De novo Fungal Genome Assemblée
BMKGENE bitt villsäiteg Léisunge fir Pilzgenomen, këmmere sech op verschidde Fuerschungsbedierfnesser a gewënschte Genom Vollständegkeet. D'Benotzung vun kuerz-liesen Illumina Sequenzen eleng erlaabt d'Generatioun vun engem Entworf Genom. Kuerz Liesen a laang gelies Sequenzéierung mat Nanopore oder Pacbio gi kombinéiert fir e méi raffinéiert Pilzgenom mat méi laange Contigs. Ausserdeem verbessert d'Integratioun vun Hi-C Sequenzéierung d'Fäegkeeten weider, wat d'Erreeche vun engem komplette Chromosom-Niveau Genom erméiglecht.
Service Fonctiounen
Mat dräi méiglech Optiounen fir ze wielen ofhängeg vum gewënschten Grad vun der Genom Vollständegkeet:
● Entworf Genom Optioun: Kuerzliese Sequenzéierung mat Illumina NovaSeq PE150.
● Fungal Fine Genom Optioun:
Genom Ëmfro: Illumina NovaSeq PE150.
Genom Assemblée: PacBio Revio (HiFi Liest) oder Nanopore PromethION 48.
● Chromosom-Niveau Pilz Genom:
Genom Ëmfro: Illumina NovaSeq PE150.
Genom Assemblée: PacBio Revio (HiFi Liest) oder Nanopore PromethION 48.
Contig Verankerung mat Hi-C Assemblée.
Service Virdeeler
●Multiple Sequenzéierungsstrategien verfügbar: Fir verschidde Fuerschungsziler an Ufuerderunge vum Genom Vollständegkeet
●Komplett Bioinformatik Workflow:Dëst beinhalt d'Genomversammlung an d'Prognose vu multiple genomeschen Elementer, funktionell Genannotatioun, a Contig Verankerung.
●Extensiv Expertise: Mat iwwer 12,000 mikrobiellen Genome versammelt, bréngen mir iwwer e Jorzéngt Erfahrung, en héichqualifizéierten Analyseteam, ëmfaassenden Inhalt an exzellente Post-Verkaf Support.
●Post-Verkaf Support:Eist Engagement erstreckt sech iwwer d'Réalisatioun vum Projet mat enger 3-Mount After-Sale Service Period. Wärend dëser Zäit bidde mir de Projet Suivi, Troubleshooting Hëllef, a Q&A Sessiounen fir all Ufroen am Zesummenhang mat de Resultater unzegoen.
Service Spezifikatioune
| Service | Sequenzéierungsstrategie | Qualitéitskontroll |
| Entworf Genom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Schéin Genom | Genom Ëmfro: Illumina PE150 50 x Montage: PacBio HiFi 30x oder Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular) contig N50 ≥500kb (Aner) |
| Chromosom-Niveau Genom | Genom Ëmfro: Illumina PE150 50 x Montage: PacBio HiFi 30x oder Nanopore 100x Hi-C Assemblée 100x | Contig Verankerungsverhältnis>90%
|
Service Ufuerderunge
| Konzentratioun (ng/µL) | Gesamtbetrag (µg) | Volumen (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Eenzelluläre Pilz: ≥3,5x1010 Zellen
Macro Pilz: ≥10 g
Service Work Flow
Echantillon Liwwerung
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
Ëmfaasst déi folgend Analyse:
Genom Ëmfro:
- Sequenzéieren Daten Qualitéitskontroll
- Genom Schätzung: Gréisst, Heterozygositéit, repetitive Elementer
Fine Genome Assemblée:
- Sequenzéieren Daten Qualitéitskontroll
- De neieAssemblée
- Genome Komponent Analyse: Prognose vu CDS a verschidde genomesch Elementer
- Funktionell Annotatioun mat méi allgemengen Datenbanken (GO, KEGG, etc.) a fortgeschratt Datenbanken (CARD, VFDB, etc.)
Hi-C Assemblée:
- Hi-C Bibliothéik Bewäertung.
- Contigs verankert Clustering, Uerdnung an Orientéierung
- Evaluatioun vun HI-C Assemblée: Baséiert op Referenz Genom an Hëtzt Kaart
Genom Ëmfro: k-mer Verdeelung
Genom Assemblée: Gen homolog Annotatioun (NR Datebank)
Genom Assemblée: funktionell Genannotatioun (GO)
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene Pilzgenom Versammlungsservicer duerch eng curéiert Sammlung vu Publikatiounen.
Hao, J. et al. (2023) 'Integrated omic profiling of the medicine mushroom Inonotus obliquus under submerged conditions',BMC Genomics, 24(1), S. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGUREN/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genom Sequenzéierung verroden d'Evolutioun an de pathogene Mechanismen vum Weess schaarfen Aespot Pathogen Rhizoctonia cerealis',Crop Journal, 11(2), S. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genome Ressourcen fir Véier Clarireedia Spezies verursaache Dollar Fleck op Diverse Turfgrasses',Planzen Krankheet, 107(3), S. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetesch a molekulare Beweiser vun engem tetrapolare Mating System am Edible Mushroom Grifola frondosa',Journal vun FungiEng., 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
