (ASV)

● OTU Annotatioun

● Alpha Diversitéit

● Beta Diversitéit

● Inter-Grupp Analyse

● Associatiounsanalyse géint experimentell Faktoren

● Fonktioun Gen Prediction

Prouf Ufuerderunge a Liwwerung

Sample Ufuerderunge:

FirDNA Extrakten:

Beispill Typ	Betrag	Konzentratioun	Rengheet
DNA Extrakten	＞ 1 μg	＞ 20 ng/μl	OD260/280= 1,6-2,5

Fir Ëmweltproblemer:

Prouf Typ	Recommandéiert Proufprozedur
Buedem	Sampling Betrag: ca.5 g ;.Rescht verwinnte Substanz muss vun der Uewerfläch geläscht ginn;Grind grouss Stécker a passéiert duerch 2 mm Filter;Aliquot Proben a sterilem EP-Tube oder Cyrotube fir Reservatioun.
Feeën	Sampling Betrag: ca.5 g ;.Sammelt an aliquot Proben an steril EP-Tube oder cryotube fir Reservatioun.
Intestinal Inhalt	Echantillon mussen ënner asepteschen Zoustand veraarbecht ginn.Wäscht gesammelt Tissue mat PBS;Zentrifuge de PBS a sammelt de Nidderschlag an EP-Réier.
Schlamm	Sampling Betrag: ca.5 g ;.Sammelt an aliquot Schlammprobe an engem sterile EP-Tube oder Cryotube fir Reservatioun
Waasserkierper	Fir Probe mat enger limitéierter Quantitéit vu Mikrobiellen, sou wéi Krunnewaasser, Brunnwasser, asw., Sammelt op d'mannst 1 L Waasser a passéiert duerch 0,22 μm Filter fir Mikrobial op der Membran ze beräicheren.Späichert d'Membran an engem sterile Rouer.
Haut	Virsiichteg d'Hautoberfläche mat engem sterile Kotteng oder enger chirurgescher Blade schrauwen a se an engem sterile Rouer setzen.

Recommandéiert Sample Liwwerung

Afréiere d'Proben a flëssege Stickstoff fir 3-4 Stonnen a späicheren a flëssege Stickstoff oder -80 Grad bis laangfristeg Reservatioun.Probe Versand mat Trockenis ass erfuerderlech.

Service Work Flow

Echantillon Liwwerung

Bibliothéik Bau

Sequenzéieren

Donnéeën Analyse

No-Verkaf Servicer

virdrun: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Nächste: Assay fir Transposase-Accessible Chromatin mat High Throughput Sequencing (ATAC-seq)

1.Annotatiounsquote vu V3 + V4 (Illumina)-baséiert mikrobiell Gemeinschaftsprofiléierung vs Volllängt (PacBio)-baséiert Profiléierung.
(Daten vun 30 zoufälleg ausgewielte Projete goufen fir Statistiken ugewannt)

2.Annotatiounsquote vun der Volllängt Amplikon Sequenzéierung op Artenniveau a verschiddene Probetypen

3.Spezies Verdeelung

4.Phylogenetic Bam

BMK Fall

Arsen Belaaschtung induzéiert intestinalen Barrière Schued a konsequent Aktivatioun vun der Darm-Leberachs féiert zu Entzündung a Pyroptose vun der Liewer bei Enten

Verëffentlecht:Science of the Total Environment,2021

Sequenzéierungsstrategie:

Echantillon: Kontroll vs 8 mg / kg ATO ausgesat Grupp
Sequenzéierungsdaten Erléisung: 102.583 raw CCS Sequenzen am Ganzen
Kontroll: 54.518 ± 747 effektiv CCS
ATO-ausgesat: 45.050 ± 1675 effektiv CCS

Schlëssel Resultater

Alpha Diversitéit:ATO Belaaschtung huet den intestinalen mikrobielle Räichtum an Diversitéit an den Enten wesentlech geännert.

Metastaten Analyse:
Am Phylumniveau: 2 bakteriell Phylen nëmmen a Kontrollgruppen festgestallt
Am Gattungsniveau: 6 Gattungen goufen wesentlech anescht a relativer Heefegkeet fonnt
Am Artenniveau: 36 Arten goufen am Ganzen identifizéiert, mat 6 vun hinnen wesentlech ënnerschiddlech am relavive Heefegkeet

Referenz

Thingholm, LB, et al."Obesse Individuen mat an ouni Typ 2 Diabetis weisen verschidden Darmmikrobial Funktionell Kapazitéit a Kompositioun."Zell Host & Mikrobe26.2 (2019).