BMKCloud Log in
条形banner-03

Produiten

DNA / RNA Sequencing -PacBio Sequencer

PacBio Sequencing Plattform ass eng laang gelies Sequencing Plattform, déi och als eng vun den Drëtte Generatioun Sequencing (TGS) Technologien bekannt ass.D'Kärtechnologie, Single-Molekül Echtzäit (SMRT), erméiglecht d'Generatioun vu Liesungen mat zéng Kilo-Basis an der Längt.Op Basis vun "Sequencing-by-Synthesis" gëtt eng eenzeg Nukleotid-Resolutioun duerch Zero-Modus Waveguide (ZMW) erreecht, wou nëmme limitéiert Volumen um Buedem (Site vun der Molekülsynthese), beliicht ass.Zousätzlech vermeit SMRT Sequenzéierung gréisstendeels Sequenzspezifesch Bias am NGS System, an datt déi meescht PCR Amplifikatiounsschrëtt net am Bibliothéikskonstruktiounsprozess erfuerderlech sinn.

 

Plattform: Sequel II, Revio


Service Detailer

Demo Resultater

Eegeschaften

Zwee Sequenzéierungsmodi um PacBio Sequencer: Continuous Long Read (CLR) a Circular Consensus Read (CCS)

Sequenzéierungsmodus Bibliothéik Gréisst Theoretesch DonnéeënYield (pro Zell) Single-BasisGenauegkeet Uwendungen
CLR 20Kb, 30Kb, etc. 80 Gb bis 130 Gb ca.85% De neie, SV Opruff, etc.
CCS 15-20 Kb

14 bis 40 Gb/Zell (Sequel II)

70 bis 110 Gb/Zell (Revio)

Hänkt vun de Proben of

ca.99% De neie, SNP/Indel/SV ruffen, Iso-Seq,

Verglach vun der Leeschtung an Fonctiounen vun Revio an Sequel II

Konditioune

Sequel II System

Revio System

Erhéijung

Méi héich Dicht

8 Milliounen ZMWs

25 Milliounen ZMWs

3x

Onofhängeg Etappen

1

4

4x

Méi kuerz Lafzäiten

30 Stonnen

24 Stonnen

1, 25x

30X HiFi Mënsch Genomen / Joer

88

1.300

15x insgesamt

Service Virdeeler

● Iwwer 8 Joer Erfahrung op PacBio Sequenzéierungsplattform mat Dausende vu zouene Projete mat verschiddenen Arten.

● Voll equipéiert mat de leschten PacBio Sequencing Plattformen, Revio fir genuch Sequenzéierungsduerchgang ze garantéieren.

● Méi séier Wendungszäit, méi héich Datenaustausch a méi genee Daten.

● Bei Honnerte vu PacBio-baséiert Publikatiounen bäigedroen.

Prouf Ufuerderunge


Beispill Typ Betrag Konzentratioun (Qubit®) Volumen Rengheet Anerer
Genomesch DNA Hänkt vun Daten Ufuerderung ≥50 ng/μl ≥15μl OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1.8-2.5;
Kloer Peak bei 260 nm,keng Kontaminatioune
Konzentratioun muss duerch Qubit a Qubit / Nanopore = 0,8-2,5 gemooss ginn
Total RNA ≥ 1,2 μg ≥120 ng/μl ≥15μl OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;keng Kontaminatioune

RIN Wäert ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Service Workflow

Prouf Virbereedung

Probe Virbereedung

Bibliothéik Virbereedung

Bibliothéik Bau

Sequenzéieren

Sequenzéieren

Donnéeën Analyse

Donnéeën Analyse

Beispill QC

Projet Liwwerung


  • virdrun:
  • Nächste:

  • 1.In-Haus Data Yield

    Daten generéiert aus 63 CCS Zellen (vu 26 Arten)

    DATA-PacBio-CCS-15 Kb Duerchschnëtt Max Min Median
    Yield - Ënnerliesungen (Gb) 421.12 544,27 221,38 426,58
    Yiled - CCS(Gb) 25,93 38,59 10,86 25.43
    Polymerase N50 145.651 175.430 118,118 144.689
    Subreads N50 17.509 23.924 12.485 17.584
    CCS N50 14.490 19.034 9 876 14.747
    Duerchschnëtt Längt-Polymerase 67.995 89,379 49,664 66,433
    Duerchschnëtt Längt-Subreads 15.866 21.036 11.657 16.012
    Duerchschnëtt Längt-CCS 14.489 19.074 8.575 14.655

    Daten generéiert vu 16 CLR Zellen (vu 76 Arten)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb Duerchschnëtt Max Min Median
    Yield - Ënnerliesungen (Gb) 142,20 291,40 50,55 142,49
    Polymerase N50 39.456 121,191 15.389 35,231
    Subreads N50 28.490 41,012 14.430 29.063
    Duerchschnëtt Längt-Polymerase 22.063 48.886 8 747 21.555
    Duerchschnëtt Längt-Subreads 17.720 27.225 8,293 17.779

    2.Daten QC - DemoStatistiken iwwer d'Datenausgab

    Prouf

    ccs Liest Num

    Total ccs Base (bp)

    ccs liest N50 (bp)

    ccs Mëttellängt (bp)

    ccs längsten Lies (bp)

    subreads Basen (bp)

    ccs Taux (%)

    PB_BMKxxx

    3.444.159

    54.164.122.586

    15.728

    15.726

    36,110

    863,326,330,465

    6.27

     

    kréien en Devis

    Schreift Äre Message hei a schéckt en un eis

    Schéckt eis Äre Message: